转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 27 / 131 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006180 Chr01 NC_080387.1:77340316-77340328promoter 内 1844-1856 bp + 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 77334811-77338171(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TACTTTGACTTTT
SmilChr01G004085 Chr01 NC_080387.1:59264661-59264673promoter 内 1543-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 59267119-59268086(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAAGTCAACGCA
SmilChr02G003257 Chr02 NC_080388.1:53869510-53869522promoter 内 1327-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53865103-53866848(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGCTTTGACTTTC
SmilChr01G004479 Chr01 NC_080387.1:62887314-62887326promoter 内 1242-1254 bp - 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 62890073-62893796(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AACGTTGACTTAA
SmilChr02G004620 Chr02 NC_080388.1:68727252-68727264promoter 内 1167-1179 bp + 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 68730086-68732756(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGTG
SmilChr01G003180 Chr01 NC_080387.1:50580577-50580589promoter 内 1080-1092 bp + 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 50583498-50586790(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGTA
SmilChr02G000390 Chr02 NC_080388.1:4820587-4820599promoter 内 971-983 bp + 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4823617-4830268(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGTG
SmilChr01G004171 Chr01 NC_080387.1:60193162-60193174promoter 内 885-897 bp + 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60196278-60197701(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAAGTCAACACT
SmilChr02G000612 Chr02 NC_080388.1:8933614-8933626promoter 内 798-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8936817-8943434(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGTA
SmilChr01G004478 Chr01 NC_080387.1:62887314-62887326promoter 内 761-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 62878340-62884086(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAAGTCAACGTT
SmilChr01G006182 Chr01 NC_080387.1:77340316-77340328promoter 内 753-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 77343564-77346499(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGTA
SmilChr02G003933 Chr02 NC_080388.1:61410940-61410952promoter 内 563-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 61405369-61407514(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGCGTTGACCATG
SmilChr01G004108 Chr01 NC_080387.1:59589073-59589085promoter 内 545-557 bp - 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 59592529-59599790(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGTGTTGACTTCT
SmilChr01G001251 Chr01 NC_080387.1:25129642-25129654promoter 内 400-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 25133243-25133875(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGATTTGACTTTT
SmilChr02G005262 Chr02 NC_080388.1:73717243-73717255promoter 内 384-396 bp - 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 73711521-73713638(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATCC
SmilChr01G003744 Chr01 NC_080387.1:55770327-55770339promoter 内 315-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55759079-55766653(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAAGTCAACGCA
SmilChr01G004925 Chr01 NC_080387.1:67315471-67315483promoter 内 253-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 67319219-67327902(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGTA
SmilChr02G000569 Chr02 NC_080388.1:8035087-8035099promoter 内 142-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8038946-8040914(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAGAGTCAACGAG
SmilChr01G003953 Chr01 NC_080387.1:57916610-57916622promoter 内 3250-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 7 57917361-57918624(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATGC
SmilChr03G000067 Chr03 NC_080389.1:768024-768036promoter 内 3734-3746 bp + 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 766367-767769(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTGT
SmilChr02G004995 Chr02 NC_080388.1:71790337-71790349promoter 内 3516-3528 bp + 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 71790822-71795274(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAACTTT
SmilChr02G004614 Chr02 NC_080388.1:68661109-68661121promoter 内 3041-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 68658631-68660161(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACTGTTGACTTCT
SmilChr02G003158 Chr02 NC_080388.1:52619320-52619332promoter 内 2514-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 52616406-52617845(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TACGTTGACTTCA
SmilChr01G004467 Chr01 NC_080387.1:62760918-62760930promoter 内 2071-2083 bp + 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 62755636-62759000(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTGT
SmilChr01G002441 Chr01 NC_080387.1:41989148-41989160promoter 内 1341-1353 bp - 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 41991808-41992807(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CATGTTGACTTTG
SmilChr02G001892 Chr02 NC_080388.1:34224874-34224886promoter 内 1147-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 34227728-34230415(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAACATG
SmilChr02G003104 Chr02 NC_080388.1:51963957-51963969promoter 内 1046-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 51966912-51969101(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTGT
SmilChr03G000308 Chr03 NC_080389.1:3523469-3523481promoter 内 883-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 3517678-3520363(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TATAGTCAACGCG
SmilChr01G004226 Chr01 NC_080387.1:60637517-60637529promoter 内 475-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 60631906-60634003(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAACTTT
SmilChr02G000967 Chr02 NC_080388.1:16892607-16892619promoter 内 27-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 16885478-16888645(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CATAGTCAACCCT
SmilChr01G004411 Chr01 NC_080387.1:62214272-62214284promoter 内 3785-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62214488-62219697(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAAAGGT
SmilChr02G000033 Chr02 NC_080388.1:406947-406959promoter 内 3743-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 405610-406701(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAACCAA
SmilChr03G001691 Chr03 NC_080389.1:22428564-22428576promoter 内 3632-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 22428933-22429433(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACCTTTGACTTTA
SmilChr02G000665 Chr02 NC_080388.1:10210654-10210666promoter 内 3484-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 10208037-10210149(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G000419 Chr02 NC_080388.1:5322149-5322161promoter 内 3335-3347 bp - 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5319783-5321495(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TATAGTCAACGCG
SmilChr02G001947 Chr02 NC_080388.1:35089340-35089352promoter 内 3331-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 35086837-35088682(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAGAA
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