转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 30 / 123 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003158 Chr02 NC_080388.1:52617995-52618009promoter 内 3837-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 52616406-52617845(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCGGAAGTCAAAGCC
SmilChr02G000342 Chr02 NC_080388.1:4449882-4449896promoter 内 3426-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 4447221-4449321(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGTTTGACTTTCGC
SmilChr01G003305 Chr01 NC_080387.1:51740893-51740907promoter 内 3035-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 51733164-51739941(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGTTTGACTTTTGG
SmilChr02G003320 Chr02 NC_080388.1:54464968-54464982promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 54458988-54463935(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTCTTGACTTGGTC
SmilChr01G006111 Chr01 NC_080387.1:76648981-76648995promoter 内 2383-2397 bp + 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 76650599-76651828(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCCTTGACTTATCC
SmilChr02G000002 Chr02 NC_080388.1:23125-23139promoter 内 2039-2053 bp - 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 18658-21177(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTTTTGACTTTTTA
SmilChr01G006037 Chr01 NC_080387.1:75872985-75872999promoter 内 1901-1915 bp + 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 75875085-75878965(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCCATTGACTTGTCT
SmilChr02G002811 Chr02 NC_080388.1:48154269-48154283promoter 内 1839-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 48150724-48152121(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAAAAAGTCAAGCGA
SmilChr01G005240 Chr01 NC_080387.1:69950810-69950824promoter 内 1097-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 69953714-69954297(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCATTGACTTTTAA
SmilChr02G001026 Chr02 NC_080388.1:18191129-18191143promoter 内 639-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 18186984-18187781(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCAAAAGTCAATGCG
SmilChr01G005816 Chr01 NC_080387.1:74156952-74156966promoter 内 486-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 74152452-74153451(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAGATGGTCAACGGG
SmilChr02G002955 Chr02 NC_080388.1:50084983-50084997promoter 内 337-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 50088647-50091298(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGTGTTGACTGTTGT
SmilChr01G000182 Chr01 NC_080387.1:3130030-3130044promoter 内 217-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 3133814-3136631(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCCTTGACTTAGTA
SmilChr01G003278 Chr01 NC_080387.1:51484676-51484690promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 51484706-51486552(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCTGTTGACTAGGCG
SmilChr02G001027 Chr02 NC_080388.1:18191129-18191143promoter 内 3953-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 18190439-18191095(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCAAAAGTCAATGCG
SmilChr02G002454 Chr02 NC_080388.1:42822172-42822186promoter 内 3903-3917 bp - 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 42822270-42822856(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGAAAGTCAATGGA
SmilChr01G001182 Chr01 NC_080387.1:23880241-23880255promoter 内 3874-3888 bp + 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 23866677-23880128(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGGAGGTCAACGCT
SmilChr01G001800 Chr01 NC_080387.1:32915678-32915692promoter 内 3789-3803 bp - 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 32914803-32915480(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCTTTGACTTCTCG
SmilChr02G000237 Chr02 NC_080388.1:3020425-3020439promoter 内 3604-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3020822-3022040(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATCTTGACTTTTTT
SmilChr02G002666 Chr02 NC_080388.1:46155922-46155936promoter 内 3388-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 46156535-46157296(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGAAAGTCAAAAGG
SmilChr02G002014 Chr02 NC_080388.1:36304886-36304900promoter 内 3256-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 36301216-36304155(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCAAAAGTCAAACTC
SmilChr02G004072 Chr02 NC_080388.1:63008175-63008189promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 63005876-63007171(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGATGGTCAACGCA
SmilChr01G003725 Chr01 NC_080387.1:55566054-55566068promoter 内 2835-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 55567220-55572343(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTTTCG
SmilChr02G001541 Chr02 NC_080388.1:28674086-28674100promoter 内 2522-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 28672181-28672621(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCGTTGACCATCAC
SmilChr01G004634 Chr01 NC_080387.1:64358662-64358676promoter 内 2366-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 64360297-64367470(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGTGTTGACTTGCCT
SmilChr02G003321 Chr02 NC_080388.1:54464968-54464982promoter 内 2331-2345 bp - 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54466638-54472850(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACCAAGTCAAGACT
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15070177-15070191promoter 内 2258-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 15071920-15075086(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTGC
SmilChr01G003572 Chr01 NC_080387.1:54287308-54287322promoter 内 2245-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54289064-54290069(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCATTGACTTTTAA
SmilChr02G000854 Chr02 NC_080388.1:14550014-14550028promoter 内 1950-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 14546214-14547977(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCCAAAGTCAATGAC
SmilChr02G000298 Chr02 NC_080388.1:3765899-3765913promoter 内 1819-1833 bp + 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3762820-3763731(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGGAAGTCAAAGAC
SmilChr02G003628 Chr02 NC_080388.1:57614409-57614423promoter 内 1815-1829 bp + 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 57616595-57617995(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCTTTGACTTTAAC
SmilChr01G003571 Chr01 NC_080387.1:54287308-54287322promoter 内 1638-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54283439-54284959(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTAAAAGTCAATGAC
SmilChr01G004703 Chr01 NC_080387.1:65138697-65138711promoter 内 1611-1625 bp + 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 65141087-65142196(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGTTTGACTTTGCC
SmilChr02G000859 Chr02 NC_080388.1:14758972-14758986promoter 内 1331-1345 bp + 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 14755255-14756316(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCCAAAGTCAATGAC
SmilChr01G004481 Chr01 NC_080387.1:62916694-62916708promoter 内 1178-1192 bp - 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 62910499-62913885(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCGTTGACCATCAC
SmilChr02G001542 Chr02 NC_080388.1:28674086-28674100promoter 内 1160-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 28676927-28682190(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGATGGTCAACGCA
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SmilChr02G000297 Chr02 NC_080388.1:3765899-3765913promoter 内 776-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3759534-3762688(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGGAAGTCAAAGAC
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SmilChr02G003358 Chr02 NC_080388.1:54735621-54735635promoter 内 3950-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54733669-54735584(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCCAAGTCAAGGCA
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SmilChr02G003055 Chr02 NC_080388.1:51332018-51332032promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51332128-51335182(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCCAAAGTCAAGAAC
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SmilChr01G004670 Chr01 NC_080387.1:64797915-64797929promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64795713-64797067(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCGTTGACCTCCTC