转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 29 / 142 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004416 Chr01 NC_080387.1:62302629-62302643promoter 内 1239-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 62305391-62306368(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGATTGGTAGGTGGA
SmilChr07G001989 Chr07 NC_080393.1:17546125-17546139promoter 内 1088-1102 bp - 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 17549038-17550004(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGCGGTAGGTGAC
SmilChr01G000668 Chr01 NC_080387.1:14818304-14818318promoter 内 565-579 bp + 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 14821740-14822909(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCTCATC
SmilChr03G001059 Chr03 NC_080389.1:12285551-12285565promoter 内 403-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12289149-12290155(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCTCATC
SmilChr04G003539 Chr04 NC_080390.1:51734436-51734450promoter 内 337-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 51738100-51739835(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCACCCG
SmilChr06G001125 Chr06 NC_080392.1:11320512-11320526promoter 内 132-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 11309276-11316657(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCAC
SmilChr04G002470 Chr04 NC_080390.1:39519378-39519392promoter 内 75-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 39508606-39515466(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTACCTACCAACAC
SmilChr04G001738 Chr04 NC_080390.1:28629908-28629922promoter 内 48-62 bp + 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 28621910-28625969(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAATGGTAGGTGTG
SmilChr05G003260 Chr05 NC_080391.1:42128148-42128162promoter 内 1987-2001 bp - 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 42125225-42126148(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr05G003259 Chr05 NC_080391.1:42118588-42118602promoter 内 1984-1998 bp - 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 42115662-42116585(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr01G000715 Chr01 NC_080387.1:16037191-16037205promoter 内 3912-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 16037280-16040077(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr03G001892 Chr03 NC_080389.1:26428193-26428207promoter 内 3553-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 26428641-26428979(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACTAA
SmilChr03G001894 Chr03 NC_080389.1:26441485-26441499promoter 内 3553-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 26441933-26442271(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACTAA
SmilChr06G001173 Chr06 NC_080392.1:11949177-11949191promoter 内 3458-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 11949720-11951513(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAATTGGTAGGTAGG
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10225345-10225359promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 10222400-10224564(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr02G000947 Chr02 NC_080388.1:16489789-16489803promoter 内 3088-3102 bp - 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 16490702-16496248(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGCGGGTAGGTGGA
SmilChr01G000506 Chr01 NC_080387.1:10225345-10225359promoter 内 2897-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 10226449-10227917(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGGAGTAGGTGGG
SmilChr04G004060 Chr04 NC_080390.1:55750849-55750863promoter 内 2669-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 55745870-55749531(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTACAC
SmilChr02G004214 Chr02 NC_080388.1:64388992-64389006promoter 内 2327-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 64384833-64387332(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G003638 Chr05 NC_080391.1:48770040-48770054promoter 内 2128-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 48767218-48768181(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr06G002810 Chr06 NC_080392.1:40802145-40802159promoter 内 1970-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 40804176-40804733(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCCAA
SmilChr06G002738 Chr06 NC_080392.1:39641293-39641307promoter 内 1372-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 39643922-39644277(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr03G000881 Chr03 NC_080389.1:10010936-10010950promoter 内 933-947 bp - 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 10003354-10007882(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCGTTCC
SmilChr01G000716 Chr01 NC_080387.1:16037191-16037205promoter 内 158-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 16041034-16043508(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr05G000661 Chr05 NC_080391.1:4982767-4982781promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 4982797-4992411(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCACAAT
SmilChr05G000058 Chr05 NC_080391.1:273621-273635promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 273678-276275(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCCGT
SmilChr04G003395 Chr04 NC_080390.1:50499461-50499475promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 50492490-50499417(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGATGGTAGGTGTG
SmilChr05G001814 Chr05 NC_080391.1:18153391-18153405promoter 内 3780-3794 bp + 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 18153612-18154909(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAAGAC
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53010437-53010451promoter 内 3756-3770 bp + 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53010682-53013283(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCGCACC
SmilChr01G004149 Chr01 NC_080387.1:60023792-60023806promoter 内 3591-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60016671-60023396(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGCGGTAGGTGGC
SmilChr07G003634 Chr07 NC_080393.1:42995114-42995128promoter 内 3553-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 42995562-42995900(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACTAA
SmilChr08G002177 Chr08 NC_080394.1:19682879-19682893promoter 内 3199-3213 bp - 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 19683681-19685512(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGCGGGTAGGTGGA
SmilChr02G000151 Chr02 NC_080388.1:1991746-1991760promoter 内 3196-3210 bp + 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1992551-1995058(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCCTT
SmilChr06G002383 Chr06 NC_080392.1:34651722-34651736promoter 内 3153-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 34652570-34655259(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGCGGGTAGGTGGA
SmilChr07G003125 Chr07 NC_080393.1:33161386-33161400promoter 内 3030-3044 bp - 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 33162357-33163490(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGCGGGTAGGTGGA
SmilChr02G000071 Chr02 NC_080388.1:900871-900885promoter 内 2994-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 897628-899878(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCCTT
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