转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 3 / 161 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004403 Chr03 NC_080389.1:62212365-62212379promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 62213335-62217661(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTGTCGGCGGTGG
SmilChr06G001319 Chr06 NC_080392.1:13704945-13704959promoter 内 2698-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 13701450-13703656(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTTGTCGGCGGCAG
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59042287-59042301promoter 内 2593-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTCGCCGACAACA
SmilChr06G003046 Chr06 NC_080392.1:43326109-43326123promoter 内 2064-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 43321450-43324186(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCAGCGG
SmilChr04G000583 Chr04 NC_080390.1:6470701-6470715promoter 内 1668-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 6473034-6479637(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTTGTCGGCGGCGA
SmilChr03G002564 Chr03 NC_080389.1:40834375-40834389promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 40836816-40839710(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTGTCGGCGGTGG
SmilChr06G000298 Chr06 NC_080392.1:2128777-2128791promoter 内 1267-1281 bp + 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 2121637-2126057(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGCCGCCGACAACG
SmilChr07G002795 Chr07 NC_080393.1:27857555-27857569promoter 内 715-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 27852698-27854283(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTCGCCGACAACA
SmilChr03G002192 Chr03 NC_080389.1:34438407-34438421promoter 内 63-77 bp + 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 34433795-34434483(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACAACA
SmilChr04G001211 Chr04 NC_080390.1:18776849-18776863promoter 内 2060-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 4 18778790-18793900(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTTGCCGACAACG
SmilChr08G003208 Chr08 NC_080394.1:32899681-32899695promoter 内 2394-2408 bp + 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 3 32901288-32903108(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCGACGA
SmilChr04G000364 Chr04 NC_080390.1:3657719-3657733promoter 内 999-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 3 3654240-3654731(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGCTGCCGACACCG
SmilChr01G002187 Chr01 NC_080387.1:37992708-37992722promoter 内 2601-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 37994108-37997497(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCTGTCGGCGGAGG
SmilChr03G003630 Chr03 NC_080389.1:54971304-54971318promoter 内 2467-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 54972838-54974617(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCTGTCGGCGGAGG
SmilChr02G005427 Chr02 NC_080388.1:74721760-74721774promoter 内 1582-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 74724179-74724652(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCGACGG
SmilChr01G004936 Chr01 NC_080387.1:67464223-67464237promoter 内 634-648 bp + 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 67459992-67460870(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTCCGCCGACAGCC
SmilChr01G000391 Chr01 NC_080387.1:8060665-8060679promoter 内 3394-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 8061272-8062313(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCGACGG
SmilChr06G001476 Chr06 NC_080392.1:15662084-15662098promoter 内 2278-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 15658947-15660375(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCGACGG
SmilChr01G000392 Chr01 NC_080387.1:8060665-8060679promoter 内 1300-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 8063366-8067583(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCGACGG
SmilChr05G004012 Chr05 NC_080391.1:54062706-54062720promoter 内 532-546 bp + 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 54057630-54059251(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACAACC
SmilChr03G004649 Chr03 NC_080389.1:64041818-64041832promoter 内 282-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 64035093-64038113(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGTCGCCGACACCG
SmilChr05G001486 Chr05 NC_080391.1:13627263-13627277promoter 内 1530-1544 bp - 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 13620632-13624806(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGCGTCGGCAGCGG
SmilChr02G002234 Chr02 NC_080388.1:39674581-39674595promoter 内 1030-1044 bp - 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 39677552-39681626(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTTGCCGACACCC
SmilChr05G002208 Chr05 NC_080391.1:23536634-23536648promoter 内 960-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 23539675-23540631(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGCGAAGG
SmilChr05G000221 Chr05 NC_080391.1:1733105-1733119promoter 内 924-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 1727623-1730042(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCAACGG
SmilChr08G001908 Chr08 NC_080394.1:16596905-16596919promoter 内 3447-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 16597459-16599011(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCAACGG
SmilChr04G002222 Chr04 NC_080390.1:35910309-35910323promoter 内 3129-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 35906714-35909451(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTCGCCGACACCT
SmilChr03G003747 Chr03 NC_080389.1:56532704-56532718promoter 内 3766-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 56532939-56536077(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCAACGG
SmilChr01G002568 Chr01 NC_080387.1:43782446-43782460promoter 内 3254-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 43781518-43781713(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGCGTCGGCAGCGG
SmilChr03G000398 Chr03 NC_080389.1:4342917-4342931promoter 内 2957-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 4340710-4341887(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGCGTCGGCAGCGG
SmilChr01G003399 Chr01 NC_080387.1:52701324-52701338promoter 内 2894-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 52698126-52700231(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCGGAGC
SmilChr07G003194 Chr07 NC_080393.1:34070410-34070424promoter 内 2828-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 34068249-34069251(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCAACGG
SmilChr08G002040 Chr08 NC_080394.1:18223802-18223816promoter 内 2806-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 18220496-18222621(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACGCCG
SmilChr04G003898 Chr04 NC_080390.1:54766046-54766060promoter 内 2424-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 54767623-54768268(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACGCCG
SmilChr01G005608 Chr01 NC_080387.1:72617660-72617674promoter 内 2412-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 72613265-72616085(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGCCGCCGACACTA
SmilChr04G003899 Chr04 NC_080390.1:54766046-54766060promoter 内 1957-1971 bp - 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 54768090-54768240(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACGCCG
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53115420-53115434promoter 内 1040-1054 bp - 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 53109246-53112473(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGCGTCGGCAGCGG
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