转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 39 / 142 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003215 Chr02 NC_080388.1:53337872-53337886promoter 内 982-996 bp - 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53333452-53334867(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTCTCC
SmilChr03G002688 Chr03 NC_080389.1:42750273-42750287promoter 内 916-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42753358-42757429(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACCACCACCAC
SmilChr02G004726 Chr02 NC_080388.1:69502769-69502783promoter 内 863-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69505907-69508790(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCAACCACCACCAT
SmilChr02G003938 Chr02 NC_080388.1:61483021-61483035promoter 内 856-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 61486166-61488919(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCAACCACCAA
SmilChr04G004136 Chr04 NC_080390.1:56169300-56169314promoter 内 846-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56161622-56166159(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATG
SmilChr07G004358 Chr07 NC_080393.1:56132807-56132821promoter 内 723-737 bp + 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56136085-56138029(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCATATT
SmilChr07G003782 Chr07 NC_080393.1:46375459-46375473promoter 内 683-697 bp - 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46378777-46381803(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr08G001877 Chr08 NC_080394.1:16232616-16232630promoter 内 607-621 bp + 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 16236010-16237292(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTCTCC
SmilChr07G003714 Chr07 NC_080393.1:44886648-44886662promoter 内 478-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44881784-44883139(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr05G002048 Chr05 NC_080391.1:21302139-21302153promoter 内 421-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21294971-21298573(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACCACCACCAC
SmilChr05G002953 Chr05 NC_080391.1:35685451-35685465promoter 内 404-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 35680942-35681868(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGTGTC
SmilChr08G000133 Chr08 NC_080394.1:828784-828798promoter 内 330-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 832455-834592(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCAGCGT
SmilChr01G001242 Chr01 NC_080387.1:24913377-24913391promoter 内 327-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 24917051-24919720(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTACCTA
SmilChr05G002820 Chr05 NC_080391.1:33322705-33322719promoter 内 300-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33326406-33327029(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTACCTA
SmilChr08G004692 Chr08 NC_080394.1:56353765-56353779promoter 内 204-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56349327-56349982(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCAGCGT
SmilChr06G001991 Chr06 NC_080392.1:25323800-25323814promoter 内 117-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25315027-25319930(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr03G000604 Chr03 NC_080389.1:6692950-6692964promoter 内 97-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 6687924-6689060(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCAACCACCACCAT
SmilChr03G001199 Chr03 NC_080389.1:13827559-13827573promoter 内 56-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13831504-13832646(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCAACCACCACCAT
SmilChr05G003988 Chr05 NC_080391.1:53716391-53716405promoter 内 31-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53720361-53724172(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTCTCC
SmilChr05G003989 Chr05 NC_080391.1:53720905-53720919promoter 内 30-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53724876-53728281(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTCTCC
SmilChr05G003990 Chr05 NC_080391.1:53725420-53725434promoter 内 29-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53729392-53732974(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTCTCC
SmilChr02G002283 Chr02 NC_080388.1:40301253-40301267promoter 内 3242-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 40302012-40303908(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGAAGGTAGGTGGA
SmilChr02G004860 Chr02 NC_080388.1:70724285-70724299promoter 内 2815-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 70725471-70736174(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTAGC
SmilChr08G002338 Chr08 NC_080394.1:22065148-22065162promoter 内 2532-2546 bp + 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 22066617-22068359(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTACTG
SmilChr02G003297 Chr02 NC_080388.1:54247192-54247206promoter 内 2161-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 54243482-54245366(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCACACT
SmilChr05G002966 Chr05 NC_080391.1:35960858-35960872promoter 内 1879-1893 bp + 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 35954385-35958750(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGAT
SmilChr04G002769 Chr04 NC_080390.1:43485711-43485725promoter 内 611-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 43489101-43494377(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTCCCA
SmilChr02G002970 Chr02 NC_080388.1:50220133-50220147promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 50212510-50216624(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTCTCT
SmilChr08G001503 Chr08 NC_080394.1:12185049-12185063promoter 内 342-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 12180097-12181404(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACTACCACATA
SmilChr02G004858 Chr02 NC_080388.1:70724285-70724299promoter 内 257-271 bp - 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 70719282-70720555(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTAACAACCACCAC
SmilChr02G004935 Chr02 NC_080388.1:71335608-71335622promoter 内 3375-3389 bp - 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71328852-71334996(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTGTGC
SmilChr02G004029 Chr02 NC_080388.1:62576937-62576951promoter 内 3091-3105 bp - 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62571706-62576041(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTACTG
SmilChr02G004859 Chr02 NC_080388.1:70724285-70724299promoter 内 2955-2969 bp - 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 70720193-70723253(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTAACAACCACCAC
SmilChr07G002299 Chr07 NC_080393.1:21283558-21283572promoter 内 2893-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 21281059-21282464(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACTACCACATA
SmilChr01G004955 Chr01 NC_080387.1:67641827-67641841promoter 内 2856-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 67638247-67640696(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCCACCG
SmilChr02G000922 Chr02 NC_080388.1:16021794-16021808promoter 内 2823-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16012908-16020630(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAT
SmilChr02G004173 Chr02 NC_080388.1:64017739-64017753promoter 内 2813-2827 bp - 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 64018927-64028159(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTAAA
SmilChr01G003195 Chr01 NC_080387.1:50709275-50709289promoter 内 2507-2521 bp + 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50705893-50707795(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAAGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004956 Chr01 NC_080387.1:67641827-67641841promoter 内 2459-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 67643369-67647185(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAG
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SmilChr07G000046 Chr07 NC_080393.1:198677-198691promoter 内 1838-1852 bp + 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 194758-196528(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGC
SmilChr03G004462 Chr03 NC_080389.1:62701364-62701378promoter 内 1824-1838 bp - 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62695383-62699201(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTCTCA
SmilChr03G001181 Chr03 NC_080389.1:13562716-13562730promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 13557593-13560531(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTAGGTACA
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SmilChr04G002949 Chr04 NC_080390.1:45820901-45820915promoter 内 1566-1580 bp + 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 45817736-45818480(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACGTGGTAGTTGCG
SmilChr03G000620 Chr03 NC_080389.1:6821749-6821763promoter 内 1338-1352 bp - 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6824412-6832511(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTAGGTACA
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SmilChr04G003989 Chr04 NC_080390.1:55309202-55309216promoter 内 1085-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55303192-55306300(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTCCCC