转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 29 / 171 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004187 Chr05 NC_080391.1:55781553-55781569promoter 内 1939-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55783615-55785358(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTATACGACAAAAAA
SmilChr07G004488 Chr07 NC_080393.1:57430972-57430988promoter 内 1924-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 57433049-57435115(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACGAAGAAGACAAAATA
SmilChr05G000044 Chr05 NC_080391.1:218906-218922promoter 内 1895-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 213308-216816(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAAATTACGACAAAACA
SmilChr02G004076 Chr02 NC_080388.1:63057144-63057160promoter 内 1888-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63053717-63055047(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CACAATGCGACAAAACA
SmilChr08G002227 Chr08 NC_080394.1:20332033-20332049promoter 内 1778-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 20334256-20336754(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCGGAAACGACAAAATC
SmilChr02G002706 Chr02 NC_080388.1:46913552-46913568promoter 内 1591-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46906815-46911158(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTGGG
SmilChr04G000148 Chr04 NC_080390.1:1294780-1294796promoter 内 1529-1545 bp - 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1297252-1299763(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCTTCTACTT
SmilChr01G004482 Chr01 NC_080387.1:62946801-62946817promoter 内 1314-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62949488-62953834(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCTTTTTTTT
SmilChr06G002991 Chr06 NC_080392.1:42744113-42744129promoter 内 1145-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42731329-42741273(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCCAAAATGACAAAAAA
SmilChr03G003841 Chr03 NC_080389.1:57540323-57540339promoter 内 1142-1158 bp + 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 57543182-57545167(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CACAATACGACAAGAAT
SmilChr01G003916 Chr01 NC_080387.1:57440799-57440815promoter 内 1040-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 57435045-57437854(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCCAAAATGACAAAAAA
SmilChr08G001270 Chr08 NC_080394.1:10115807-10115823promoter 内 962-978 bp - 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 10118846-10119948(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTGGG
SmilChr02G000140 Chr02 NC_080388.1:1870421-1870437promoter 内 932-948 bp + 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1873490-1874531(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCCAAAATGACAAAAAA
SmilChr08G003142 Chr08 NC_080394.1:31829961-31829977promoter 内 874-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 31825363-31826850(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTATTGTA
SmilChr06G001364 Chr06 NC_080392.1:14219055-14219071promoter 内 705-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 14222351-14223919(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GACAAAATGACAAAAAA
SmilChr01G000023 Chr01 NC_080387.1:433210-433226promoter 内 539-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 436672-447883(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTGGG
SmilChr05G000047 Chr05 NC_080391.1:218906-218922promoter 内 376-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 222531-225167(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCGTAATTTG
SmilChr08G000913 Chr08 NC_080394.1:6739019-6739035promoter 内 314-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6742706-6744266(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCCTTTTTCA
SmilChr04G002847 Chr04 NC_080390.1:44585972-44585988promoter 内 251-267 bp + 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 44581122-44582238(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGTTTTGTCTTTTCCCT
SmilChr06G002986 Chr06 NC_080392.1:42658182-42658198promoter 内 196-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42650383-42654393(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCCAAAATGACAAAAAA
SmilChr02G003888 Chr02 NC_080388.1:60979019-60979035promoter 内 172-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 60960018-60975206(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAAATTACGACAAAACA
SmilChr06G003270 Chr06 NC_080392.1:45315093-45315109promoter 内 125-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45310171-45311233(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAAGAAAAGACAAAAAA
SmilChr07G001161 Chr07 NC_080393.1:8693608-8693624promoter 内 105-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 8684881-8689728(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCCTTTTCAT
SmilChr06G002588 Chr06 NC_080392.1:37090552-37090568promoter 内 61-77 bp - 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 37082597-37086628(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCCAAAATGACAAAAAA
SmilChr01G002621 Chr01 NC_080387.1:44479802-44479818promoter 内 57-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 44483746-44489744(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTTCTTA
SmilChr07G001216 Chr07 NC_080393.1:9301642-9301658promoter 内 32-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 9289900-9297689(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTTCTTA
SmilChr03G003057 Chr03 NC_080389.1:47468635-47468651promoter 内 3968-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 47466730-47468618(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGAAAGAGGACAAAATA
SmilChr06G001735 Chr06 NC_080392.1:20015830-20015846promoter 内 3954-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 20011098-20015799(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CACAACCCGACAAAAAT
SmilChr01G005712 Chr01 NC_080387.1:73337073-73337089promoter 内 3574-3590 bp - 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73337500-73338856(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCTTTCTTT
SmilChr01G000491 Chr01 NC_080387.1:9972197-9972213promoter 内 3327-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 9968021-9971539(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr04G000456 Chr04 NC_080390.1:4831634-4831650promoter 内 2749-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 4824923-4830398(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATAAAAGGACAAAATG
SmilChr08G001285 Chr08 NC_080394.1:10237956-10237972promoter 内 2702-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 10234528-10236673(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTTTTAT
SmilChr01G006003 Chr01 NC_080387.1:75605992-75606008promoter 内 2651-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 75601814-75604658(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTTCTCT
SmilChr01G000989 Chr01 NC_080387.1:20889988-20890004promoter 内 2537-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 20891452-20894050(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCCTTTTATG
SmilChr02G005242 Chr02 NC_080388.1:73597733-73597749promoter 内 2338-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73594646-73596086(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCGAAACGACAAAATA
SmilChr03G002008 Chr03 NC_080389.1:29989124-29989140promoter 内 2285-2301 bp - 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 29990840-30001619(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTTTAGAC
SmilChr01G003618 Chr01 NC_080387.1:54712919-54712935promoter 内 2172-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 54714748-54718095(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAGAAAGGACAAAAAA
SmilChr02G002988 Chr02 NC_080388.1:50548825-50548841promoter 内 2142-2158 bp - 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 50544261-50546982(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAGAAAGGACAAAAAA
SmilChr07G004245 Chr07 NC_080393.1:54892622-54892638promoter 内 2031-2047 bp + 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 54887084-54890668(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr01G000413 Chr01 NC_080387.1:8373088-8373104promoter 内 2030-2046 bp - 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 8375059-8378406(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr05G003683 Chr05 NC_080391.1:49931431-49931447promoter 内 1787-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 49933645-49936296(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr03G001515 Chr03 NC_080389.1:18555941-18555957promoter 内 1591-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 18558351-18561315(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr05G003786 Chr05 NC_080391.1:51179632-51179648promoter 内 1567-1583 bp + 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 51174097-51177214(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr03G001524 Chr03 NC_080389.1:18766038-18766054promoter 内 1545-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 18756055-18763598(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTTTGGTG
SmilChr08G004194 Chr08 NC_080394.1:51336220-51336236promoter 内 1484-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 51329897-51333719(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCTTTTTATT
SmilChr06G001055 Chr06 NC_080392.1:10412653-10412669promoter 内 1459-1475 bp + 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 10407085-10410127(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr01G002529 Chr01 NC_080387.1:43313836-43313852promoter 内 1359-1375 bp + 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 43308375-43311210(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr01G001750 Chr01 NC_080387.1:32229596-32229612promoter 内 1334-1350 bp - 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 32232263-32234791(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr06G001202 Chr06 NC_080392.1:12308573-12308589promoter 内 1270-1286 bp + 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 12303373-12305858(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr04G002875 Chr04 NC_080390.1:44888849-44888865promoter 内 1216-1232 bp - 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 44891634-44893947(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTGTTTGG