转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 37 / 147 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001094 Chr04 NC_080390.1:15650633-15650647promoter 内 393-407 bp - 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 15654241-15656138(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACTGTTCC
SmilChr01G004533 Chr01 NC_080387.1:63503815-63503829promoter 内 350-364 bp + 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 63495354-63500178(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGCCTAACTAAATT
SmilChr01G001842 Chr01 NC_080387.1:33372786-33372800promoter 内 345-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33362876-33369144(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACATATGT
SmilChr01G000360 Chr01 NC_080387.1:7429426-7429440promoter 内 343-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 7425677-7425782(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTGAGGTTAGGTCG
SmilChr02G002655 Chr02 NC_080388.1:45998338-45998352promoter 内 331-345 bp + 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 45993513-45994682(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTATGTA
SmilChr03G000510 Chr03 NC_080389.1:5487636-5487650promoter 内 316-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5491321-5492306(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACCTGGAG
SmilChr02G001730 Chr02 NC_080388.1:31792640-31792654promoter 内 289-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 31788837-31788942(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTGAGGTTAGGTCG
SmilChr01G003023 Chr01 NC_080387.1:49285068-49285082promoter 内 133-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49276093-49281214(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAGCCTAACTCATTG
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37864706-37864720promoter 内 3667-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 37862410-37864386(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGCCTAACTAGTCA
SmilChr03G003823 Chr03 NC_080389.1:57278024-57278038promoter 内 3372-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 57274381-57277409(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTTTTTA
SmilChr03G001654 Chr03 NC_080389.1:21501120-21501134promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 21501944-21504123(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATAAAAGTTTGGTAG
SmilChr01G005428 Chr01 NC_080387.1:71449802-71449816promoter 内 1975-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 71451828-71456927(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTACTTG
SmilChr01G000131 Chr01 NC_080387.1:2203095-2203109promoter 内 3978-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 2199994-2203086(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACCTCTGA
SmilChr01G001639 Chr01 NC_080387.1:30422326-30422340promoter 内 3955-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 30420018-30422294(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAGTATTTG
SmilChr01G005427 Chr01 NC_080387.1:71449802-71449816promoter 内 3873-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 71448583-71449688(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAAGTAATTAGGTAG
SmilChr01G005287 Chr01 NC_080387.1:70220676-70220690promoter 内 3590-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 70221087-70222094(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAAGTTTCTC
SmilChr02G002471 Chr02 NC_080388.1:43115888-43115902promoter 内 3375-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 43108566-43115276(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACATTTAT
SmilChr02G000378 Chr02 NC_080388.1:4763271-4763285promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 4763958-4767482(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAAGGAGTTAGGCCC
SmilChr02G005345 Chr02 NC_080388.1:74278316-74278330promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 74264302-74277639(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGTTAGGTTAGGTAC
SmilChr02G002475 Chr02 NC_080388.1:43115888-43115902promoter 内 3146-3160 bp + 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 43114958-43115047(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACATTTAT
SmilChr01G004252 Chr01 NC_080387.1:60805517-60805531promoter 内 3135-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 60806383-60807910(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATTAAGTTAGGTTT
SmilChr03G003422 Chr03 NC_080389.1:52553705-52553719promoter 内 3006-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 52551948-52552724(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATGAGTTAGGTAT
SmilChr02G002474 Chr02 NC_080388.1:43115888-43115902promoter 内 2992-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 43114805-43114893(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACATTTAT
SmilChr02G004910 Chr02 NC_080388.1:71111078-71111092promoter 内 2964-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 71109250-71110055(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGCCTAACTATACG
SmilChr01G004072 Chr01 NC_080387.1:59126601-59126615promoter 内 2868-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 59120898-59125482(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTACATG
SmilChr02G002473 Chr02 NC_080388.1:43115888-43115902promoter 内 2867-2881 bp + 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 43114682-43114768(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACATTTAT
SmilChr02G004431 Chr02 NC_080388.1:66666981-66666995promoter 内 2785-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 66663173-66665779(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGGCCTAACTCGGTT
SmilChr02G002472 Chr02 NC_080388.1:43115888-43115902promoter 内 2674-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 43114489-43114575(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACATTTAT
SmilChr03G003417 Chr03 NC_080389.1:52524918-52524932promoter 内 2471-2485 bp - 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 52519592-52523402(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATGAGTTAGGTAT
SmilChr03G003770 Chr03 NC_080389.1:56845849-56845863promoter 内 2393-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 56836499-56844255(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTGTTAGTTAGGCAC
SmilChr04G000930 Chr04 NC_080390.1:12125286-12125300promoter 内 2149-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 12122498-12123448(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACATTTAC
SmilChr02G003107 Chr02 NC_080388.1:52043443-52043457promoter 内 2123-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 52039649-52041579(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGCCTAACTAGGTC
SmilChr02G004109 Chr02 NC_080388.1:63386681-63386695promoter 内 2115-2129 bp - 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 63388567-63394413(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACTTACAT
SmilChr01G005288 Chr01 NC_080387.1:70220676-70220690promoter 内 1978-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 70222699-70224075(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAAGTTTCTC
SmilChr02G005473 Chr02 NC_080388.1:74985665-74985679promoter 内 1960-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 74987706-74989538(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAAGAATTAGGTAT
SmilChr03G001913 Chr03 NC_080389.1:26783274-26783288promoter 内 1776-1790 bp + 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 26778138-26781063(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACTTCAGA
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