转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 36 / 164 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002630 Chr06 NC_080392.1:37868585-37868599promoter 内 3888-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37868698-37871611(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCCATTA
SmilChr04G002471 Chr04 NC_080390.1:39524369-39524383promoter 内 3869-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 39523722-39524251(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCAACCAACTC
SmilChr07G000545 Chr07 NC_080393.1:3754830-3754844promoter 内 3835-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 3752266-3754678(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGTGGGTAGGTGAC
SmilChr01G004194 Chr01 NC_080387.1:60402157-60402171promoter 内 3796-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60402362-60408120(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCAACTACCAAAAT
SmilChr04G002118 Chr04 NC_080390.1:34166167-34166181promoter 内 3763-3777 bp - 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 34166405-34170446(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTAGCA
SmilChr05G004268 Chr05 NC_080391.1:56464309-56464323promoter 内 3703-3717 bp - 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56464607-56467849(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTTCCA
SmilChr02G004808 Chr02 NC_080388.1:70259676-70259690promoter 内 3682-3696 bp + 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70256688-70259371(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCAATTA
SmilChr01G004873 Chr01 NC_080387.1:66836873-66836887promoter 内 3619-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 66837255-66837328(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTATGGTAGGTGGT
SmilChr05G002792 Chr05 NC_080391.1:32647594-32647608promoter 内 3600-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32646212-32647207(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTTTGGTAGGTAGA
SmilChr05G000192 Chr05 NC_080391.1:1534051-1534065promoter 内 3577-3591 bp - 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 1529165-1533641(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTGGGTAGGTAAG
SmilChr05G000094 Chr05 NC_080391.1:541841-541855promoter 内 3464-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 542378-548997(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTGTGGTAGGTAAG
SmilChr01G004874 Chr01 NC_080387.1:66836873-66836887promoter 内 3301-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 66837573-66839486(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTATGGTAGGTGGT
SmilChr03G003591 Chr03 NC_080389.1:54564251-54564265promoter 内 3205-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54565047-54570287(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAAGGGTAGGTGTG
SmilChr07G004230 Chr07 NC_080393.1:54580816-54580830promoter 内 3086-3100 bp + 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54581731-54582974(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATGGGTAGGTGGC
SmilChr02G001222 Chr02 NC_080388.1:22438434-22438448promoter 内 3047-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22435815-22437494(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTCTCC
SmilChr08G001041 Chr08 NC_080394.1:7934926-7934940promoter 内 3021-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7935906-7940189(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACCCCCT
SmilChr08G001002 Chr08 NC_080394.1:7538248-7538262promoter 内 2988-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7539261-7543538(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACCCCCT
SmilChr01G003305 Chr01 NC_080387.1:51740965-51740979promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51733164-51739941(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTAAAC
SmilChr08G002430 Chr08 NC_080394.1:23109838-23109852promoter 内 2926-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23110913-23120419(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCACCTC
SmilChr06G003062 Chr06 NC_080392.1:43530382-43530396promoter 内 2896-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 43527003-43529291(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGACGGTAGGTGAG
SmilChr08G000149 Chr08 NC_080394.1:964124-964138promoter 内 2795-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 965330-967293(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCTTGCA
SmilChr08G001413 Chr08 NC_080394.1:11320317-11320331promoter 内 2652-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 11317648-11318982(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGAAGGTAGGTGGT
SmilChr07G004231 Chr07 NC_080393.1:54590963-54590977promoter 内 2620-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54592344-54593240(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATGGGTAGGTGGC
SmilChr06G001806 Chr06 NC_080392.1:21231556-21231570promoter 内 2528-2542 bp + 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 21233029-21236015(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGGAGTAGGTGGG
SmilChr07G001762 Chr07 NC_080393.1:14910882-14910896promoter 内 2411-2425 bp - 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14912472-14919896(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCAATAT
SmilChr05G003018 Chr05 NC_080391.1:37563059-37563073promoter 内 2389-2403 bp - 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37564671-37565891(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCATC
SmilChr05G003019 Chr05 NC_080391.1:37572522-37572536promoter 内 2389-2403 bp - 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37574134-37575354(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCATC
SmilChr01G001087 Chr01 NC_080387.1:22315546-22315560promoter 内 2373-2387 bp - 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22311098-22313932(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCATGGTAGGTGAA
SmilChr03G002540 Chr03 NC_080389.1:40558140-40558154promoter 内 2320-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 40551539-40556473(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGAGTAGGTGGA
SmilChr01G001020 Chr01 NC_080387.1:21374491-21374505promoter 内 2302-2316 bp + 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 21376190-21379024(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCATGGTAGGTGAA
SmilChr08G000932 Chr08 NC_080394.1:6906367-6906381promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6908105-6916562(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGGAGTAGGTGGG
SmilChr08G000934 Chr08 NC_080394.1:6925944-6925958promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6927682-6936138(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGGAGTAGGTGGG
SmilChr03G004284 Chr03 NC_080389.1:61260073-61260087promoter 内 2236-2250 bp + 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 61255628-61258322(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCAATAT
SmilChr05G001012 Chr05 NC_080391.1:8306116-8306130promoter 内 2224-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8302989-8304353(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTTGGGTAGGTGAC
SmilChr01G000907 Chr01 NC_080387.1:19146643-19146657promoter 内 2221-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 19142241-19144877(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGAGTAGGTGGA
SmilChr01G002668 Chr01 NC_080387.1:44899208-44899222promoter 内 2132-2146 bp + 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44896410-44897353(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCATC
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SmilChr07G001116 Chr07 NC_080393.1:8280913-8280927promoter 内 1730-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8271425-8278656(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCAGCTT
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SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467882-49467896promoter 内 1641-1655 bp + 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 49460707-49465536(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCAACCAACTT
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SmilChr07G001604 Chr07 NC_080393.1:13395301-13395315promoter 内 1454-1468 bp - 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 13392679-13392768(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTGGGTAGGTAAG
SmilChr03G002784 Chr03 NC_080389.1:44301819-44301833promoter 内 1404-1418 bp + 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44304416-44305113(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGATGTTAGGTGAG
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SmilChr04G002117 Chr04 NC_080390.1:34166167-34166181promoter 内 990-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 34161536-34163170(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCTAGGTAGGTGGC