转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 39 / 121 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000254 Chr04 NC_080390.1:2313943-2313957promoter 内 3821-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 2314123-2316323(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGAGATCTATTTCC
SmilChr01G003366 Chr01 NC_080387.1:52403426-52403440promoter 内 3668-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 52401490-52403107(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGCTAGATCTAAA
SmilChr04G001379 Chr04 NC_080390.1:22387818-22387832promoter 内 3166-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 22388653-22391558(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTACATCT
SmilChr02G000999 Chr02 NC_080388.1:17624424-17624438promoter 内 3137-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 17625288-17627802(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGGGCGT
SmilChr03G003332 Chr03 NC_080389.1:51588093-51588107promoter 内 2679-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 51589415-51591216(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGAGCAGATCTGAA
SmilChr03G000057 Chr03 NC_080389.1:535785-535799promoter 内 2558-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 537228-672388(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTATAGATCTGAG
SmilChr02G001962 Chr02 NC_080388.1:35407062-35407076promoter 内 2243-2257 bp + 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 35402068-35405318(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGGTT
SmilChr05G000827 Chr05 NC_080391.1:6488825-6488839promoter 内 2171-2185 bp + 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 6485898-6487009(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGCACCA
SmilChr01G002725 Chr01 NC_080387.1:45610844-45610858promoter 内 2139-2153 bp + 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 45605559-45608996(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTACTCCA
SmilChr05G001245 Chr05 NC_080391.1:10571160-10571174promoter 内 1977-1991 bp + 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 10565831-10569150(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGGTT
SmilChr01G004133 Chr01 NC_080387.1:59845098-59845112promoter 内 1889-1903 bp + 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 59842130-59843000(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGTAACT
SmilChr03G000087 Chr03 NC_080389.1:1007276-1007290promoter 内 1585-1599 bp + 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 995964-1004874(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCTATCT
SmilChr03G000056 Chr03 NC_080389.1:535785-535799promoter 内 1558-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 532326-533356(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATAAAT
SmilChr03G003330 Chr03 NC_080389.1:51588093-51588107promoter 内 1329-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 51583607-51585435(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCTCTT
SmilChr02G002883 Chr02 NC_080388.1:49104971-49104985promoter 内 835-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 49099623-49101819(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATTTTT
SmilChr05G000828 Chr05 NC_080391.1:6488825-6488839promoter 内 487-501 bp + 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 6492339-6495681(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTGCAGATCTGAC
SmilChr01G002791 Chr01 NC_080387.1:46408117-46408131promoter 内 323-337 bp + 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 46403662-46404453(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCGTAC
SmilChr03G001496 Chr03 NC_080389.1:18257525-18257539promoter 内 241-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 18253381-18253779(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGCTTT
SmilChr01G005229 Chr01 NC_080387.1:69853014-69853028promoter 内 77-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 69856938-69857458(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGTAACT
SmilChr05G000327 Chr05 NC_080391.1:2441376-2441390promoter 内 3896-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2441481-2464606(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAACCCG
SmilChr04G003797 Chr04 NC_080390.1:54146498-54146512promoter 内 3755-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54146744-54155850(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCAATCA
SmilChr04G002425 Chr04 NC_080390.1:38878742-38878756promoter 内 3628-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38879115-38881302(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATAATT
SmilChr03G001517 Chr03 NC_080389.1:18595746-18595760promoter 内 3553-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18596194-18596810(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAGTTGT
SmilChr05G000187 Chr05 NC_080391.1:1573513-1573527promoter 内 3515-3529 bp - 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1499834-1573041(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCGAGATCTGGC
SmilChr04G003270 Chr04 NC_080390.1:49405083-49405097promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49401471-49404573(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGAGATCTAATTCT
SmilChr04G002473 Chr04 NC_080390.1:39538008-39538022promoter 内 3394-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 39536451-39537415(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGGTT
SmilChr01G002033 Chr01 NC_080387.1:35943410-35943424promoter 内 3379-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35944032-35944170(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAATACA
SmilChr04G002474 Chr04 NC_080390.1:39536904-39536918promoter 内 3307-3321 bp - 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 39537598-39538475(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGGTT
SmilChr02G001169 Chr02 NC_080388.1:21444860-21444874promoter 内 3184-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21445677-21452087(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTATTTCC
SmilChr02G003712 Chr02 NC_080388.1:58701236-58701250promoter 内 2885-2899 bp + 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58696385-58700134(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGCTAA
SmilChr04G000048 Chr04 NC_080390.1:438444-438458promoter 内 2885-2899 bp - 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 439560-443844(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAATAGC
SmilChr02G004944 Chr02 NC_080388.1:71402095-71402109promoter 内 2471-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71396097-71400579(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTAGTTCA
SmilChr05G000220 Chr05 NC_080391.1:1721886-1721900promoter 内 2419-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1717961-1720318(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATGAGATCTGAG
SmilChr05G000186 Chr05 NC_080391.1:1499314-1499328promoter 内 2379-2393 bp - 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1493467-1497706(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCGAGATCTGGC
SmilChr02G002462 Chr02 NC_080388.1:42952341-42952355promoter 内 2293-2307 bp - 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42947520-42950647(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTTTAGATCTGAT
SmilChr05G000326 Chr05 NC_080391.1:2441376-2441390promoter 内 2249-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2436713-2439638(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGGTTGGATCTGAG
SmilChr02G001015 Chr02 NC_080388.1:17892115-17892129promoter 内 2122-2136 bp + 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 17888415-17890250(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGGTCAA
SmilChr01G005173 Chr01 NC_080387.1:69480315-69480329promoter 内 2067-2081 bp - 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69476337-69478395(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTTTGGATCTGAA
SmilChr03G000826 Chr03 NC_080389.1:9445672-9445686promoter 内 2060-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9447613-9448063(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTAGTCAT
SmilChr01G002342 Chr01 NC_080387.1:40579326-40579340promoter 内 1991-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40574844-40577330(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAATTTT
SmilChr04G003430 Chr04 NC_080390.1:50881858-50881872promoter 内 1755-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50877702-50879626(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCACTTAGATCTGGA
SmilChr03G000825 Chr03 NC_080389.1:9445672-9445686promoter 内 1725-1739 bp - 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9439215-9443410(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGACTAGATCTGAC
SmilChr01G002341 Chr01 NC_080387.1:40579326-40579340promoter 内 1682-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40574844-40577021(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAATTTT
SmilChr04G001506 Chr04 NC_080390.1:24806662-24806676promoter 内 1586-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 24809077-24810843(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAAGATCTAGTTTT
SmilChr03G000640 Chr03 NC_080389.1:7049171-7049185promoter 内 1556-1570 bp - 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7043582-7046740(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGACTAGATCTAAC
SmilChr03G000371 Chr03 NC_080389.1:4155506-4155520promoter 内 1539-1553 bp + 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4150391-4153058(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTAGTCAT
SmilChr01G005594 Chr01 NC_080387.1:72571387-72571401promoter 内 1535-1549 bp - 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72573853-72574621(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGAGATCTAGATTT
SmilChr05G001492 Chr05 NC_080391.1:13684680-13684694promoter 内 1496-1510 bp - 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13687185-13691658(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATTTTT
SmilChr04G000323 Chr04 NC_080390.1:2939355-2939369promoter 内 1439-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2935453-2936807(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAATGGGATCTGAA
SmilChr04G001265 Chr04 NC_080390.1:20075639-20075653promoter 内 1347-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20070177-20072999(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTTTAGATCTGAT