转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 37 / 119 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000790 Chr01 NC_080387.1:17175323-17175333promoter 内 633-643 bp - 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 17178691-17181537(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGA
SmilChr02G000957 Chr02 NC_080388.1:16620937-16620947promoter 内 589-599 bp - 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 16614981-16617535(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TCAAGTCAAAG
SmilChr02G004195 Chr02 NC_080388.1:64285250-64285260promoter 内 402-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 64288849-64296311(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGTTGACTTCT
SmilChr02G002955 Chr02 NC_080388.1:50084985-50084995promoter 内 339-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 50088647-50091298(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTGTT
SmilChr02G004178 Chr02 NC_080388.1:64075905-64075915promoter 内 317-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 64068322-64072231(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GTTAGTCAACG
SmilChr01G003570 Chr01 NC_080387.1:54278383-54278393promoter 内 78-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 54266905-54274470(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGA
SmilChr01G003347 Chr01 NC_080387.1:52232601-52232611promoter 内 3896-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 52232706-52233291(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGA
SmilChr02G001000 Chr02 NC_080388.1:17628806-17628816promoter 内 3877-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 17628930-17629774(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTGTT
SmilChr01G004104 Chr01 NC_080387.1:59552215-59552225promoter 内 3868-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 59542606-59552092(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTGTT
SmilChr01G004203 Chr01 NC_080387.1:60491290-60491300promoter 内 3858-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 60491433-60494035(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTCGGTCAACG
SmilChr01G003840 Chr01 NC_080387.1:56744237-56744247promoter 内 3829-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 56744409-56745452(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGA
SmilChr02G001285 Chr02 NC_080388.1:23681383-23681393promoter 内 3738-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 23679351-23681130(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AACAGTCAACA
SmilChr02G001945 Chr02 NC_080388.1:35073446-35073456promoter 内 3545-3555 bp - 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 35073902-35076549(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGTTGACTTCG
SmilChr01G005006 Chr01 NC_080387.1:68113206-68113216promoter 内 3520-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 68107762-68112735(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTAAGTCAACA
SmilChr01G004751 Chr01 NC_080387.1:65687019-65687029promoter 内 3398-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 65684443-65686426(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTGTT
SmilChr02G003275 Chr02 NC_080388.1:54021992-54022002promoter 内 3368-3378 bp - 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 54022625-54027014(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGA
SmilChr01G002550 Chr01 NC_080387.1:43604934-43604944promoter 内 3183-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 43605752-43610948(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAACA
SmilChr01G005037 Chr01 NC_080387.1:68306533-68306543promoter 内 3034-3044 bp + 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 68307500-68325829(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAACA
SmilChr02G004123 Chr02 NC_080388.1:63492803-63492813promoter 内 2955-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 63493849-63496261(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TCAAGTCAAAG
SmilChr02G000729 Chr02 NC_080388.1:11838086-11838096promoter 内 2842-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 11835444-11836937(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTAAGTCAACA
SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45145471-45145481promoter 内 2785-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 45141055-45144265(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTAAGTCAACA
SmilChr02G002431 Chr02 NC_080388.1:42323599-42323609promoter 内 2766-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 42316870-42322374(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTAG
SmilChr01G003608 Chr01 NC_080387.1:54638632-54638642promoter 内 2717-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 54633004-54637358(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACCGAT
SmilChr01G000129 Chr01 NC_080387.1:2192389-2192399promoter 内 2699-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 2188602-2191097(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTAAC
SmilChr02G004224 Chr02 NC_080388.1:64440936-64440946promoter 内 2446-2456 bp - 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 64442491-64444781(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGA
SmilChr01G000130 Chr01 NC_080387.1:2192389-2192399promoter 内 2182-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 2194208-2196236(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GTTAGTCAACG
SmilChr02G002369 Chr02 NC_080388.1:41473724-41473734promoter 内 2151-2161 bp - 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 41471010-41471884(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTAAGTCAACA
SmilChr02G003689 Chr02 NC_080388.1:58281646-58281656promoter 内 1878-1888 bp + 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 58283769-58293795(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TCAAGTCAAAG
SmilChr01G000354 Chr01 NC_080387.1:7341270-7341280promoter 内 1866-1876 bp + 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 7338112-7339145(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTGTT
SmilChr01G002900 Chr01 NC_080387.1:47668820-47668830promoter 内 1716-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 47671105-47672514(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTAT
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53371521-53371531promoter 内 1680-1690 bp + 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 53373842-53376928(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAACA
SmilChr01G005036 Chr01 NC_080387.1:68306533-68306543promoter 内 1615-1625 bp + 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 68298512-68304157(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTAT
SmilChr02G004179 Chr02 NC_080388.1:64075905-64075915promoter 内 1568-1578 bp - 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 64078338-64090839(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTAAC
SmilChr01G002312 Chr01 NC_080387.1:40113758-40113768promoter 内 1392-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 40109167-40111159(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CACAGTCAACA
SmilChr01G001272 Chr01 NC_080387.1:25400626-25400636promoter 内 1382-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 25403245-25405945(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACCGAT
SmilChr01G005251 Chr01 NC_080387.1:70034012-70034022promoter 内 1328-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 70029323-70031349(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACCGAT
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