转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 35 / 149 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000822 Chr01 NC_080387.1:17749639-17749647promoter 内 2287-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 17751353-17758891(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G000292 Chr01 NC_080387.1:5710423-5710431promoter 内 2282-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 5706918-5708712(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G001400 Chr02 NC_080388.1:26577517-26577525promoter 内 2266-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 26579252-26582728(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr03G000860 Chr03 NC_080389.1:9818995-9819003promoter 内 2257-2265 bp - 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 9820739-9825687(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr03G003782 Chr03 NC_080389.1:56943309-56943317promoter 内 2248-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 56938455-56941564(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr03G003265 Chr03 NC_080389.1:50587659-50587667promoter 内 2237-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 50589423-50590130(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G000573 Chr01 NC_080387.1:11909392-11909400promoter 内 2215-2223 bp + 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 11905063-11907614(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G001996 Chr01 NC_080387.1:35426797-35426805promoter 内 2213-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35428585-35432335(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr04G001153 Chr04 NC_080390.1:17003902-17003910promoter 内 2169-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 17005734-17013027(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G002923 Chr02 NC_080388.1:49632296-49632304promoter 内 2155-2163 bp - 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 49629524-49630458(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr02G001191 Chr02 NC_080388.1:21835013-21835021promoter 内 2134-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 21836880-21838824(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr03G001272 Chr03 NC_080389.1:14827824-14827832promoter 内 2124-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 14829701-14831990(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr02G000233 Chr02 NC_080388.1:3012375-3012383promoter 内 2106-2114 bp + 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 3006992-3010488(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr04G001841 Chr04 NC_080390.1:29943740-29943748promoter 内 2070-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 29945671-29949750(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr03G003001 Chr03 NC_080389.1:46820467-46820475promoter 内 2063-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 46822405-46828848(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G005151 Chr02 NC_080388.1:72888752-72888760promoter 内 2054-2062 bp + 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 72886312-72886813(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G001358 Chr01 NC_080387.1:26846885-26846893promoter 内 2047-2055 bp - 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 26842068-26844939(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr04G000172 Chr04 NC_080390.1:1543628-1543636promoter 内 1941-1949 bp + 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1539963-1541576(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G000235 Chr02 NC_080388.1:3012375-3012383promoter 内 1930-1938 bp + 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 3014446-3015135(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G002370 Chr02 NC_080388.1:41501793-41501801promoter 内 1924-1932 bp - 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 41503870-41505828(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G001969 Chr02 NC_080388.1:35630598-35630606promoter 内 1918-1926 bp + 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35626482-35628523(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr03G000741 Chr03 NC_080389.1:8416399-8416407promoter 内 1916-1924 bp + 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 8418484-8419344(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr04G000784 Chr04 NC_080390.1:9647682-9647690promoter 内 1908-1916 bp - 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 9649775-9652324(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G001514 Chr02 NC_080388.1:28246124-28246132promoter 内 1906-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 28240391-28244037(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr01G000088 Chr01 NC_080387.1:1632096-1632104promoter 内 1879-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1619640-1629982(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4443492-4443500promoter 内 1871-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 4440018-4441370(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr04G002401 Chr04 NC_080390.1:38556638-38556646promoter 内 1832-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 38553610-38554477(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G004928 Chr01 NC_080387.1:67351061-67351069promoter 内 1760-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 67346163-67348828(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G005226 Chr02 NC_080388.1:73470029-73470037promoter 内 1753-1761 bp - 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 73465722-73467789(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G004096 Chr02 NC_080388.1:63269834-63269842promoter 内 1719-1727 bp - 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 63272116-63275906(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr03G000514 Chr03 NC_080389.1:5527243-5527251promoter 内 1691-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 5529553-5551350(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr04G001912 Chr04 NC_080390.1:31216481-31216489promoter 内 1679-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 31218803-31220763(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G004925 Chr02 NC_080388.1:71265248-71265256promoter 内 1678-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 71267571-71269699(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr03G004004 Chr03 NC_080389.1:59059048-59059056promoter 内 1649-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 59061400-59067931(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr03G002581 Chr03 NC_080389.1:41076906-41076914promoter 内 1642-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 41073099-41074555(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr03G000757 Chr03 NC_080389.1:8642304-8642312promoter 内 1639-1647 bp - 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 8644666-8646235(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
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