转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 37 / 149 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001788 Chr06 NC_080392.1:20933173-20933180promoter 内 3518-3525 bp - 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 20930430-20932697(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G003495 Chr04 NC_080390.1:51379056-51379063promoter 内 3511-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51379546-51383178(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G000407 Chr04 NC_080390.1:4257412-4257419promoter 内 3509-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 4257904-4260921(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G002151 Chr02 NC_080388.1:38726019-38726026promoter 内 3494-3501 bp - 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 38726526-38737738(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G004984 Chr01 NC_080387.1:67890438-67890445promoter 内 3488-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 67888541-67889932(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G002274 Chr06 NC_080392.1:32613758-32613765promoter 内 3483-3490 bp - 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 32614276-32617157(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G003437 Chr07 NC_080393.1:38011136-38011143promoter 内 3482-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 38007674-38010624(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G002450 Chr06 NC_080392.1:35256389-35256396promoter 内 3474-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 35249268-35255869(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G002040 Chr07 NC_080393.1:18515953-18515960promoter 内 3474-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 18511461-18515433(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G000423 Chr01 NC_080387.1:8491870-8491877promoter 内 3472-3479 bp + 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 8484833-8491348(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G000586 Chr08 NC_080394.1:4364524-4364531promoter 内 3471-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 4359356-4364001(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G004445 Chr07 NC_080393.1:57082725-57082732promoter 内 3468-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 57081253-57082199(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G000892 Chr06 NC_080392.1:8424835-8424842promoter 内 3467-3474 bp - 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 8425369-8426079(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G002316 Chr07 NC_080393.1:21430392-21430399promoter 内 3462-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 21425929-21429860(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G004649 Chr07 NC_080393.1:59330531-59330538promoter 内 3460-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 59315098-59329997(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G000369 Chr08 NC_080394.1:2539779-2539786promoter 内 3445-3452 bp + 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 2540335-2542918(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G003071 Chr04 NC_080390.1:47254342-47254349promoter 内 3444-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 47254899-47266853(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G002291 Chr05 NC_080391.1:24752791-24752798promoter 内 3435-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 24753357-24754151(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G003891 Chr03 NC_080389.1:57999729-57999736promoter 内 3432-3439 bp - 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 58000298-58001822(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G002340 Chr07 NC_080393.1:21738905-21738912promoter 内 3419-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 21737097-21738330(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G001532 Chr05 NC_080391.1:14029939-14029946promoter 内 3414-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 14030526-14031701(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G001445 Chr06 NC_080392.1:15268992-15268999promoter 内 3412-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 15269581-15271155(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G002199 Chr07 NC_080393.1:20230429-20230436promoter 内 3404-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 20231026-20235360(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G002410 Chr05 NC_080391.1:26618694-26618701promoter 内 3402-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 26619293-26620707(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G000457 Chr08 NC_080394.1:3280201-3280208promoter 内 3399-3406 bp - 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 3280803-3282738(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G002573 Chr02 NC_080388.1:44734842-44734849promoter 内 3392-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 44733032-44734240(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G004645 Chr07 NC_080393.1:59300545-59300552promoter 内 3390-3397 bp + 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 59295567-59299941(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G001021 Chr05 NC_080391.1:8374603-8374610promoter 内 3386-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 8371112-8373995(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr04G002905 Chr04 NC_080390.1:45325103-45325110promoter 内 3385-3392 bp + 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 45323556-45324494(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G000425 Chr05 NC_080391.1:3206968-3206975promoter 内 3371-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 3203951-3206345(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G003915 Chr02 NC_080388.1:61244698-61244705promoter 内 3364-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 61238750-61244068(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G004468 Chr01 NC_080387.1:62767257-62767264promoter 内 3362-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 62762008-62766625(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G004083 Chr03 NC_080389.1:59749661-59749668promoter 内 3358-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 59750304-59753165(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G003820 Chr07 NC_080393.1:47216448-47216455promoter 内 3358-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 47195708-47215812(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G000869 Chr02 NC_080388.1:14927738-14927745promoter 内 3343-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 14928396-14936575(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G000535 Chr06 NC_080392.1:4457921-4457928promoter 内 3309-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 4453857-4457236(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
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