转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 39 / 147 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000268 Chr03 NC_080389.1:3101523-3101532promoter 内 200-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 3094510-3097731(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGCC
SmilChr01G005864 Chr01 NC_080387.1:74583378-74583387promoter 内 193-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 74579473-74579579(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGCC
SmilChr01G005863 Chr01 NC_080387.1:74577523-74577532promoter 内 192-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 74573617-74573723(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGCC
SmilChr02G004443 Chr02 NC_080388.1:66783706-66783715promoter 内 185-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 66787522-66787594(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGCC
SmilChr02G000623 Chr02 NC_080388.1:9221571-9221580promoter 内 102-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 9216415-9217681(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAT
SmilChr01G001632 Chr01 NC_080387.1:30370630-30370639promoter 内 47-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 30374584-30375099(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GGCCGACAAA
SmilChr02G004914 Chr02 NC_080388.1:71122349-71122358promoter 内 43-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 71126307-71126386(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAT
SmilChr04G001334 Chr04 NC_080390.1:21571551-21571560promoter 内 37-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 21566754-21567596(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAT
SmilChr03G000258 Chr03 NC_080389.1:3015434-3015443promoter 内 30-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 3019405-3042594(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGCC
SmilChr01G000002 Chr01 NC_080387.1:63494-63503promoter 内 3342-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 5 64153-66586(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGGCGACAAA
SmilChr03G002042 Chr03 NC_080389.1:30901924-30901933promoter 内 3019-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 5 30897992-30900951(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAC
SmilChr01G003041 Chr01 NC_080387.1:49398616-49398625promoter 内 2880-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 49399737-49402649(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr02G003893 Chr02 NC_080388.1:61017873-61017882promoter 内 2880-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 61018994-61020289(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAGC
SmilChr01G003040 Chr01 NC_080387.1:49398471-49398480promoter 内 2800-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 49384449-49397279(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr02G002238 Chr02 NC_080388.1:39727581-39727590promoter 内 2734-2743 bp - 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 39728848-39731943(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr02G005455 Chr02 NC_080388.1:74877796-74877805promoter 内 2675-2684 bp + 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 74879122-74883586(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr03G002221 Chr03 NC_080389.1:34981941-34981950promoter 内 2388-2397 bp + 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 34983554-35016343(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAG
SmilChr03G004720 Chr03 NC_080389.1:64428355-64428364promoter 内 2370-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 64420713-64426733(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAT
SmilChr01G005850 Chr01 NC_080387.1:74441771-74441780promoter 内 2308-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 74438105-74440087(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr02G003446 Chr02 NC_080388.1:55715525-55715534promoter 内 1982-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 55717544-55720811(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAG
SmilChr02G005388 Chr02 NC_080388.1:74523131-74523140promoter 内 1634-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 74518290-74520773(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAT
SmilChr04G002300 Chr04 NC_080390.1:37245002-37245011promoter 内 1580-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 37247423-37251776(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAT
SmilChr04G001373 Chr04 NC_080390.1:22324483-22324492promoter 内 1544-1553 bp + 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 22318718-22322035(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr04G001683 Chr04 NC_080390.1:27866289-27866298promoter 内 960-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 27861115-27863257(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGCCGACAAT
SmilChr01G003088 Chr01 NC_080387.1:49700916-49700925promoter 内 564-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 49704353-49705442(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGGCGACAAA
SmilChr01G002879 Chr01 NC_080387.1:47400119-47400128promoter 内 69-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 47394962-47396196(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCCA
SmilChr02G005404 Chr02 NC_080388.1:74576328-74576337promoter 内 3937-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 74576392-74579080(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr01G000197 Chr01 NC_080387.1:3384559-3384568promoter 内 3860-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 3383132-3384427(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr03G003384 Chr03 NC_080389.1:52203256-52203265promoter 内 3840-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 52203417-52204811(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAT
SmilChr02G000953 Chr02 NC_080388.1:16567091-16567100promoter 内 3827-3836 bp + 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 16567265-16568644(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAGC
SmilChr03G001815 Chr03 NC_080389.1:24821203-24821212promoter 内 3804-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 24821400-24833993(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50703807-50703816promoter 内 3624-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 50704184-50705021(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGCCGACAAT
SmilChr01G000688 Chr01 NC_080387.1:15392680-15392689promoter 内 3547-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 15393134-15396782(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCG
SmilChr03G002374 Chr03 NC_080389.1:37385301-37385310promoter 内 3475-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 37374528-37384784(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCT
SmilChr03G002000 Chr03 NC_080389.1:29738806-29738815promoter 内 3416-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 29739391-29740020(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACACG
SmilChr04G001360 Chr04 NC_080390.1:22080367-22080376promoter 内 3336-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 22081032-22087702(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGGCGACAAA
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