转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 3 / 142 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004026 Chr05 NC_080391.1:54252750-54252764promoter 内 3847-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 54252904-54255876(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGTGGT
SmilChr01G003071 Chr01 NC_080387.1:49559083-49559097promoter 内 3690-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 49553057-49558786(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCGCGGTAGGTGGG
SmilChr08G004722 Chr08 NC_080394.1:56634158-56634172promoter 内 2876-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 56635283-56637159(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACAACCACCAC
SmilChr02G000969 Chr02 NC_080388.1:16923013-16923027promoter 内 2762-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 16918347-16921788(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGGG
SmilChr08G000786 Chr08 NC_080394.1:5797028-5797042promoter 内 2398-2412 bp + 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 5798631-5800246(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCTCCCA
SmilChr05G001128 Chr05 NC_080391.1:9419264-9419278promoter 内 2227-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 9417052-9417504(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G002641 Chr01 NC_080387.1:44688955-44688969promoter 内 1655-1669 bp - 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 44691301-44691387(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGTGGT
SmilChr02G004171 Chr02 NC_080388.1:64013856-64013870promoter 内 1639-1653 bp + 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 64004190-64011508(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGTGGTAGGTGGA
SmilChr06G002500 Chr06 NC_080392.1:35878777-35878791promoter 内 3772-3786 bp + 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 35879006-35881427(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACCTC
SmilChr06G002499 Chr06 NC_080392.1:35878777-35878791promoter 内 2826-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 35875595-35877616(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGTTGGG
SmilChr02G000452 Chr02 NC_080388.1:6011790-6011804promoter 内 2653-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 6013138-6021092(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCCACCACCAC
SmilChr06G002130 Chr06 NC_080392.1:28679988-28680002promoter 内 388-402 bp + 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 4 28683601-28693402(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCAACCACCAC
SmilChr07G002991 Chr07 NC_080393.1:30516313-30516327promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 30518403-30520977(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACCC
SmilChr08G004553 Chr08 NC_080394.1:55109836-55109850promoter 内 3664-3678 bp - 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 55110173-55111173(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr08G002378 Chr08 NC_080394.1:22569358-22569372promoter 内 2629-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 22565363-22568000(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACCC
SmilChr08G000655 Chr08 NC_080394.1:4876505-4876519promoter 内 2628-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 4877878-4878804(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCGGACC
SmilChr01G000923 Chr01 NC_080387.1:19570687-19570701promoter 内 2499-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 19564842-19569199(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCCCCA
SmilChr08G004088 Chr08 NC_080394.1:49568252-49568266promoter 内 1866-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 49563796-49566131(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr06G001500 Chr06 NC_080392.1:16062624-16062638promoter 内 1685-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 16064940-16069058(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGAAGGTAGGTGGG
SmilChr08G000710 Chr08 NC_080394.1:5276661-5276675promoter 内 1572-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 5271259-5274246(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr04G002346 Chr04 NC_080390.1:37843402-37843416promoter 内 775-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 37846628-37847842(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGGTGGT
SmilChr02G004127 Chr02 NC_080388.1:63524820-63524834promoter 内 505-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 63520369-63521338(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGTAGGTGGA
SmilChr07G004363 Chr07 NC_080393.1:56174085-56174099promoter 内 292-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 56177794-56181590(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCCACCACCAC
SmilChr05G002869 Chr05 NC_080391.1:34371037-34371051promoter 内 241-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 34374797-34377585(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGTAGGTGGA
SmilChr06G002245 Chr06 NC_080392.1:31887512-31887526promoter 内 236-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 31880225-31883761(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCCACCACCAC
SmilChr01G003200 Chr01 NC_080387.1:50792576-50792590promoter 内 14-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 50786783-50788603(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCCACCACCAC
SmilChr08G000483 Chr08 NC_080394.1:3463132-3463146promoter 内 3939-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 3460001-3463084(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCCACCACCAC
SmilChr08G003661 Chr08 NC_080394.1:40337571-40337585promoter 内 3707-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40337865-40341047(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr03G000171 Chr03 NC_080389.1:1880863-1880877promoter 内 3536-3550 bp - 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1876652-1880412(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCCACCACCAC
SmilChr02G003507 Chr02 NC_080388.1:56250900-56250914promoter 内 3155-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56251746-56264745(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr02G003559 Chr02 NC_080388.1:56753840-56753854promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56754702-56767587(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr01G004034 Chr01 NC_080387.1:58769525-58769539promoter 内 3029-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58770497-58773294(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACCC
SmilChr08G004089 Chr08 NC_080394.1:49568252-49568266promoter 内 2950-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 49566619-49567215(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTGGG
SmilChr03G002561 Chr03 NC_080389.1:40794965-40794979promoter 内 2860-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40796106-40802176(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr01G002614 Chr01 NC_080387.1:44410509-44410523promoter 内 2605-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 44406689-44409127(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCCACCACCAA
SmilChr07G004523 Chr07 NC_080393.1:57898782-57898796promoter 内 2414-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 57894527-57897209(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr01G004272 Chr01 NC_080387.1:60963627-60963641promoter 内 2335-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 60965293-60968483(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACCC
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SmilChr05G004313 Chr05 NC_080391.1:56805630-56805644promoter 内 2062-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56807569-56810137(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGGGGTAGGTGGG
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SmilChr07G001702 Chr07 NC_080393.1:14433785-14433799promoter 内 1881-1895 bp + 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 14429062-14431679(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGGGGTAGGTGGG
SmilChr02G001363 Chr02 NC_080388.1:25616321-25616335promoter 内 1658-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 25607442-25613992(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACATC
SmilChr07G001093 Chr07 NC_080393.1:8038532-8038546promoter 内 1515-1529 bp - 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 8034953-8036060(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCCCCA
SmilChr05G004312 Chr05 NC_080391.1:56805630-56805644promoter 内 1417-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56800603-56803060(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCCCCA
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SmilChr05G003109 Chr05 NC_080391.1:39523542-39523556promoter 内 634-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39526909-39528480(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGTAGA
SmilChr07G001430 Chr07 NC_080393.1:11114140-11114154promoter 内 230-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 11106567-11110383(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCCACCACCAA
SmilChr02G001841 Chr02 NC_080388.1:33556363-33556377promoter 内 204-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 33560160-33563864(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCCACCACCAC