转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 35 / 137 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G004320 Chr08 NC_080394.1:52905156-52905170promoter 内 1013-1027 bp - 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52898623-52902182(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTGCCAA
SmilChr06G001606 Chr06 NC_080392.1:17903730-17903744promoter 内 962-976 bp + 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 17895086-17900705(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGTCCACGTGGCA
SmilChr01G000462 Chr01 NC_080387.1:9474406-9474420promoter 内 818-832 bp - 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9461883-9471237(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGACTCA
SmilChr05G002960 Chr05 NC_080391.1:35795697-35795711promoter 内 810-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 35798888-35799673(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCATCAAA
SmilChr01G004622 Chr01 NC_080387.1:64243792-64243806promoter 内 806-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64246987-64247791(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAAAAAT
SmilChr06G000840 Chr06 NC_080392.1:7917239-7917253promoter 内 785-799 bp + 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 7920455-7936688(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTGCCAA
SmilChr04G001334 Chr04 NC_080390.1:21570863-21570877promoter 内 720-734 bp + 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21566754-21567596(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGTCCACGTGGCA
SmilChr08G003972 Chr08 NC_080394.1:47730189-47730203promoter 内 714-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47733476-47735370(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr04G001315 Chr04 NC_080390.1:21060985-21060999promoter 内 642-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21056786-21057640(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGTCCACGTGGCA
SmilChr06G001607 Chr06 NC_080392.1:17903730-17903744promoter 内 589-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 17907142-17909770(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGACTCA
SmilChr07G003813 Chr07 NC_080393.1:46975797-46975811promoter 内 547-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46979251-46989898(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGACTTA
SmilChr01G005889 Chr01 NC_080387.1:74818032-74818046promoter 内 533-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74811662-74814578(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCTGG
SmilChr08G003223 Chr08 NC_080394.1:33112395-33112409promoter 内 494-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33107593-33108902(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26030057-26030071promoter 内 467-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 26033591-26035663(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TATCGCGACGTGGCA
SmilChr03G003040 Chr03 NC_080389.1:47294048-47294062promoter 内 437-451 bp - 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47297612-47299289(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGTCCACGTGGCA
SmilChr02G005324 Chr02 NC_080388.1:74112389-74112403promoter 内 433-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74115957-74117456(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGTGCACC
SmilChr03G001477 Chr03 NC_080389.1:17769714-17769728promoter 内 289-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 17773426-17774232(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACAATT
SmilChr01G000026 Chr01 NC_080387.1:486547-486561promoter 内 240-254 bp + 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 480225-482800(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAGATGACGTGTCA
SmilChr04G002890 Chr04 NC_080390.1:45119062-45119076promoter 内 212-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45111525-45115287(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr02G002598 Chr02 NC_080388.1:45116246-45116260promoter 内 135-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45120112-45120184(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGACTCA
SmilChr04G003697 Chr04 NC_080390.1:53334090-53334104promoter 内 128-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53337963-53340609(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTTCACACGTGGCA
SmilChr04G001681 Chr04 NC_080390.1:27826990-27827004promoter 内 97-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 27830894-27831947(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAATGACACGTGGCA
SmilChr08G002890 Chr08 NC_080394.1:28775305-28775319promoter 内 27-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28766763-28771345(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAATGACACGTGGCA
SmilChr07G002160 Chr07 NC_080393.1:19749842-19749856promoter 内 3604-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 19750239-19760642(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACACC
SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22009025-22009039promoter 内 2508-2522 bp + 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 22002683-22007546(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCT
SmilChr04G000570 Chr04 NC_080390.1:6362695-6362709promoter 内 2415-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 6364281-6369326(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCT
SmilChr03G004157 Chr03 NC_080389.1:60342582-60342596promoter 内 2278-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 60344305-60348450(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACACC
SmilChr07G002820 Chr07 NC_080393.1:28241716-28241730promoter 内 3735-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 28241982-28245220(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACACC
SmilChr06G002384 Chr06 NC_080392.1:34656891-34656905promoter 内 3534-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 34657358-34659829(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACACC
SmilChr04G001772 Chr04 NC_080390.1:29122072-29122086promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 29122745-29126625(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACACC
SmilChr01G002455 Chr01 NC_080387.1:42156871-42156885promoter 内 3181-3195 bp - 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 42152156-42156065(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATTTTC
SmilChr07G002521 Chr07 NC_080393.1:23896702-23896716promoter 内 2825-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 23894230-23895540(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCT
SmilChr06G000924 Chr06 NC_080392.1:8774313-8774327promoter 内 2813-2827 bp - 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 8775501-8781510(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCT
SmilChr05G002859 Chr05 NC_080391.1:34093705-34093719promoter 内 1829-1843 bp + 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 34095877-34095995(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACACC
SmilChr05G002860 Chr05 NC_080391.1:34093705-34093719promoter 内 1626-1640 bp + 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 34096080-34096197(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACACC
SmilChr01G001528 Chr01 NC_080387.1:29278348-29278362promoter 内 3954-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 29278395-29284771(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCAACG
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