转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 34 / 121 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000755 Chr04 NC_080390.1:9238179-9238193promoter 内 13-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 9242167-9242768(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTCAT
SmilChr02G005232 Chr02 NC_080388.1:73512383-73512397promoter 内 1329-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 6 73515055-73516164(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCA
SmilChr02G002706 Chr02 NC_080388.1:46911900-46911914promoter 内 3245-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 5 46906815-46911158(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTAGCA
SmilChr03G001498 Chr03 NC_080389.1:18319027-18319041promoter 内 1427-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 5 18313625-18316467(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTACCTCA
SmilChr02G004988 Chr02 NC_080388.1:71756383-71756397promoter 内 1150-1164 bp + 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 5 71752724-71753546(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGTTTGT
SmilChr04G003833 Chr04 NC_080390.1:54389021-54389035promoter 内 1125-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 5 54383779-54386159(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGAATGGATCTGAG
SmilChr05G001271 Chr05 NC_080391.1:10865120-10865134promoter 内 3216-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 4 10865905-10871224(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTAGCA
SmilChr03G001503 Chr03 NC_080389.1:18388478-18388492promoter 内 2825-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 4 18383325-18387316(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCCAGATCTGTA
SmilChr04G002133 Chr04 NC_080390.1:34315561-34315575promoter 内 1431-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 4 34318131-34318768(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTAGCA
SmilChr03G001283 Chr03 NC_080389.1:15013959-15013973promoter 内 3377-3391 bp + 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 15014583-15017645(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCTAGATCTATT
SmilChr02G003186 Chr02 NC_080388.1:53004352-53004366promoter 内 2555-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 53001275-53002920(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTACCTCA
SmilChr04G000769 Chr04 NC_080390.1:9428329-9428343promoter 内 2373-2387 bp - 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 9429957-9431777(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAAATCA
SmilChr01G004847 Chr01 NC_080387.1:66619432-66619446promoter 内 1883-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 66621550-66625582(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCACGA
SmilChr04G001081 Chr04 NC_080390.1:15487244-15487258promoter 内 3831-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 15487414-15489406(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATTAGATCTCAA
SmilChr04G000939 Chr04 NC_080390.1:12378181-12378195promoter 内 3820-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 12378362-12380127(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCTTCA
SmilChr02G001283 Chr02 NC_080388.1:23671500-23671514promoter 内 3309-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 23672192-23676036(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCTAGATCTGAT
SmilChr05G001109 Chr05 NC_080391.1:9213013-9213027promoter 内 3309-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 9206927-9212335(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAATTCT
SmilChr02G002976 Chr02 NC_080388.1:50305733-50305747promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 50306634-50308362(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCCAGATCTGTC
SmilChr02G002884 Chr02 NC_080388.1:49129466-49129480promoter 内 3088-3102 bp - 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 49126854-49128567(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCCAGATCTGTC
SmilChr03G002161 Chr03 NC_080389.1:33647644-33647658promoter 内 3083-3097 bp + 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 33648562-33653721(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATCTAGATCTAGA
SmilChr02G003187 Chr02 NC_080388.1:53010756-53010770promoter 内 2289-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 53012468-53016493(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAGGTAGATCTGAG
SmilChr02G002980 Chr02 NC_080388.1:50372533-50372547promoter 内 1653-1667 bp + 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 50364624-50370199(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGGAAGA
SmilChr03G004355 Chr03 NC_080389.1:61770470-61770484promoter 内 1505-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 61772966-61776806(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGCTCG
SmilChr03G004356 Chr03 NC_080389.1:61770470-61770484promoter 内 1474-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 61772997-61773938(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGCTCG
SmilChr01G005912 Chr01 NC_080387.1:74968496-74968510promoter 内 1410-1424 bp + 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 74964568-74965919(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTACAACC
SmilChr04G000940 Chr04 NC_080390.1:12378181-12378195promoter 内 1336-1350 bp - 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 12380846-12382794(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCTTCA
SmilChr03G000803 Chr03 NC_080389.1:9190094-9190108promoter 内 1241-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 9184666-9187348(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATCTAGATCTAGA
SmilChr01G002331 Chr01 NC_080387.1:40467565-40467579promoter 内 430-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 40459444-40464008(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTTAGATCTAAG
SmilChr04G000524 Chr04 NC_080390.1:5763787-5763801promoter 内 183-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 5756241-5759983(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAATTA
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18503974-18503988promoter 内 76-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 18507899-18512555(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTGGAGCA
SmilChr02G002231 Chr02 NC_080388.1:39676520-39676534promoter 内 3910-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 39662614-39676443(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATGAGATCTGAG
SmilChr03G001708 Chr03 NC_080389.1:22724270-22724284promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 22715910-22723992(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTCAG
SmilChr04G000362 Chr04 NC_080390.1:3601891-3601905promoter 内 3615-3629 bp + 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 3602277-3605317(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATGAGATCTGAG
SmilChr02G001396 Chr02 NC_080388.1:26489042-26489056promoter 内 3596-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 26489447-26491321(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCTAGATCTGAT
SmilChr02G002230 Chr02 NC_080388.1:39656034-39656048promoter 内 3542-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 39652687-39655589(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATGAGATCTGAG
SmilChr03G000232 Chr03 NC_080389.1:2755553-2755567promoter 内 3476-3490 bp - 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 2752746-2755042(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGCTAGATCTAAA
SmilChr03G000722 Chr03 NC_080389.1:8075325-8075339promoter 内 3395-3409 bp + 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 8075931-8076936(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTTAGATCTTAA
SmilChr03G000591 Chr03 NC_080389.1:6574354-6574368promoter 内 3376-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6572757-6573743(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTTAGATCTTAA
SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56177641-56177655promoter 内 3336-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56174932-56176990(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAAACGGATCTGAA
SmilChr03G003781 Chr03 NC_080389.1:56936847-56936861promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56932138-56936060(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGTTCA
SmilChr02G001066 Chr02 NC_080388.1:18990423-18990437promoter 内 3148-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 18988692-18989584(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTAATTTT
SmilChr01G001048 Chr01 NC_080387.1:21771654-21771668promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21772522-21840439(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTACAACA
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35477473-35477487promoter 内 2975-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAATTA
SmilChr02G002234 Chr02 NC_080388.1:39676520-39676534promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 39677552-39681626(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCATTTC
SmilChr02G004385 Chr02 NC_080388.1:66194855-66194869promoter 内 2875-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66190295-66193743(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAACTAGATCTCAT
SmilChr02G002233 Chr02 NC_080388.1:39676520-39676534promoter 内 2794-2808 bp - 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 39672671-39675327(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATGAGATCTGAG
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57320949-57320963promoter 内 2640-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 57314820-57319602(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAATTCT
SmilChr02G004844 Chr02 NC_080388.1:70568951-70568965promoter 内 2288-2302 bp - 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 70570664-70571957(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTCCTT
SmilChr01G004060 Chr01 NC_080387.1:59030005-59030019promoter 内 2271-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59027906-59028289(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTAGAGGC
SmilChr03G001900 Chr03 NC_080389.1:26555359-26555373promoter 内 2242-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 26542767-26553614(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCTAGATCTGCT