转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 30 / 148 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003632 Chr07 NC_080393.1:42954345-42954358promoter 内 1696-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 42945079-42952053(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCTGGCCACGTGG
SmilChr01G001808 Chr01 NC_080387.1:33007602-33007615promoter 内 1575-1588 bp + 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33010028-33013340(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCCGGTCACGTGT
SmilChr01G000886 Chr01 NC_080387.1:18924265-18924278promoter 内 1539-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 18926727-18927868(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATGAT
SmilChr02G002770 Chr02 NC_080388.1:47750618-47750631promoter 内 1329-1342 bp - 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 47753290-47755958(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACGTTTC
SmilChr01G002150 Chr01 NC_080387.1:37488319-37488332promoter 内 1246-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37491074-37491916(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACTTTCT
SmilChr02G003565 Chr02 NC_080388.1:56829178-56829191promoter 内 1227-1240 bp - 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 56821444-56826417(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCATGACACGTGG
SmilChr01G002190 Chr01 NC_080387.1:38047946-38047959promoter 内 1020-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 38050927-38053911(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATGAT
SmilChr08G000787 Chr08 NC_080394.1:5809884-5809897promoter 内 906-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 5802314-5806802(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACACACT
SmilChr05G003679 Chr05 NC_080391.1:49833941-49833954promoter 内 872-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 49829780-49830825(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCAGCA
SmilChr04G001773 Chr04 NC_080390.1:29143862-29143875promoter 内 775-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 29139439-29140649(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATGAT
SmilChr06G000702 Chr06 NC_080392.1:6266310-6266323promoter 内 759-772 bp + 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6269552-6271191(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAAGAGGCACGTGG
SmilChr07G000404 Chr07 NC_080393.1:2792532-2792545promoter 内 638-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2795895-2800094(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTCGTGACACGTGG
SmilChr01G000170 Chr01 NC_080387.1:2797502-2797515promoter 内 613-626 bp + 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2800890-2804009(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCATGACACGTGG
SmilChr07G001715 Chr07 NC_080393.1:14567773-14567786promoter 内 492-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14571282-14573545(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATGAT
SmilChr01G003276 Chr01 NC_080387.1:51470341-51470354promoter 内 370-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 51463545-51466723(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGATGTCACGTGG
SmilChr01G005979 Chr01 NC_080387.1:75454732-75454745promoter 内 302-315 bp - 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 75445761-75451046(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCCGCACACGTGG
SmilChr02G002677 Chr02 NC_080388.1:46355481-46355494promoter 内 258-271 bp - 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46349234-46351751(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCATGACACGTGG
SmilChr04G000930 Chr04 NC_080390.1:12127211-12127224promoter 内 225-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12122498-12123448(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCGCTACC
SmilChr03G001852 Chr03 NC_080389.1:25511945-25511958promoter 内 31-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25507883-25507988(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACTCATC
SmilChr02G001040 Chr02 NC_080388.1:18489171-18489184promoter 内 3336-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 18489836-18489909(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATTCG
SmilChr01G001694 Chr01 NC_080387.1:31193194-31193207promoter 内 3120-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 31194075-31199123(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGAGGCCACGTGG
SmilChr08G000923 Chr08 NC_080394.1:6819215-6819228promoter 内 1343-1356 bp + 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 6821873-6821944(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGAGGCCACGTGG
SmilChr05G001940 Chr05 NC_080391.1:19761579-19761592promoter 内 3926-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 19758001-19761517(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CACGGGTCACGTGC
SmilChr04G003763 Chr04 NC_080390.1:53877942-53877955promoter 内 3076-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 53878867-53882961(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGATACACGTGG
SmilChr04G000528 Chr04 NC_080390.1:5809220-5809233promoter 内 2421-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 5810800-5820438(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCTGTA
SmilChr02G001025 Chr02 NC_080388.1:18159209-18159222promoter 内 2403-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 18157552-18157624(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCTGTA
SmilChr02G001041 Chr02 NC_080388.1:18489171-18489184promoter 内 1952-1965 bp - 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 18491220-18493750(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATTCG
SmilChr08G001067 Chr08 NC_080394.1:8236043-8236056promoter 内 1783-1796 bp - 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 8229523-8233838(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTTGTGGCACGTGG
SmilChr01G003330 Chr01 NC_080387.1:51989930-51989943promoter 内 1655-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 51985038-51987597(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAGTTCC
SmilChr03G003362 Chr03 NC_080389.1:51967794-51967807promoter 内 1167-1180 bp - 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 51963163-51964973(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGATCGACACGTGG
SmilChr07G004743 Chr07 NC_080393.1:60271275-60271288promoter 内 3724-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 60271552-60278690(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAGTTCC
SmilChr02G000583 Chr02 NC_080388.1:8394474-8394487promoter 内 3295-3308 bp + 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8384758-8393781(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACTAT
SmilChr04G003762 Chr04 NC_080390.1:53877942-53877955promoter 内 3272-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53873421-53877226(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTATCGCC
SmilChr01G000496 Chr01 NC_080387.1:10106494-10106507promoter 内 3100-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 10102018-10105606(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATAGTGACACGTGG
SmilChr03G003307 Chr03 NC_080389.1:51277800-51277813promoter 内 3054-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51278747-51280247(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGACTGCACGTGG
SmilChr08G000533 Chr08 NC_080394.1:3882180-3882193promoter 内 2713-2726 bp + 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3883468-3883541(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGATCGACACGTGG
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SmilChr05G003086 Chr05 NC_080391.1:39062373-39062386promoter 内 2352-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 39056843-39060737(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTGTCC