转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 30 / 134 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000267 Chr02 NC_080388.1:3466582-3466596promoter 内 1429-1443 bp - 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 3469154-3470115(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTGAACG
SmilChr01G003963 Chr01 NC_080387.1:58042425-58042439promoter 内 1362-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 58045064-58046042(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCCGAAG
SmilChr08G003440 Chr08 NC_080394.1:36726511-36726525promoter 内 1243-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 36717875-36723767(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGTGTCGGCGAAGG
SmilChr06G002341 Chr06 NC_080392.1:34058717-34058731promoter 内 1218-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 34061500-34070336(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCATGCCGACATGG
SmilChr08G003844 Chr08 NC_080394.1:44789528-44789542promoter 内 978-992 bp + 3009 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 44792551-44793990(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGCTGCCGACTTCG
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:116055-116069promoter 内 789-803 bp + 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 110983-112857(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTGAACG
SmilChr03G000664 Chr03 NC_080389.1:7437255-7437269promoter 内 706-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 7440550-7442221(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCAGTCG
SmilChr04G003406 Chr04 NC_080390.1:50631397-50631411promoter 内 365-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 50622546-50627775(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCAGAGG
SmilChr08G002149 Chr08 NC_080394.1:19345732-19345746promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 19341711-19345721(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCAACCGACATGG
SmilChr02G003223 Chr02 NC_080388.1:53446846-53446860promoter 内 3929-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53446918-53454401(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCAAATT
SmilChr08G003083 Chr08 NC_080394.1:31054290-31054304promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 31046825-31054118(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCGCGCCGACACCC
SmilChr01G005850 Chr01 NC_080387.1:74440390-74440404promoter 内 3684-3698 bp - 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74438105-74440087(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCACGCCGACATTA
SmilChr01G001933 Chr01 NC_080387.1:34491560-34491574promoter 内 3640-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 34491921-34493051(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCATTCA
SmilChr02G003855 Chr02 NC_080388.1:60314867-60314881promoter 内 3596-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 60305438-60314476(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTCACCGACATTG
SmilChr04G001012 Chr04 NC_080390.1:14114654-14114668promoter 内 3527-3541 bp - 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14115128-14116548(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTCGTTG
SmilChr07G003021 Chr07 NC_080393.1:31252412-31252426promoter 内 3495-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 31251447-31251920(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGTCGGCAGACC
SmilChr08G001924 Chr08 NC_080394.1:16780651-16780665promoter 内 3489-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 16778096-16780153(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATTGCCGACATGC
SmilChr04G003651 Chr04 NC_080390.1:53002591-53002605promoter 内 3476-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53003116-53005290(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTGCGCCGACACCA
SmilChr03G000550 Chr03 NC_080389.1:5958681-5958695promoter 内 3410-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 5959272-5962864(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTTGCCGACAACT
SmilChr01G004006 Chr01 NC_080387.1:58443279-58443293promoter 内 3363-3377 bp + 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58443917-58449671(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGACGCCGACACCA
SmilChr01G002693 Chr01 NC_080387.1:45177872-45177886promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 45178570-45190535(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAAGGCCGACATAC
SmilChr06G001620 Chr06 NC_080392.1:18039320-18039334promoter 内 3271-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18036985-18038604(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CACCTGCCGACGTCC
SmilChr04G002945 Chr04 NC_080390.1:45788498-45788512promoter 内 3188-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 45789311-45796067(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGTGTCCG
SmilChr07G002274 Chr07 NC_080393.1:20969904-20969918promoter 内 3103-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20967584-20969020(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGTCGGCGGCGC
SmilChr07G000891 Chr07 NC_080393.1:6385564-6385578promoter 内 3074-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 6386491-6391552(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCGGACCGACATTG
SmilChr03G000596 Chr03 NC_080389.1:6617101-6617115promoter 内 2986-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 6613066-6616100(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTGAAAG
SmilChr02G000509 Chr02 NC_080388.1:7009437-7009451promoter 内 2955-2969 bp - 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7010483-7028520(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTGCTGA
SmilChr08G003228 Chr08 NC_080394.1:33206096-33206110promoter 内 2868-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33203623-33204977(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCCTGCG
SmilChr03G000772 Chr03 NC_080389.1:8813616-8813630promoter 内 2847-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8810690-8812476(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTGTCGGCGATGT
SmilChr01G003469 Chr01 NC_080387.1:53235294-53235308promoter 内 2748-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53236547-53239556(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTACTGG
SmilChr06G001634 Chr06 NC_080392.1:18321447-18321461promoter 内 2716-2730 bp - 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18319204-18320176(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTCTGCCGACGTCG
SmilChr04G002594 Chr04 NC_080390.1:41367786-41367800promoter 内 2516-2530 bp - 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41369271-41371661(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGCGGA
SmilChr07G001739 Chr07 NC_080393.1:14760960-14760974promoter 内 2488-2502 bp + 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14762473-14762545(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAGGGCCGACATCG
SmilChr08G001577 Chr08 NC_080394.1:12984242-12984256promoter 内 2337-2351 bp - 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12985906-12987609(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGCGGA
SmilChr06G000023 Chr06 NC_080392.1:263764-263778promoter 内 2284-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 265481-266796(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGTGTCGGCGGAGT
SmilChr01G005812 Chr01 NC_080387.1:74131044-74131058promoter 内 2239-2253 bp - 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74128540-74129296(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACAGCCGACATCC
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SmilChr03G001812 Chr03 NC_080389.1:24741935-24741949promoter 内 2132-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 24738227-24740080(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCGCGCCGACACCC
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