转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 29 / 121 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001411 Chr02 NC_080388.1:26746473-26746487promoter 内 1319-1333 bp - 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 26749155-26752912(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCCG
SmilChr02G003231 Chr02 NC_080388.1:53586925-53586939promoter 内 1213-1227 bp + 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 53579680-53584151(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGAATTG
SmilChr02G003970 Chr02 NC_080388.1:61879798-61879812promoter 内 1176-1190 bp + 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 61876547-61876987(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTAGATCA
SmilChr02G005348 Chr02 NC_080388.1:74296915-74296929promoter 内 510-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74287529-74293438(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATAT
SmilChr04G001467 Chr04 NC_080390.1:24091907-24091921promoter 内 403-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 24095505-24103830(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTACAGATCTGGA
SmilChr05G001147 Chr05 NC_080391.1:9608337-9608351promoter 内 310-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 9600850-9604660(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTCCTAGATCTGAG
SmilChr03G001485 Chr03 NC_080389.1:17906811-17906825promoter 内 292-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 17910520-17914519(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGATCAGATCTGAG
SmilChr03G004751 Chr03 NC_080389.1:64591514-64591528promoter 内 258-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 64595257-64596262(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAAGTAGATCTGGG
SmilChr04G002498 Chr04 NC_080390.1:39919165-39919179promoter 内 166-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 39912889-39915344(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAG
SmilChr02G002411 Chr02 NC_080388.1:42085193-42085207promoter 内 3859-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 42084993-42085065(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATATCG
SmilChr04G002911 Chr04 NC_080390.1:45343952-45343966promoter 内 3667-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45344286-45344390(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCGCC
SmilChr01G002399 Chr01 NC_080387.1:41331257-41331271promoter 内 3640-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 41331618-41337151(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAATTAGATCTGAA
SmilChr04G002912 Chr04 NC_080390.1:45343952-45343966promoter 内 3338-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45344615-45344719(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCGCC
SmilChr05G000539 Chr05 NC_080391.1:4132760-4132774promoter 内 3337-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4133424-4135937(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGATAT
SmilChr01G004537 Chr01 NC_080387.1:63529851-63529865promoter 内 3126-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63530726-63531610(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATCTAGATCTCAT
SmilChr01G001012 Chr01 NC_080387.1:21292445-21292459promoter 内 3053-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 21288277-21291511(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTAAATCC
SmilChr04G002913 Chr04 NC_080390.1:45343952-45343966promoter 内 3032-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45344921-45345025(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G000528 Chr04 NC_080390.1:5809725-5809739promoter 内 2926-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5810800-5820438(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGAGATCTACATCT
SmilChr04G002914 Chr04 NC_080390.1:45343952-45343966promoter 内 2714-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45345239-45345334(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G002288 Chr04 NC_080390.1:37168490-37168504promoter 内 2555-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37169936-37171128(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTAGATCA
SmilChr01G000162 Chr01 NC_080387.1:2700401-2700415promoter 内 2531-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2701871-2702522(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGCCGC
SmilChr04G002915 Chr04 NC_080390.1:45343952-45343966promoter 内 2417-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45345536-45345640(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G003024 Chr04 NC_080390.1:46658864-46658878promoter 内 2089-2103 bp - 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46660776-46661287(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAGCTTT
SmilChr04G003195 Chr04 NC_080390.1:48750539-48750553promoter 内 2009-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48748113-48748561(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAGCTTT
SmilChr05G000675 Chr05 NC_080391.1:5157557-5157571promoter 内 1819-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5153653-5155389(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGATTGGATCTGAC
SmilChr02G004550 Chr02 NC_080388.1:68037451-68037465promoter 内 1648-1662 bp - 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68034096-68035112(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGATTGGATCTGAC
SmilChr04G002289 Chr04 NC_080390.1:37168490-37168504promoter 内 1242-1256 bp - 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37171249-37172985(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTAGATCA
SmilChr03G004049 Chr03 NC_080389.1:59459439-59459453promoter 内 1215-1229 bp + 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59462225-59464669(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGTTTGGATCTGAT
SmilChr01G002816 Chr01 NC_080387.1:46720510-46720524promoter 内 956-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46723555-46729059(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATATAGATCTGAC
SmilChr01G002895 Chr01 NC_080387.1:47651067-47651081promoter 内 826-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47654242-47656712(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGATTAGATCTGAA
SmilChr04G003023 Chr04 NC_080390.1:46658864-46658878promoter 内 718-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46655141-46655595(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGCTAGATCTGTG
SmilChr01G004538 Chr01 NC_080387.1:63529851-63529865promoter 内 404-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63533448-63536628(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATCTAGATCTCAT
SmilChr04G002909 Chr04 NC_080390.1:45343952-45343966promoter 内 357-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45339572-45340322(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAG
SmilChr02G004549 Chr02 NC_080388.1:68037451-68037465promoter 内 186-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68031027-68033650(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGATTGGATCTGAC
SmilChr01G000917 Chr01 NC_080387.1:19386749-19386763promoter 内 122-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19390628-19391413(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCTCGC
SmilChr03G003738 Chr03 NC_080389.1:56400478-56400492promoter 内 103-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56389572-56396594(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAATCCC
SmilChr04G000055 Chr04 NC_080390.1:484609-484623promoter 内 25-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 488585-495235(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCGCCGGATCTGAG
SmilChr05G001224 Chr05 NC_080391.1:10302008-10302022promoter 内 3554-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 7 10302455-10306055(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCCTTC
SmilChr02G002934 Chr02 NC_080388.1:49843001-49843015promoter 内 2804-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 7 49833795-49841818(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACAGCC
SmilChr01G002137 Chr01 NC_080387.1:37353918-37353932promoter 内 1522-1536 bp + 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 7 37346822-37351453(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCCTTC
SmilChr03G000909 Chr03 NC_080389.1:10417445-10417459promoter 内 3266-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 5 10414546-10416724(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTATGA
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46982419-46982433promoter 内 2616-2630 bp + 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 5 46983804-46987494(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTCCAGATCTGTC
SmilChr01G002002 Chr01 NC_080387.1:35526453-35526467promoter 内 2282-2296 bp - 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 35528172-35530481(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCAGTC
SmilChr01G005003 Chr01 NC_080387.1:68073959-68073973promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 68076491-68103913(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGCGA
SmilChr02G004592 Chr02 NC_080388.1:68434361-68434375promoter 内 2733-2747 bp + 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 68420941-68433107(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGCGA
SmilChr03G003205 Chr03 NC_080389.1:49593306-49593320promoter 内 2617-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 49589777-49591936(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCATCTAGATCTGCT
SmilChr02G000594 Chr02 NC_080388.1:8527049-8527063promoter 内 1433-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 8523336-8524495(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTTCCAGATCTGAT
SmilChr04G003367 Chr04 NC_080390.1:50248226-50248240promoter 内 825-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 50251402-50253987(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGGCCAGATCTGTT
SmilChr01G001928 Chr01 NC_080387.1:34455241-34455255promoter 内 96-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 34449221-34451350(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCCAAT
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64048706-64048720promoter 内 64-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 64042824-64044783(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGCGA