转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 31 / 152 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001678 Chr03 NC_080389.1:22048711-22048729promoter 内 3804-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 22032539-22048532(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTTCCAACCACCTGGGA
SmilChr02G005529 Chr02 NC_080388.1:75356372-75356390promoter 内 3802-3820 bp - 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75354839-75356191(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTACCCAACCACTAACTC
SmilChr05G002835 Chr05 NC_080391.1:33673290-33673308promoter 内 3777-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33673514-33674137(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATTCGGTGGTTGGAAACA
SmilChr03G002221 Chr03 NC_080389.1:34983291-34983309promoter 内 3738-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34983554-35016343(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGACCCAACCAACTTCTT
SmilChr01G002767 Chr01 NC_080387.1:46068720-46068738promoter 内 3724-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 46068997-46071935(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAATTCAACCACCACATC
SmilChr03G004744 Chr03 NC_080389.1:64551339-64551357promoter 内 3669-3687 bp - 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64551671-64552520(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTGGTTGGTTGCT
SmilChr02G004778 Chr02 NC_080388.1:69950152-69950170promoter 内 3641-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69950512-69956552(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTAGTAGTGGTTGAAAAGA
SmilChr01G000317 Chr01 NC_080387.1:6166134-6166152promoter 内 3633-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6163128-6165784(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGGGGTGGTTGGCTCGC
SmilChr03G002823 Chr03 NC_080389.1:44714947-44714965promoter 内 3590-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44713523-44714554(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAATCCCAACCAACTTTAC
SmilChr02G000112 Chr02 NC_080388.1:1427790-1427808promoter 内 3586-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1426595-1427393(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATAGTAGTTGGAACGG
SmilChr01G002562 Chr01 NC_080387.1:43748747-43748765promoter 内 3498-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43749250-43751433(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTTAGTGGTTGGGGATA
SmilChr04G000137 Chr04 NC_080390.1:1175384-1175402promoter 内 3496-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1175889-1178517(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGACCACAACCACCACCCT
SmilChr01G004856 Chr01 NC_080387.1:66734458-66734476promoter 内 3453-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 66735006-66735652(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCAGTGTGGTTGGGGAAG
SmilChr03G002491 Chr03 NC_080389.1:39674642-39674660promoter 内 3252-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39670770-39673911(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTTGGTGGTTGGTTGTG
SmilChr03G004124 Chr03 NC_080389.1:60092444-60092462promoter 内 3211-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60088942-60091672(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCTTCAACCACAACACC
SmilChr01G006169 Chr01 NC_080387.1:77197827-77197845promoter 内 3176-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 77198652-77205021(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAAAGTGGTTGTGGTTT
SmilChr02G001416 Chr02 NC_080388.1:26784390-26784408promoter 内 2864-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 26779584-26783271(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATTCCAACCACTAAAAC
SmilChr03G002343 Chr03 NC_080389.1:36939847-36939865promoter 内 2857-2875 bp + 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36936490-36938721(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTGGGTGGTTGGAGGTT
SmilChr04G004185 Chr04 NC_080390.1:56408592-56408610promoter 内 2835-2853 bp + 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56404228-56407444(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGTGGTGGTTGAATTGG
SmilChr01G002480 Chr01 NC_080387.1:42536502-42536520promoter 内 2813-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42534282-42535332(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGCGGTGGTTGTGGTTG
SmilChr04G000287 Chr04 NC_080390.1:2662079-2662097promoter 内 2813-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2663267-2664339(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTTGTGGTTGAAGAAG
SmilChr05G001228 Chr05 NC_080391.1:10360049-10360067promoter 内 2805-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10361245-10361646(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATTTCAACCACCTCTTA
SmilChr05G000707 Chr05 NC_080391.1:5326918-5326936promoter 内 2672-2690 bp + 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5328247-5332836(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAACTCAACCACCGCCCC
SmilChr01G001558 Chr01 NC_080387.1:29599647-29599665promoter 内 2668-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 29596491-29598332(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATCATCAACCACCATTCC
SmilChr04G000567 Chr04 NC_080390.1:6316308-6316326promoter 内 2525-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6317784-6322797(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTTCCAACCACCTGGGA
SmilChr02G004993 Chr02 NC_080388.1:71786050-71786068promoter 内 2500-2518 bp - 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 71782204-71784567(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACCCCAACCACTCAATT
SmilChr01G004735 Chr01 NC_080387.1:65539784-65539802promoter 内 2482-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 65541303-65542172(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGAAGTGGTTGAACATG
SmilChr01G001530 Chr01 NC_080387.1:29293928-29293946promoter 内 2428-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 29290857-29292373(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATCATCAACCACCATTCC
SmilChr02G005501 Chr02 NC_080388.1:75148167-75148185promoter 内 2422-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75149746-75154104(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCCCAACCAATTTTTT
SmilChr05G001416 Chr05 NC_080391.1:12794408-12794426promoter 内 2408-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12790333-12792833(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTTGTGGTTGAAGAAG
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43361981-43361999promoter 内 2390-2408 bp + 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43353388-43360388(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTTGTGGTTGAAGAAG
SmilChr02G004924 Chr02 NC_080388.1:71254625-71254643promoter 内 2388-2406 bp + 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 71252206-71253030(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTTGTGGTTGAAGAAG
SmilChr01G003690 Chr01 NC_080387.1:55268944-55268962promoter 内 2355-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55270590-55273486(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCACACAACCACCCCCAC
SmilChr03G002166 Chr03 NC_080389.1:33703878-33703896promoter 内 2080-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33695972-33701975(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCTTCCAACCACACCAGC
SmilChr04G002558 Chr04 NC_080390.1:40884388-40884406promoter 内 2065-2083 bp + 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40886324-40890834(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTTCCAACCACCTGGGA
SmilChr05G001710 Chr05 NC_080391.1:16351777-16351795promoter 内 1960-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16353818-16357064(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCCCAACCACTAGGCC
SmilChr04G000982 Chr04 NC_080390.1:13240359-13240377promoter 内 1764-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 13231266-13238140(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCCCAACCAATTTTTT
SmilChr03G002067 Chr03 NC_080389.1:31561256-31561274promoter 内 1759-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 31563498-31563962(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCGAAGTAGTTGGAAAGA
SmilChr03G004534 Chr03 NC_080389.1:63372510-63372528promoter 内 1715-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63374796-63378309(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTAAAGTGGTTGGATAAA
SmilChr04G002035 Chr04 NC_080390.1:33044934-33044952promoter 内 1705-1723 bp + 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33047230-33047336(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAAC
SmilChr03G004125 Chr03 NC_080389.1:60092444-60092462promoter 内 1697-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60094748-60095865(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTTGTGGTTGAAGAAG
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SmilChr04G000706 Chr04 NC_080390.1:8211586-8211604promoter 内 1605-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 8213982-8218110(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTTCCAACCACCTGGGA
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SmilChr02G003790 Chr02 NC_080388.1:59555270-59555288promoter 内 1203-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59550439-59552490(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGCGGTGGTTGTCGGCG