转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 38 / 123 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003661 Chr02 NC_080388.1:57998193-57998207promoter 内 3670-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 57998524-57999158(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTGTTGACTTATTC
SmilChr01G002674 Chr01 NC_080387.1:44954740-44954754promoter 内 3646-3660 bp + 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 44955095-44955667(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGGGTTGACTTACTT
SmilChr01G000094 Chr01 NC_080387.1:1694482-1694496promoter 内 3599-3613 bp - 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1684452-1694094(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACTTTTGACTTGTCG
SmilChr01G005828 Chr01 NC_080387.1:74276870-74276884promoter 内 3080-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74277791-74324746(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGGGTTGACTTGTAA
SmilChr01G000019 Chr01 NC_080387.1:376132-376146promoter 内 3049-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 373434-375194(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACATTGACTTTTTA
SmilChr01G000269 Chr01 NC_080387.1:5208067-5208081promoter 内 2820-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 5209248-5209817(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTTTTGACTTTCGC
SmilChr01G003834 Chr01 NC_080387.1:56670049-56670063promoter 内 2817-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 56663262-56668879(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACAAAGTCAAGCTT
SmilChr01G001493 Chr01 NC_080387.1:28735443-28735457promoter 内 2623-2637 bp + 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 28736821-28737817(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCGTTGACTATCAG
SmilChr02G001300 Chr02 NC_080388.1:24132390-24132404promoter 内 2591-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 24130922-24130994(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACATAGTCAACAAG
SmilChr02G000596 Chr02 NC_080388.1:8603507-8603521promoter 内 2362-2376 bp - 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 8605146-8607318(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAAAAGTCAAATGA
SmilChr01G000080 Chr01 NC_080387.1:1458915-1458929promoter 内 2288-2302 bp - 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1457111-1457216(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCTTTGACTTCTCT
SmilChr02G001643 Chr02 NC_080388.1:30507987-30508001promoter 内 2027-2041 bp - 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 30503466-30506027(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGTTTGACTTTTGA
SmilChr01G001519 Chr01 NC_080387.1:29109889-29109903promoter 内 2011-2025 bp - 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 29104984-29107913(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACATTGACTTTTTA
SmilChr01G005029 Chr01 NC_080387.1:68245400-68245414promoter 内 1616-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 68242265-68243029(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACATTGACTTTTTA
SmilChr01G003321 Chr01 NC_080387.1:51918508-51918522promoter 内 1609-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 51914857-51916130(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACAAAAGTCAAAACA
SmilChr01G004110 Chr01 NC_080387.1:59611792-59611806promoter 内 1447-1461 bp - 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 59608054-59609252(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGCTTGACTTTGTT
SmilChr02G001522 Chr02 NC_080388.1:28355184-28355198promoter 内 1299-1313 bp + 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 28350071-28352496(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAGAAGTCAAAGCA
SmilChr01G000018 Chr01 NC_080387.1:376132-376146promoter 内 1263-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 371113-373408(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACATTGACTTTTTA
SmilChr01G001309 Chr01 NC_080387.1:26047686-26047700promoter 内 1167-1181 bp + 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 26042074-26044866(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGAAAGTCAAGGTA
SmilChr01G003893 Chr01 NC_080387.1:57222977-57222991promoter 内 1155-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 57225823-57234347(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCGTTGACCTCCTA
SmilChr01G000806 Chr01 NC_080387.1:17437808-17437822promoter 内 948-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 17431542-17434769(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACAAAGTCAAATAC
SmilChr02G003328 Chr02 NC_080388.1:54538106-54538120promoter 内 768-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 54528113-54534887(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCGGTTGACTATGAA
SmilChr02G001025 Chr02 NC_080388.1:18161082-18161096promoter 内 529-543 bp - 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 18157552-18157624(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTCTTGACTTTTAC
SmilChr02G004671 Chr02 NC_080388.1:69074085-69074099promoter 内 298-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 69065789-69070396(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTATTTGACTTTGTC
SmilChr01G004785 Chr01 NC_080387.1:66058381-66058395promoter 内 71-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 66062311-66064074(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCGTTGACCTCGGA
SmilChr02G000725 Chr02 NC_080388.1:11785403-11785417promoter 内 3851-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11784668-11785267(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCTTTGACTTATGA
SmilChr01G004888 Chr01 NC_080387.1:66936505-66936519promoter 内 3831-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 66934731-66936349(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTTTTGACTTTTCT
SmilChr01G002149 Chr01 NC_080387.1:37479541-37479555promoter 内 3638-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37479904-37482870(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTTTTGACTTTTTG
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2549200-2549214promoter 内 3569-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2548627-2548782(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACTACGTC
SmilChr02G001055 Chr02 NC_080388.1:18819410-18819424promoter 内 3569-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18819842-18819997(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACTACGTC
SmilChr02G001058 Chr02 NC_080388.1:18827472-18827486promoter 内 3569-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18827904-18828059(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACTACGTC
SmilChr01G000696 Chr01 NC_080387.1:15594732-15594746promoter 内 3521-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 15595212-15597503(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATACAAGTCAAAGAT
SmilChr01G003623 Chr01 NC_080387.1:54782798-54782812promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54783278-54790583(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTGCT
SmilChr01G005825 Chr01 NC_080387.1:74249283-74249297promoter 内 3254-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74250030-74251068(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGGGTTGACTTGTAA
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2549200-2549214promoter 内 3185-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2545090-2548398(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACTACGTC
SmilChr02G001056 Chr02 NC_080388.1:18819410-18819424promoter 内 3185-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18820226-18823614(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACTACGTC
SmilChr01G000405 Chr01 NC_080387.1:8240947-8240961promoter 内 3160-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8237862-8240120(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAAAAGTCAAGATG
SmilChr01G002286 Chr01 NC_080387.1:39668682-39668696promoter 内 2954-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39664252-39667649(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCAAAAGTCAAACTC
SmilChr01G005822 Chr01 NC_080387.1:74226011-74226025promoter 内 2829-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74227183-74229632(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGGGTTGACTTGTAA
SmilChr02G000056 Chr02 NC_080388.1:723441-723455promoter 内 2772-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 721543-722226(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGCTTGACTTTGGG
SmilChr01G005956 Chr01 NC_080387.1:75250483-75250497promoter 内 2767-2781 bp + 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75251717-75253499(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGCTTGACTTTGGG
SmilChr01G003014 Chr01 NC_080387.1:49171529-49171543promoter 内 2766-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49172764-49176736(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCAAAGTCAACTCT
SmilChr02G004718 Chr02 NC_080388.1:69445323-69445337promoter 内 2721-2735 bp - 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69443605-69444057(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAGTTGACTTGTTA
SmilChr01G001856 Chr01 NC_080387.1:33514057-33514071promoter 内 2651-2665 bp - 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 33511321-33512721(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAGTTGACTTTGAT
SmilChr01G005878 Chr01 NC_080387.1:74725729-74725743promoter 内 2506-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74721717-74724248(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCACTAGTCAACAAC
SmilChr01G003447 Chr01 NC_080387.1:53033533-53033547promoter 内 2178-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53035356-53664655(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACATTGACTTTTAT
SmilChr01G002090 Chr01 NC_080387.1:36932924-36932938promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 36929651-36931038(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCAAAGTCAACTCT
SmilChr01G000570 Chr01 NC_080387.1:11836072-11836086promoter 内 2019-2033 bp - 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11838054-11840706(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAAAAGTCAAGATG
SmilChr01G002287 Chr01 NC_080387.1:39668682-39668696promoter 内 1985-1999 bp + 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39670698-39674128(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGTTTGACTTTTGA
SmilChr01G003448 Chr01 NC_080387.1:53033533-53033547promoter 内 1974-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53035560-53041575(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACATTGACTTTTAT