转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 40 / 149 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000752 Chr04 NC_080390.1:9228580-9228594promoter 内 981-995 bp - 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 9217409-9225574(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTTATCCACTAC
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53007642-53007656promoter 内 961-975 bp + 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53010682-53013283(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTTATCCACTTT
SmilChr03G001514 Chr03 NC_080389.1:18546106-18546120promoter 内 942-956 bp + 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18549165-18551253(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCCTATCCATATG
SmilChr02G004149 Chr02 NC_080388.1:63815429-63815443promoter 内 912-926 bp - 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63809857-63812354(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTCTTATCCATTAA
SmilChr04G003997 Chr04 NC_080390.1:55339765-55339779promoter 内 897-911 bp - 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55342869-55345759(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAGATG
SmilChr03G002131 Chr03 NC_080389.1:33185777-33185791promoter 内 862-876 bp - 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33181393-33182652(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTTATCCACTTT
SmilChr03G003220 Chr03 NC_080389.1:49838412-49838426promoter 内 860-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49833183-49835285(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCCTTATCCGTAAA
SmilChr01G000244 Chr01 NC_080387.1:4531286-4531300promoter 内 775-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4526622-4528074(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTTATCCACTTT
SmilChr01G004369 Chr01 NC_080387.1:61870688-61870702promoter 内 745-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 61873944-61875652(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAGTAT
SmilChr02G002092 Chr02 NC_080388.1:37554373-37554387promoter 内 725-739 bp + 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 37557649-37560198(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCTCTTC
SmilChr02G004705 Chr02 NC_080388.1:69344669-69344683promoter 内 616-630 bp + 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69348054-69351122(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTGTTATCCAAAAC
SmilChr03G003099 Chr03 NC_080389.1:48040359-48040373promoter 内 579-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48043781-48046009(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATACTTATCCATATT
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50968037-50968051promoter 内 573-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCTTTATCCACATT
SmilChr02G003531 Chr02 NC_080388.1:56469153-56469167promoter 内 570-584 bp - 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56460525-56465736(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCACGAC
SmilChr01G000746 Chr01 NC_080387.1:16506565-16506579promoter 内 523-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16510043-16513220(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATAGGGATAAGGTA
SmilChr02G003058 Chr02 NC_080388.1:51376548-51376562promoter 内 482-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51370610-51373043(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTAACGGATAAGATA
SmilChr01G002050 Chr01 NC_080387.1:36314257-36314271promoter 内 434-448 bp - 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36317824-36318761(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAGTGGATAAAATT
SmilChr04G003530 Chr04 NC_080390.1:51656606-51656620promoter 内 206-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51660401-51660480(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCCTTATCCTTACT
SmilChr01G003206 Chr01 NC_080387.1:50851294-50851308promoter 内 183-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50815771-50847490(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTTATCCACTAT
SmilChr03G000031 Chr03 NC_080389.1:385498-385512promoter 内 167-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 379389-381678(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTTATCCACTTT
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37152729-37152743promoter 内 2692-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 37148586-37151434(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATGTTATCCAAAAA
SmilChr04G003551 Chr04 NC_080390.1:51868093-51868107promoter 内 2639-2653 bp + 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 51863397-51866745(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAAAATT
SmilChr01G001464 Chr01 NC_080387.1:28442524-28442538promoter 内 2085-2099 bp + 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 28438186-28440622(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTAGATAAGGAA
SmilChr02G001755 Chr02 NC_080388.1:32299591-32299605promoter 内 1913-1927 bp - 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 32294007-32297517(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCTATTTT
SmilChr02G000756 Chr02 NC_080388.1:12339833-12339847promoter 内 1701-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 12333233-12337547(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGCCTTATCCTATCC
SmilChr02G000053 Chr02 NC_080388.1:709607-709621promoter 内 1320-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 700214-706940(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATGTTATCCAAATA
SmilChr03G001318 Chr03 NC_080389.1:15456388-15456402promoter 内 1190-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 15452950-15453591(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATAGGATAAGCTT
SmilChr02G004749 Chr02 NC_080388.1:69696542-69696556promoter 内 798-812 bp + 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 69690685-69693353(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAGTGGATAATATT
SmilChr04G003552 Chr04 NC_080390.1:51868093-51868107promoter 内 655-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 51871439-51874971(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTTATCCAAATT
SmilChr03G001232 Chr03 NC_080389.1:14242252-14242266promoter 内 466-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 14245787-14247148(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTGTGGATAAAGTC
SmilChr01G005713 Chr01 NC_080387.1:73345586-73345600promoter 内 3961-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 73341651-73345560(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAACATA
SmilChr01G000025 Chr01 NC_080387.1:458309-458323promoter 内 3798-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 452475-458120(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACTTTATCCAAAAG
SmilChr04G000097 Chr04 NC_080390.1:880436-880450promoter 内 3778-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 876169-880227(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCACTTT
SmilChr02G000486 Chr02 NC_080388.1:6629524-6629538promoter 内 3557-3571 bp - 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 6629968-6632943(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATAAAATA
SmilChr01G005675 Chr01 NC_080387.1:73025800-73025814promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 73026280-73029333(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTCTTATCCAAATT
SmilChr03G003914 Chr03 NC_080389.1:58232837-58232851promoter 内 3494-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 58229953-58232344(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTTATCCAAATT
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SmilChr03G002333 Chr03 NC_080389.1:36794390-36794404promoter 内 2188-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 36791636-36792591(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTATCGGATAAGATA
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