转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 29 / 146 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004939 Chr02 NC_080388.1:71362835-71362848promoter 内 3718-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 71360734-71362565(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTCTTTGACTTTTT
SmilChr02G002151 Chr02 NC_080388.1:38725104-38725117promoter 内 2579-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 38726526-38737738(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAGTTGACTTTCG
SmilChr03G001172 Chr03 NC_080389.1:13475670-13475683promoter 内 2506-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 13477165-13480092(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G004126 Chr01 NC_080387.1:59754819-59754832promoter 内 2145-2158 bp - 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 59756675-59758001(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAAAGTCAACATT
SmilChr02G001714 Chr02 NC_080388.1:31522667-31522680promoter 内 1979-1992 bp + 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 31524689-31528999(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTGGTTGACTTATT
SmilChr01G001603 Chr01 NC_080387.1:30193635-30193648promoter 内 1387-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 30196249-30197151(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGAAAGTCAACACA
SmilChr04G002170 Chr04 NC_080390.1:35048047-35048060promoter 内 1319-1332 bp - 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 35050729-35051337(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAAAGTCAACTAC
SmilChr01G001602 Chr01 NC_080387.1:30193635-30193648promoter 内 1205-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 30188781-30190852(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTGTTGACTTTCG
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33443841-33443854promoter 内 999-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 33438179-33440852(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAGAGTCAACGAA
SmilChr03G001320 Chr03 NC_080389.1:15457469-15457482promoter 内 436-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 15461034-15462749(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAACATA
SmilChr01G001165 Chr01 NC_080387.1:23673441-23673454promoter 内 3894-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 23673548-23687383(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTCTTTGACTTTTT
SmilChr03G000445 Chr03 NC_080389.1:4782919-4782932promoter 内 3879-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 4778237-4782810(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAAACGC
SmilChr03G000024 Chr03 NC_080389.1:364787-364800promoter 内 3649-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 363541-364448(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAAAGTCAAAGAT
SmilChr03G004625 Chr03 NC_080389.1:63918227-63918240promoter 内 3403-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 63916370-63917642(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCTTTGACTTTTA
SmilChr01G001440 Chr01 NC_080387.1:28073522-28073535promoter 内 3326-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28074197-28079798(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACAAGTCAACCTT
SmilChr04G000284 Chr04 NC_080390.1:2604126-2604139promoter 内 3137-3150 bp - 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 2595443-2603275(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTGGTTGACTTATT
SmilChr03G002483 Chr03 NC_080389.1:39468400-39468413promoter 内 3011-3024 bp + 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 39466613-39467423(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGAAAGTCAACCAG
SmilChr01G002734 Chr01 NC_080387.1:45691836-45691849promoter 内 3007-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 45692830-45692988(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAGAGTCAACGGC
SmilChr02G002625 Chr02 NC_080388.1:45597196-45597209promoter 内 2756-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 45591927-45595964(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGGTTGACTTGTG
SmilChr01G000567 Chr01 NC_080387.1:11743692-11743705promoter 内 2752-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 11739553-11742456(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCCTTTGACTTTTC
SmilChr04G000490 Chr04 NC_080390.1:5294011-5294024promoter 内 2630-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5295382-5300357(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAAAGTCAAAGGG
SmilChr02G001697 Chr02 NC_080388.1:31278167-31278180promoter 内 2409-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31271023-31276588(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAAAGTCAAAGGG
SmilChr02G005263 Chr02 NC_080388.1:73724636-73724649promoter 内 2348-2361 bp - 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 73718345-73722996(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCGGTTGACTTCTG
SmilChr04G001069 Chr04 NC_080390.1:15358693-15358706promoter 内 2337-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 15354434-15357042(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAGTTGACTTTAT
SmilChr03G001591 Chr03 NC_080389.1:20165051-20165064promoter 内 2240-2253 bp + 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 20166812-20167687(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAGTTGACTTTAT
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39776914-39776927promoter 内 2201-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 39778714-39782298(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTCTTTGACTTTTT
SmilChr01G002735 Chr01 NC_080387.1:45691836-45691849promoter 内 1908-1921 bp - 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 45693929-45694047(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAGAGTCAACGGC
SmilChr03G002382 Chr03 NC_080389.1:37601438-37601451promoter 内 1866-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 37603573-37604031(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATAAGTCAACCAC
SmilChr03G004071 Chr03 NC_080389.1:59688027-59688040promoter 内 1789-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 59682802-59685828(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAATGCC
SmilChr02G002628 Chr02 NC_080388.1:45640263-45640276promoter 内 1744-1757 bp + 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 45635359-45638019(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAACATA
SmilChr01G002516 Chr01 NC_080387.1:43113848-43113861promoter 内 1593-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 43108249-43111453(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCCTTTGACTTTTC
SmilChr03G001565 Chr03 NC_080389.1:19789737-19789750promoter 内 1571-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 19787214-19787320(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCAGGTCAACGCC
SmilChr01G000467 Chr01 NC_080387.1:9578024-9578037promoter 内 1450-1463 bp + 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 9580575-9582111(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCCTTTGACTTTTC
SmilChr02G003261 Chr02 NC_080388.1:53898015-53898028promoter 内 1282-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 53900734-53908580(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTGTTGACTTTCT
SmilChr01G005466 Chr01 NC_080387.1:71652063-71652076promoter 内 1272-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 71654792-71658420(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAAAGTCAACAGC
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