转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 35 / 143 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002455 Chr04 NC_080390.1:39310367-39310386promoter 内 2882-2901 bp + 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 39307868-39309267(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATAAAAAAGACAAAAATAAA
SmilChr08G002096 Chr08 NC_080394.1:18844206-18844225promoter 内 2863-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 18845344-18848013(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTGATTTTGTTGTTTTCTT
SmilChr06G000478 Chr06 NC_080392.1:3885926-3885945promoter 内 2807-2826 bp - 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3887120-3893486(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACTAGCCGACAAAATTCAC
SmilChr05G002850 Chr05 NC_080391.1:33996888-33996907promoter 内 2129-2148 bp - 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 33998760-33998865(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GACAAAACGACAGAAAAATG
SmilChr03G003453 Chr03 NC_080389.1:52894163-52894182promoter 内 1885-1904 bp + 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 52896279-52899417(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACTTTTTTGTTGTTTTGTT
SmilChr04G002502 Chr04 NC_080390.1:39968860-39968879promoter 内 1652-1671 bp + 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 39971209-39974752(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTTTCTTTTGTCATTTTGGG
SmilChr08G004194 Chr08 NC_080394.1:51336220-51336239promoter 内 1481-1500 bp - 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 51329897-51333719(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATGAATTTTGTCTTTTTATT
SmilChr02G001008 Chr02 NC_080388.1:17832710-17832729promoter 内 1057-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 17826297-17829785(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATTTTTCTGTCGTTTTGTC
SmilChr08G002487 Chr08 NC_080394.1:23777686-23777705promoter 内 791-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 23780896-23787017(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATTTTTCTGTCGTTTTGTC
SmilChr01G003612 Chr01 NC_080387.1:54668002-54668021promoter 内 690-709 bp - 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 54663828-54664710(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTATTTTTTGTCATTTTATT
SmilChr01G002800 Chr01 NC_080387.1:46488852-46488871promoter 内 662-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 46492191-46494360(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr02G002993 Chr02 NC_080388.1:50598780-50598799promoter 内 407-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 50602374-50603343(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTATTTTTTGTCATTTTATT
SmilChr04G002804 Chr04 NC_080390.1:43950668-43950687promoter 内 380-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 43945681-43947066(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACATTTTTTGTCCGTTTTTG
SmilChr01G004149 Chr01 NC_080387.1:60027141-60027160promoter 内 237-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 60016671-60023396(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAACGACAACAAGCAT
SmilChr04G002706 Chr04 NC_080390.1:42665861-42665880promoter 内 3938-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 42665924-42668713(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCCGGTTTTGTCCCTTTGTG
SmilChr04G003618 Chr04 NC_080390.1:52688995-52689014promoter 内 3938-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52685126-52688951(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGGAAAAGACAAAAATACC
SmilChr01G006036 Chr01 NC_080387.1:75871061-75871080promoter 内 3928-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75871134-75873733(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr05G000782 Chr05 NC_080391.1:6100692-6100711promoter 内 3909-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6098239-6100619(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTGTTTTTGTTTTTTTGTG
SmilChr03G002826 Chr03 NC_080389.1:44749210-44749229promoter 内 3883-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44748438-44749111(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAGAGACAAAACAAAG
SmilChr02G001123 Chr02 NC_080388.1:20329282-20329301promoter 内 3774-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20326082-20329074(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAAGGCCAAAAAAAAA
SmilChr07G002456 Chr07 NC_080393.1:23067677-23067696promoter 内 3773-3792 bp + 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23065884-23067468(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAAAATGACAAAAATTTG
SmilChr02G005048 Chr02 NC_080388.1:72218484-72218503promoter 内 3771-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72218714-72221703(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAAGGCCAAAAAAAAA
SmilChr02G005046 Chr02 NC_080388.1:72196417-72196436promoter 内 3770-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72196648-72208636(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAAGGCCAAAAAAAAA
SmilChr08G001979 Chr08 NC_080394.1:17499169-17499188promoter 内 3759-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17499411-17503838(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACAAACCAACAAAAAAGAA
SmilChr02G000279 Chr02 NC_080388.1:3565529-3565548promoter 内 3721-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3563736-3565268(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTGTTTTTGTCTTTTCGGG
SmilChr06G002764 Chr06 NC_080392.1:40251284-40251303promoter 内 3707-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40251578-40255060(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGTTAAAGACAAAATTGAT
SmilChr08G000249 Chr08 NC_080394.1:1727853-1727872promoter 内 3634-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1726933-1727505(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAATTTTTTGTCTTTTAATT
SmilChr04G001149 Chr04 NC_080390.1:16962402-16962421promoter 内 3561-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16962842-16969801(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGAAGAAGACAAAAGGGCT
SmilChr06G000296 Chr06 NC_080392.1:2096675-2096694promoter 内 3515-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2093170-2096208(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAAGGCCAAAAAAAAA
SmilChr08G004327 Chr08 NC_080394.1:52960228-52960247promoter 内 3504-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52960725-52963586(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAAGGCCAAAAAAAAA
SmilChr03G000858 Chr03 NC_080389.1:9813616-9813635promoter 内 3436-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9798326-9813070(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAACAACAAAAAACTT
SmilChr07G000865 Chr07 NC_080393.1:6175596-6175615promoter 内 3415-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6176182-6177585(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTGATTTTGTCTTTTATTT
SmilChr04G002846 Chr04 NC_080390.1:44579356-44579375promoter 内 3263-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44578040-44578637(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGAAATCCGACAAAAACAAA
SmilChr06G000892 Chr06 NC_080392.1:8424608-8424627promoter 内 3240-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8425369-8426079(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATCATTTTGTCGTTTAATA
SmilChr03G000391 Chr03 NC_080389.1:4308337-4308356promoter 内 3154-3173 bp + 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4309184-4311474(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTGTTTTTGTCTTTTCGGG
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