转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 3 / 138 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001137 Chr03 NC_080389.1:13093726-13093738promoter 内 1970-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 13095757-13096290(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCGGC
SmilChr03G001136 Chr03 NC_080389.1:13093726-13093738promoter 内 162-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 13087507-13089899(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGGTCAACGGT
SmilChr03G002530 Chr03 NC_080389.1:40368068-40368080promoter 内 3460-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 40367090-40367539(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGGTCAACGTT
SmilChr02G004486 Chr02 NC_080388.1:67372858-67372870promoter 内 2430-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 67367725-67371299(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACCATG
SmilChr01G001425 Chr01 NC_080387.1:27881335-27881347promoter 内 1691-1703 bp - 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 27875044-27879037(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGTTGACCAAA
SmilChr01G002959 Chr01 NC_080387.1:48464330-48464342promoter 内 3893-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 48457651-48464234(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAGGTCAACGTT
SmilChr03G003265 Chr03 NC_080389.1:50588773-50588785promoter 内 3351-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 50589423-50590130(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACCATT
SmilChr03G001219 Chr03 NC_080389.1:14012022-14012034promoter 内 2043-2055 bp - 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 14007534-14010076(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACCATT
SmilChr03G003266 Chr03 NC_080389.1:50588773-50588785promoter 内 834-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 50591940-50592010(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACCATT
SmilChr02G001976 Chr02 NC_080388.1:35723446-35723458promoter 内 3909-3921 bp - 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 35723538-35723879(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCAGTCAACGCC
SmilChr03G004141 Chr03 NC_080389.1:60245842-60245854promoter 内 3646-3658 bp + 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 60243987-60245499(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGGTCAACGTT
SmilChr03G002579 Chr03 NC_080389.1:41002749-41002761promoter 内 174-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 41006576-41010508(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGGTCAACGTT
SmilChr02G001974 Chr02 NC_080388.1:35723446-35723458promoter 内 90-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 35718038-35719547(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGTTGACTGAG
SmilChr01G005349 Chr01 NC_080387.1:70744278-70744290promoter 内 3930-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 70744349-70746037(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACAGTCAACGCC
SmilChr01G005993 Chr01 NC_080387.1:75535193-75535205promoter 内 3926-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 75533859-75535130(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACCTGT
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670986-16670998promoter 内 3352-3364 bp - 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 16671635-16675520(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAGGTCAACGCG
SmilChr02G001975 Chr02 NC_080388.1:35723446-35723458promoter 内 2702-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 35719848-35722159(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGTTGACTGAG
SmilChr02G003736 Chr02 NC_080388.1:59004450-59004462promoter 内 2465-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 59005986-59006474(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAACGGC
SmilChr02G004756 Chr02 NC_080388.1:69742403-69742415promoter 内 2408-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 69738659-69740822(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACCATT
SmilChr01G005994 Chr01 NC_080387.1:75535193-75535205promoter 内 1552-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 75537642-75537748(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAGGTCAACGCG
SmilChr03G002050 Chr03 NC_080389.1:31050019-31050031promoter 内 1159-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 31041157-31047189(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGTTGACTTAG
SmilChr01G005290 Chr01 NC_080387.1:70228077-70228089promoter 内 1451-1463 bp + 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 3 70230627-70231738(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACCGTG
SmilChr01G000342 Chr01 NC_080387.1:6989201-6989213promoter 内 3024-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 6981145-6988236(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGTTGACTGAT
SmilChr01G005287 Chr01 NC_080387.1:70219729-70219741promoter 内 2643-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 70221087-70222094(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACCGTG
SmilChr01G002952 Chr01 NC_080387.1:48394764-48394776promoter 内 1981-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 48396784-48401513(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACTGAG
SmilChr02G005436 Chr02 NC_080388.1:74767478-74767490promoter 内 1710-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 74769769-74777238(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGTTGACCAAC
SmilChr01G005269 Chr01 NC_080387.1:70124882-70124894promoter 内 1097-1109 bp + 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 70127786-70128712(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACCGTG
SmilChr01G005288 Chr01 NC_080387.1:70219729-70219741promoter 内 1031-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 70222699-70224075(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACCGTG
SmilChr01G005291 Chr01 NC_080387.1:70228077-70228089promoter 内 197-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 70231881-70234315(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACCGTG
SmilChr01G002768 Chr01 NC_080387.1:46132684-46132696promoter 内 3828-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 46131516-46132523(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCAAGTCAACGGC
SmilChr01G004229 Chr01 NC_080387.1:60671426-60671438promoter 内 1921-1933 bp - 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 60673506-60674711(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCAAGTCAACGGC
SmilChr01G000065 Chr01 NC_080387.1:1093788-1093800promoter 内 1791-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 1072493-1091590(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGGTCAACGGG
SmilChr03G002533 Chr03 NC_080389.1:40395524-40395536promoter 内 1631-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 40387035-40393166(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACTTGC
SmilChr02G003082 Chr02 NC_080388.1:51744514-51744526promoter 内 1520-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 51741973-51742045(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCAGTCAACGGC
SmilChr01G005661 Chr01 NC_080387.1:72944712-72944724promoter 内 1385-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 72947328-72949283(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCAAGTCAACGCC
SmilChr02G004268 Chr02 NC_080388.1:64885102-64885114promoter 内 1260-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 64887843-64905621(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACCTTT
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