转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 40 / 119 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002701 Chr02 NC_080388.1:46842435-46842445promoter 内 457-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 46845979-46850611(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr02G000987 Chr02 NC_080388.1:17359920-17359930promoter 内 452-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 17363469-17366231(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACTAGTCAACC
SmilChr02G003621 Chr02 NC_080388.1:57519764-57519774promoter 内 235-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 57523530-57524994(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G004000 Chr01 NC_080387.1:58409893-58409903promoter 内 101-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 58404496-58406003(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr02G001578 Chr02 NC_080388.1:29379667-29379677promoter 内 3894-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 29379774-29381798(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACCTCC
SmilChr01G001182 Chr01 NC_080387.1:23880243-23880253promoter 内 3876-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 23866677-23880128(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G001137 Chr01 NC_080387.1:23165711-23165721promoter 内 3679-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 23166033-23167776(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69517760-69517770promoter 内 3564-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 69518197-69522787(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr02G001807 Chr02 NC_080388.1:32908929-32908939promoter 内 3434-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 32905498-32908372(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G004985 Chr01 NC_080387.1:67904003-67904013promoter 内 3254-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 67897017-67903266(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G003574 Chr01 NC_080387.1:54299376-54299386promoter 内 3225-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 54300152-54302260(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGC
SmilChr02G000079 Chr02 NC_080388.1:1036909-1036919promoter 内 3176-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 1032482-1036094(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G005178 Chr01 NC_080387.1:69516600-69516610promoter 内 3050-3060 bp - 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 69512361-69515659(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr02G001992 Chr02 NC_080388.1:36010927-36010937promoter 内 3033-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 36008309-36009969(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGTTGACTAGT
SmilChr02G002616 Chr02 NC_080388.1:45392594-45392604promoter 内 2845-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 45393750-45408835(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGC
SmilChr01G005920 Chr01 NC_080387.1:75033416-75033426promoter 内 2493-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 75030558-75031918(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G004823 Chr01 NC_080387.1:66404478-66404488promoter 内 2429-2439 bp + 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 66406050-66412791(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G003689 Chr01 NC_080387.1:55271379-55271389promoter 内 2407-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 55267026-55269795(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACCAGA
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26787177-26787187promoter 内 2288-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 26788890-26794211(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGTTGACTAGT
SmilChr01G001775 Chr01 NC_080387.1:32657035-32657045promoter 内 2279-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 32658757-32659365(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G005642 Chr01 NC_080387.1:72852061-72852071promoter 内 2248-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 72849507-72850318(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G001934 Chr01 NC_080387.1:34528950-34528960promoter 内 2067-2077 bp - 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 34523682-34527026(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G003061 Chr01 NC_080387.1:49497891-49497901promoter 内 1846-1856 bp + 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49493012-49495746(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGC
SmilChr02G003214 Chr02 NC_080388.1:53330377-53330387promoter 内 1783-1793 bp - 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 53332595-53333152(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGC
SmilChr01G006011 Chr01 NC_080387.1:75667505-75667515promoter 内 1666-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 75669840-75713567(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49497891-49497901promoter 内 1429-1439 bp + 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49500463-49501685(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G004891 Chr01 NC_080387.1:66981373-66981383promoter 内 1413-1423 bp - 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 66977992-66978795(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G005959 Chr01 NC_080387.1:75302860-75302870promoter 内 1218-1228 bp + 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 75305643-75308359(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCAAGTCAAAG
SmilChr02G001870 Chr02 NC_080388.1:33977336-33977346promoter 内 1172-1182 bp + 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 33980165-33981871(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G003893 Chr01 NC_080387.1:57222979-57222989promoter 内 1157-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 57225823-57234347(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACCTCC
SmilChr01G003064 Chr01 NC_080387.1:49497891-49497901promoter 内 918-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49500974-49501057(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G003573 Chr01 NC_080387.1:54299376-54299386promoter 内 884-894 bp - 3107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 54294405-54296269(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G005083 Chr01 NC_080387.1:68706544-68706554promoter 内 838-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 68709707-68710950(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTGC
SmilChr01G003065 Chr01 NC_080387.1:49497891-49497901promoter 内 446-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49501446-49501588(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GCAAGTCAAAG
SmilChr02G002133 Chr02 NC_080388.1:38390567-38390577promoter 内 361-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 38384804-38386937(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAGGTCAACG
SmilChr01G002330 Chr01 NC_080387.1:40452476-40452486promoter 内 184-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 40456293-40457039(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACCTCC
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