转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 30 / 147 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22979806-22979819promoter 内 3642-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 22978984-22979460(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTACGTG
SmilChr03G003777 Chr03 NC_080389.1:56922062-56922075promoter 内 3439-3452 bp + 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56922624-56925507(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCTCCCA
SmilChr03G003775 Chr03 NC_080389.1:56922062-56922075promoter 内 2566-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56917900-56920640(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGGAGGTCAACGC
SmilChr04G000453 Chr04 NC_080390.1:4811271-4811284promoter 内 1983-1996 bp + 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 4806858-4809266(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGAAAGTCAACAG
SmilChr03G004197 Chr03 NC_080389.1:60615110-60615123promoter 内 1892-1905 bp + 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 60611047-60613014(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGAAAGTCAACAG
SmilChr04G001532 Chr04 NC_080390.1:25236267-25236280promoter 内 1651-1664 bp - 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 25238617-25239166(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGAAAGTCAACAG
SmilChr04G002391 Chr04 NC_080390.1:38429085-38429098promoter 内 1496-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 38423665-38426593(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGAAAGTCAACAG
SmilChr04G000086 Chr04 NC_080390.1:759410-759423promoter 内 1011-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 762400-766959(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTAAAGTCAACCA
SmilChr04G002215 Chr04 NC_080390.1:35836000-35836013promoter 内 692-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 35839309-35843360(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGAAAGTCAAAGC
SmilChr04G002203 Chr04 NC_080390.1:35662867-35662880promoter 内 686-699 bp - 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 35666182-35669610(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGAAAGTCAAAGC
SmilChr01G005957 Chr01 NC_080387.1:75256667-75256680promoter 内 622-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 75260046-75263014(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTA
SmilChr03G002203 Chr03 NC_080389.1:34692117-34692130promoter 内 179-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 34685805-34688308(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTGTGCA
SmilChr03G004138 Chr03 NC_080389.1:60223925-60223938promoter 内 3919-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60224007-60233480(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCTATCA
SmilChr02G001552 Chr02 NC_080388.1:28806492-28806505promoter 内 3893-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28806600-28807767(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTAAAGTCAACCA
SmilChr03G003607 Chr03 NC_080389.1:54711135-54711148promoter 内 3880-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54711256-54713883(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGAAAGTCAACAG
SmilChr03G003776 Chr03 NC_080389.1:56922062-56922075promoter 内 3778-3791 bp + 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56921021-56921852(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGGAGGTCAACGC
SmilChr02G003357 Chr02 NC_080388.1:54731333-54731346promoter 内 3646-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54731688-54733486(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTTTAT
SmilChr01G002605 Chr01 NC_080387.1:44245951-44245964promoter 内 3514-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44246438-44247302(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGAAAGTCAACAG
SmilChr02G003148 Chr02 NC_080388.1:52507120-52507133promoter 内 3511-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52505293-52506643(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTGAG
SmilChr04G002197 Chr04 NC_080390.1:35543178-35543191promoter 内 3367-3380 bp - 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 35543812-35545724(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAAAGA
SmilChr03G003806 Chr03 NC_080389.1:57133774-57133787promoter 内 3321-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 57130065-57133107(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTTTAT
SmilChr03G002763 Chr03 NC_080389.1:43937871-43937884promoter 内 3247-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 43938625-43942850(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACATAGTCAACCC
SmilChr03G003557 Chr03 NC_080389.1:54220779-54220792promoter 内 2974-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54218619-54219765(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTCTAAC
SmilChr03G003558 Chr03 NC_080389.1:54237084-54237097promoter 内 2974-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54234924-54236070(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTCTAAC
SmilChr01G000567 Chr01 NC_080387.1:11743691-11743704promoter 内 2753-2766 bp - 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11739553-11742456(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTTTCA
SmilChr04G000490 Chr04 NC_080390.1:5294010-5294023promoter 内 2629-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5295382-5300357(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAAAAGTCAAAGG
SmilChr03G004698 Chr03 NC_080389.1:64304861-64304874promoter 内 2598-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64306264-64307003(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTTAAAGTCAACCC
SmilChr01G005709 Chr01 NC_080387.1:73321266-73321279promoter 内 2555-2568 bp + 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 73322712-73323531(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTTTGACTTTGGT
SmilChr02G001697 Chr02 NC_080388.1:31278168-31278181promoter 内 2408-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31271023-31276588(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAAAAGTCAAAGG
SmilChr01G004949 Chr01 NC_080387.1:67576201-67576214promoter 内 2274-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 67577928-67581118(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTATTAGTCAACGA
SmilChr03G002821 Chr03 NC_080389.1:44705235-44705248promoter 内 2209-2222 bp + 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44707027-44709635(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCTATAT
SmilChr03G001837 Chr03 NC_080389.1:25202325-25202338promoter 内 1879-1892 bp + 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25204447-25208084(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTTGACTTTCCT
SmilChr01G005616 Chr01 NC_080387.1:72675284-72675297promoter 内 1739-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 72672952-72673035(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTACATT
SmilChr03G003998 Chr03 NC_080389.1:59021546-59021559promoter 内 1640-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 59023907-59030915(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAATAGTCAACCC
SmilChr01G002516 Chr01 NC_080387.1:43113847-43113860promoter 内 1594-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 43108249-43111453(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTTTCA
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