转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 30 / 142 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003757 Chr03 NC_080389.1:56686580-56686594promoter 内 2186-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56682950-56684779(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACTCCCA
SmilChr06G002634 Chr06 NC_080392.1:37897354-37897368promoter 内 2108-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 37899247-37900145(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr08G002801 Chr08 NC_080394.1:27769126-27769140promoter 内 1994-2008 bp - 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 27766093-27767133(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr05G001426 Chr05 NC_080391.1:12968238-12968252promoter 内 1989-2003 bp + 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 12965545-12966240(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGTTGGTAGGTGCA
SmilChr08G000681 Chr08 NC_080394.1:5066369-5066383promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 5061652-5064299(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCGCCG
SmilChr08G000682 Chr08 NC_080394.1:5066369-5066383promoter 内 1638-1652 bp - 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 5068732-5073559(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGCGGGTAGGTGGA
SmilChr05G002547 Chr05 NC_080391.1:28520631-28520645promoter 内 1604-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28515688-28518248(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACAAT
SmilChr07G002627 Chr07 NC_080393.1:25346439-25346453promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 25340173-25344012(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAATTGGTAGGTAGG
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60710761-60710775promoter 内 1308-1322 bp + 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60707062-60708082(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGCAGTAGGTGGG
SmilChr06G001174 Chr06 NC_080392.1:11949177-11949191promoter 内 1231-1245 bp - 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 11951947-11952390(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAATTGGTAGGTAGG
SmilChr06G001171 Chr06 NC_080392.1:11929396-11929410promoter 内 1020-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 11923120-11926429(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCAATTC
SmilChr07G004628 Chr07 NC_080393.1:59130295-59130309promoter 内 863-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 59121469-59127171(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCGCCG
SmilChr01G004414 Chr01 NC_080387.1:62273079-62273093promoter 内 826-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 62267610-62269918(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACAAT
SmilChr03G002151 Chr03 NC_080389.1:33461133-33461147promoter 内 804-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 33449488-33457950(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCAACCACCACCAT
SmilChr02G000222 Chr02 NC_080388.1:2886652-2886666promoter 内 752-766 bp - 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2882983-2883417(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTCTCC
SmilChr05G002559 Chr05 NC_080391.1:28715351-28715365promoter 内 723-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28718629-28719871(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G000209 Chr03 NC_080389.1:2400156-2400170promoter 内 678-692 bp + 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2403479-2406045(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTGCTC
SmilChr05G000059 Chr05 NC_080391.1:273621-273635promoter 内 647-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 276975-279943(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCCGT
SmilChr02G004791 Chr02 NC_080388.1:70109875-70109889promoter 内 432-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 70113444-70114579(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G002558 Chr05 NC_080391.1:28715351-28715365promoter 内 421-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28709105-28711785(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACAAT
SmilChr02G001607 Chr02 NC_080388.1:29902170-29902184promoter 内 399-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 29905772-29907271(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACAGT
SmilChr04G001639 Chr04 NC_080390.1:27283847-27283861promoter 内 352-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 27277755-27280212(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACTAA
SmilChr02G005136 Chr02 NC_080388.1:72801968-72801982promoter 内 314-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 72795106-72798295(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G003344 Chr08 NC_080394.1:34792952-34792966promoter 内 236-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 34788368-34789201(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G000852 Chr06 NC_080392.1:8075992-8076006promoter 内 118-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8071415-8072123(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCAACCA
SmilChr01G003498 Chr01 NC_080387.1:53583289-53583303promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 5 53580587-53583208(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr01G003497 Chr01 NC_080387.1:53573106-53573120promoter 内 3892-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 5 53570372-53573011(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr07G001688 Chr07 NC_080393.1:14296041-14296055promoter 内 2090-2104 bp + 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 5 14297952-14298932(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr08G001683 Chr08 NC_080394.1:14051270-14051284promoter 内 3924-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 14051347-14053811(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr07G001687 Chr07 NC_080393.1:14286545-14286559promoter 内 2089-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 14288457-14289437(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr01G003496 Chr01 NC_080387.1:53573106-53573120promoter 内 365-379 bp - 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 53566328-53569484(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr05G002623 Chr05 NC_080391.1:29559929-29559943promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 29557008-29559891(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr03G001812 Chr03 NC_080389.1:24741364-24741378promoter 内 2703-2717 bp - 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 24738227-24740080(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTCTCT
SmilChr04G000492 Chr04 NC_080390.1:5368278-5368292promoter 内 1410-1424 bp - 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 5364503-5365701(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr05G002621 Chr05 NC_080391.1:29535127-29535141promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 29535179-29538062(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr07G003733 Chr07 NC_080393.1:45384618-45384632promoter 内 3915-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 45384704-45387551(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr05G002312 Chr05 NC_080391.1:24948819-24948833promoter 内 3904-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 24945187-24948736(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCTCCCC
SmilChr05G002313 Chr05 NC_080391.1:24955036-24955050promoter 内 3904-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 24951404-24954953(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCTCCCC
SmilChr03G001926 Chr03 NC_080389.1:27021605-27021619promoter 内 3797-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 27018285-27021415(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCTCCCC
SmilChr04G002787 Chr04 NC_080390.1:43730601-43730615promoter 内 3579-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 43725659-43730193(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCAATGG
SmilChr04G001442 Chr04 NC_080390.1:23682317-23682331promoter 内 3517-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 23682801-23685784(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCTCCCC
SmilChr06G003102 Chr06 NC_080392.1:43864856-43864870promoter 内 3219-3233 bp - 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 43865638-43871940(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGTT
SmilChr07G001060 Chr07 NC_080393.1:7815783-7815797promoter 内 2973-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 7813277-7814769(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGAGGTAGGTATA
SmilChr06G001415 Chr06 NC_080392.1:14861124-14861138promoter 内 2780-2794 bp - 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 14855815-14859917(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCGCACC
SmilChr05G001945 Chr05 NC_080391.1:19829870-19829884promoter 内 2612-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 19822857-19828495(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTCTCT
SmilChr04G002356 Chr04 NC_080390.1:38043540-38043554promoter 内 2358-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 38045183-38046468(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCTC
SmilChr07G002458 Chr07 NC_080393.1:23107607-23107621promoter 内 2274-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 23102781-23105894(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCTTGGTAGGTGGG
SmilChr02G002163 Chr02 NC_080388.1:38861540-38861554promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 38852543-38859654(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGAAGTAGGTGGG
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53184450-53184464promoter 内 2079-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 53180172-53182542(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTTGGTGTA
SmilChr03G001925 Chr03 NC_080389.1:27015643-27015657promoter 内 1912-1926 bp - 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 27006361-27013568(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCTCCCC