转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 40 / 149 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002680 Chr08 NC_080394.1:26354708-26354715promoter 内 2663-2670 bp + 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 26346163-26353377(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G001315 Chr03 NC_080389.1:15426280-15426287promoter 内 2659-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 15427622-15431093(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G002356 Chr07 NC_080393.1:21899967-21899974promoter 内 2653-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 21895116-21898626(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G001902 Chr05 NC_080391.1:19303792-19303799promoter 内 2641-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 19305152-19305960(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G001154 Chr03 NC_080389.1:13320898-13320905promoter 内 2630-2637 bp + 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 13316217-13319534(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G004416 Chr07 NC_080393.1:56762377-56762384promoter 内 2626-2633 bp - 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56757941-56761009(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G001647 Chr02 NC_080388.1:30570934-30570941promoter 内 2622-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 30568957-30569562(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr04G001510 Chr04 NC_080390.1:24869011-24869018promoter 内 2621-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 24870391-24875186(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G001901 Chr03 NC_080389.1:26543196-26543203promoter 内 2614-2621 bp - 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 26544583-26544654(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G001947 Chr03 NC_080389.1:27782809-27782816promoter 内 2613-2620 bp + 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 27781357-27781428(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G003280 Chr03 NC_080389.1:50801487-50801494promoter 内 2603-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 50802885-50804174(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G000278 Chr08 NC_080394.1:1907156-1907163promoter 内 2600-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1896144-1905762(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73330167-73330174promoter 内 2590-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 73331578-73334536(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G000638 Chr03 NC_080389.1:7019937-7019944promoter 内 2581-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 7021357-7024041(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G004370 Chr07 NC_080393.1:56241080-56241087promoter 内 2571-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56242510-56245743(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G004165 Chr05 NC_080391.1:55548985-55548992promoter 内 2569-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 55550417-55552191(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G000844 Chr02 NC_080388.1:14331323-14331330promoter 内 2550-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 14329173-14329879(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr08G000311 Chr08 NC_080394.1:2185455-2185462promoter 内 2539-2546 bp + 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 2186917-2191563(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G000109 Chr03 NC_080389.1:1200176-1200183promoter 内 2535-2542 bp - 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1201642-1202819(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G001163 Chr06 NC_080392.1:11812720-11812727promoter 内 2534-2541 bp - 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 11814187-11815193(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G001907 Chr06 NC_080392.1:23008935-23008942promoter 内 2529-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 23010407-23012554(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G001450 Chr08 NC_080394.1:11683114-11683121promoter 内 2523-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 11684592-11687341(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G001673 Chr07 NC_080393.1:14186513-14186520promoter 内 2512-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 14188002-14188730(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G003943 Chr02 NC_080388.1:61575274-61575281promoter 内 2502-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 61576773-61582490(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G005526 Chr01 NC_080387.1:72132699-72132706promoter 内 2494-2501 bp + 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 72128404-72131199(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G001125 Chr05 NC_080391.1:9401929-9401936promoter 内 2492-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 9399158-9400427(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G002029 Chr03 NC_080389.1:30427124-30427131promoter 内 2490-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 30424361-30425620(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr04G000879 Chr04 NC_080390.1:11171843-11171850promoter 内 2482-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 11173362-11175955(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G001090 Chr02 NC_080388.1:19612785-19612792promoter 内 2465-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 19610036-19611256(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G004012 Chr05 NC_080391.1:54060780-54060787promoter 内 2465-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 54057630-54059251(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G000941 Chr06 NC_080392.1:9035626-9035633promoter 内 2462-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 9032293-9034094(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G001213 Chr08 NC_080394.1:9800745-9800752promoter 内 2459-2466 bp - 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 9802287-9805250(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G002506 Chr06 NC_080392.1:35938801-35938808promoter 内 2456-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 35936050-35937263(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G001649 Chr01 NC_080387.1:30552838-30552845promoter 内 2455-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 30549545-30551299(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G002955 Chr05 NC_080391.1:35710007-35710014promoter 内 2454-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 35705690-35708467(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G005436 Chr02 NC_080388.1:74768218-74768225promoter 内 2450-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 74769769-74777238(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
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