转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 29 / 129 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004349 Chr01 NC_080387.1:61696623-61696630promoter 内 108-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61690687-61692737(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G000065 Chr01 NC_080387.1:1095499-1095506promoter 内 85-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1072493-1091590(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G004234 Chr02 NC_080388.1:64515920-64515927promoter 内 81-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64519840-64521118(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000382 Chr02 NC_080388.1:4787871-4787878promoter 内 79-86 bp + 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4780702-4783956(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001170 Chr02 NC_080388.1:21511869-21511876promoter 内 74-81 bp + 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21515796-21518855(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G002345 Chr01 NC_080387.1:40596615-40596622promoter 内 67-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40590469-40592688(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001521 Chr02 NC_080388.1:28315433-28315440promoter 内 57-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28319377-28325595(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G000520 Chr01 NC_080387.1:10619737-10619744promoter 内 49-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 10623689-10623775(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G002085 Chr02 NC_080388.1:37431213-37431220promoter 内 32-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37435182-37436929(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G003359 Chr02 NC_080388.1:54741944-54741951promoter 内 13-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54735600-54737963(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G003832 Chr02 NC_080388.1:59967011-59967018promoter 内 10-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59958803-59963027(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G003074 Chr02 NC_080388.1:51639146-51639153promoter 内 7-14 bp + 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51643140-51644435(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G004782 Chr02 NC_080388.1:70000686-70000693promoter 内 2-9 bp + 3992 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 70004685-70006856(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G003786 Chr01 NC_080387.1:56258231-56258238promoter 内 3904-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 7 56258328-56262030(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G000431 Chr01 NC_080387.1:8602075-8602082promoter 内 3511-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 7 8602565-8606366(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G000110 Chr01 NC_080387.1:1865672-1865679promoter 内 2340-2347 bp + 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 7 1867333-1868857(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G003365 Chr02 NC_080388.1:54777950-54777957promoter 内 253-260 bp + 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 7 54766824-54774209(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G001244 Chr02 NC_080388.1:22832164-22832171promoter 内 3702-3709 bp - 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 6 22832463-22836275(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G001345 Chr01 NC_080387.1:26703714-26703721promoter 内 2147-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 6 26705568-26708801(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G000077 Chr02 NC_080388.1:975533-975540promoter 内 3748-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 975786-976583(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G001873 Chr02 NC_080388.1:34015928-34015935promoter 内 3618-3625 bp - 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 34016311-34021212(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G001772 Chr02 NC_080388.1:32471742-32471749promoter 内 3260-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 32472483-32473434(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G001891 Chr01 NC_080387.1:34027839-34027846promoter 内 2778-2785 bp + 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 34029062-34030114(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G003377 Chr02 NC_080388.1:54910512-54910519promoter 内 2496-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 54912017-54912922(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G005068 Chr01 NC_080387.1:68580155-68580162promoter 内 2440-2447 bp - 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 68574525-68578601(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G004897 Chr01 NC_080387.1:67043564-67043571promoter 内 1664-1671 bp - 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 67037729-67041234(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G005240 Chr02 NC_080388.1:73578066-73578073promoter 内 1498-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 73572201-73575570(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G001343 Chr01 NC_080387.1:26701900-26701907promoter 内 1490-1497 bp - 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 26698517-26699396(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G004454 Chr02 NC_080388.1:66940853-66940860promoter 内 1198-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 66937617-66938057(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G005243 Chr02 NC_080388.1:73603548-73603555promoter 内 1092-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 73599124-73600646(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G004567 Chr02 NC_080388.1:68184811-68184818promoter 内 958-965 bp - 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 68187854-68194128(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G003384 Chr01 NC_080387.1:52527712-52527719promoter 内 932-939 bp + 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 5 52521412-52524650(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G004607 Chr01 NC_080387.1:64046802-64046809promoter 内 3922-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 64046881-64049414(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G000823 Chr01 NC_080387.1:17760898-17760905promoter 内 3831-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 17759797-17760735(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27188347-27188354promoter 内 3707-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 27187377-27188060(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G006012 Chr01 NC_080387.1:75697960-75697967promoter 内 3660-3667 bp + 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 75698301-75699155(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G000169 Chr02 NC_080388.1:2179169-2179176promoter 内 3620-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 2177866-2178795(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G000781 Chr02 NC_080388.1:12837357-12837364promoter 内 3566-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 12835022-12836929(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G000630 Chr01 NC_080387.1:14083556-14083563promoter 内 3451-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 14084106-14086762(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G002429 Chr02 NC_080388.1:42309623-42309630promoter 内 3323-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 42310301-42311440(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G005180 Chr02 NC_080388.1:73093445-73093452promoter 内 3290-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 73088503-73092741(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G005212 Chr02 NC_080388.1:73338565-73338572promoter 内 3103-3110 bp - 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 73335162-73337674(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G005700 Chr01 NC_080387.1:73257308-73257315promoter 内 3100-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 73256342-73256414(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G000772 Chr02 NC_080388.1:12680907-12680914promoter 内 3089-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 12678524-12680002(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G002316 Chr02 NC_080388.1:40777580-40777587promoter 内 3059-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 40778522-40778592(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G000056 Chr01 NC_080387.1:874973-874980promoter 内 3008-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 875966-877320(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G005651 Chr01 NC_080387.1:72891403-72891410promoter 内 2906-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 72889589-72890315(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G004414 Chr01 NC_080387.1:62271042-62271049promoter 内 2870-2877 bp - 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 62267610-62269918(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G001221 Chr02 NC_080388.1:22408996-22409003promoter 内 2718-2725 bp - 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 22404995-22407720(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G003312 Chr01 NC_080387.1:51831439-51831446promoter 内 2664-2671 bp - 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 4 51832776-51833922(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT