靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00011094-RA_Salv |
SmilChr01G004552 |
bZIP | XP_057786668.1 |
MP00409 |
AATGGACACGTGGCA |
8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 40 / 126 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G003667 |
Chr04 | NC_080390.1:53120849-53120863promoter 内 2100-2114 bp |
+ | 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 53114874-53118962(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
CGCCACGTGTCACAG |
SmilChr06G001366 |
Chr06 | NC_080392.1:14270143-14270157promoter 内 1832-1846 bp |
+ | 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 14263395-14267988(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGCCACGTGTTACGT |
SmilChr03G003020 |
Chr03 | NC_080389.1:47107098-47107112promoter 内 1735-1749 bp |
- | 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 47109364-47111929(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
AGCCACGTGTCCTGA |
SmilChr01G000557 |
Chr01 | NC_080387.1:11622832-11622846promoter 内 1484-1498 bp |
- | 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 11619164-11620329(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TCAGGACACGTGGCT |
SmilChr04G003386 |
Chr04 | NC_080390.1:50422564-50422578promoter 内 1447-1461 bp |
+ | 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 50417948-50420024(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
AGCCACGTGTCCTGA |
SmilChr01G003666 |
Chr01 | NC_080387.1:55090627-55090641promoter 内 1294-1308 bp |
- | 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 55080249-55087934(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
AGAAATGACGTGGCA |
SmilChr06G002068 |
Chr06 | NC_080392.1:27246605-27246619promoter 内 1100-1114 bp |
- | 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 27249506-27250123(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
CGCCACGTGTCGGCT |
SmilChr04G001483 |
Chr04 | NC_080390.1:24264873-24264887promoter 内 929-943 bp |
- | 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 24260570-24261815(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TCAGGACACGTGGCT |
SmilChr03G003997 |
Chr03 | NC_080389.1:59011281-59011295promoter 内 908-922 bp |
- | 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 59014374-59017640(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGCCACGTGTTTATA |
SmilChr06G001763 |
Chr06 | NC_080392.1:20603342-20603356promoter 内 881-895 bp |
- | 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 20598312-20600236(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
GCTGCTGACGTGGCC |
SmilChr06G001639 |
Chr06 | NC_080392.1:18485390-18485404promoter 内 758-772 bp |
- | 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 18480260-18482161(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGGGTTGACGTGGCA |
SmilChr02G001288 |
Chr02 | NC_080388.1:23724751-23724765promoter 内 663-677 bp |
- | 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 23720890-23721427(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TCTGCTGACGTGGCG |
SmilChr06G000312 |
Chr06 | NC_080392.1:2260910-2260924promoter 内 549-563 bp |
+ | 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 2252940-2257472(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGCCACGTCAACTCA |
SmilChr02G004841 |
Chr02 | NC_080388.1:70545259-70545273promoter 内 547-561 bp |
+ | 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 70536269-70541819(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGCCACGTGTTTCAT |
SmilChr01G004222 |
Chr01 | NC_080387.1:60587023-60587037promoter 内 517-531 bp |
+ | 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 60582237-60583553(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
AGCCACGTGTCCTGA |
SmilChr05G000571 |
Chr05 | NC_080391.1:4301578-4301592promoter 内 383-397 bp |
- | 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 4297118-4297974(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TACTGACACGTGGCG |
SmilChr03G000691 |
Chr03 | NC_080389.1:7723301-7723315promoter 内 3971-3985 bp |
- | 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 3 | 7723331-7725582(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGACACGTGTCTAAA |
SmilChr03G000686 |
Chr03 | NC_080389.1:7671153-7671167promoter 内 3941-3955 bp |
- | 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 3 | 7671213-7673668(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGACACGTGTCTAAA |
SmilChr08G000771 |
Chr08 | NC_080394.1:5691602-5691616promoter 内 3783-3797 bp |
- | 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 5683440-5691398(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
GTGAACCACGTGGCA |
SmilChr06G003237 |
Chr06 | NC_080392.1:45078380-45078394promoter 内 3740-3754 bp |
+ | 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 45078641-45080191(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
ACAGTACACGTGGCA |
SmilChr02G005022 |
Chr02 | NC_080388.1:71980294-71980308promoter 内 3588-3602 bp |
+ | 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 71978069-71979895(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGCCACGTGGTTCAC |
SmilChr01G001044 |
Chr01 | NC_080387.1:21687424-21687438promoter 内 3508-3522 bp |
+ | 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 21684371-21686945(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGCCACGTGTTGCAT |
SmilChr01G005429 |
Chr01 | NC_080387.1:71457912-71457926promoter 内 3261-3275 bp |
+ | 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 71458652-71461641(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
GTGAACCACGTGGCA |
SmilChr05G004288 |
Chr05 | NC_080391.1:56661305-56661319promoter 内 2986-3000 bp |
+ | 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 56662320-56668544(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TCTTGACACGTGTCA |
SmilChr01G004275 |
Chr01 | NC_080387.1:60985939-60985953promoter 内 2963-2977 bp |
+ | 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 60984478-60984915(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
CGCCACGTGGCAGCA |
SmilChr02G000319 |
Chr02 | NC_080388.1:4003640-4003654promoter 内 2778-2792 bp |
- | 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 4004863-4005674(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGCCACGTGGTTCAC |
SmilChr02G005023 |
Chr02 | NC_080388.1:71980294-71980308promoter 内 2624-2638 bp |
+ | 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 71981671-71985177(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
GTGAACCACGTGGCA |
SmilChr03G003771 |
Chr03 | NC_080389.1:56849836-56849850promoter 内 2382-2396 bp |
- | 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 56851455-56857112(+) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
TGCCACGTGGTTCAC |
SmilChr02G005558 |
Chr02 | NC_080388.1:75538231-75538245promoter 内 2079-2093 bp |
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Chr08 | NC_080394.1:4366140-4366154promoter 内 1848-1862 bp |
+ | 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 4359356-4364001(-) |
SMil_00011094-RA_Salv |
MP00409 |
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+ | 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.8/ 100 | 2 | 45073365-45076022(-) |
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MP00409 |
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