转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 40 / 158 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001929 Chr02 NC_080388.1:34703882-34703889promoter 内 992-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 34697622-34700880(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G000785 Chr04 NC_080390.1:9658441-9658448promoter 内 969-976 bp + 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 9652815-9655416(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr06G001208 Chr06 NC_080392.1:12359071-12359078promoter 内 924-931 bp - 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 12362148-12366041(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G003175 Chr05 NC_080391.1:40670245-40670252promoter 内 901-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 40673345-40683654(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47061006-47061013promoter 内 896-903 bp - 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 47056261-47057908(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G003446 Chr04 NC_080390.1:50979405-50979412promoter 内 884-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 50971642-50976295(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G003975 Chr01 NC_080387.1:58187512-58187519promoter 内 876-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 58181847-58184394(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G002122 Chr04 NC_080390.1:34241500-34241507promoter 内 876-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 34244625-34244697(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G000996 Chr06 NC_080392.1:9836831-9836838promoter 内 832-839 bp - 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 9831437-9833669(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G001637 Chr04 NC_080390.1:27178174-27178181promoter 内 818-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 27174147-27174998(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr07G000626 Chr07 NC_080393.1:4233416-4233423promoter 内 807-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 4229236-4230229(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G002105 Chr04 NC_080390.1:33995106-33995113promoter 内 800-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 33998307-34003165(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G003648 Chr04 NC_080390.1:52977760-52977767promoter 内 787-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 52980974-52982858(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr06G001816 Chr06 NC_080392.1:21320689-21320696promoter 内 784-791 bp - 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 21323906-21326413(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G000475 Chr03 NC_080389.1:5053366-5053373promoter 内 746-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 5046979-5050118(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G003461 Chr04 NC_080390.1:51083481-51083488promoter 内 726-733 bp + 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 51086756-51093396(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr05G003246 Chr05 NC_080391.1:41839294-41839301promoter 内 719-726 bp + 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 41842576-41843049(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G000824 Chr04 NC_080390.1:10345366-10345373promoter 内 602-609 bp - 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 10332171-10341974(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G002474 Chr01 NC_080387.1:42481042-42481049promoter 内 597-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 42484446-42486418(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G002528 Chr07 NC_080393.1:23953401-23953408promoter 内 584-591 bp + 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 23947690-23949991(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G002724 Chr05 NC_080391.1:31349154-31349161promoter 内 571-578 bp + 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 31339663-31345731(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G003152 Chr04 NC_080390.1:48122562-48122569promoter 内 560-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 48126003-48134453(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G003061 Chr04 NC_080390.1:47184658-47184665promoter 内 537-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 47178145-47181201(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G002260 Chr05 NC_080391.1:24324642-24324649promoter 内 514-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 24328129-24330234(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G002972 Chr03 NC_080389.1:46515980-46515987promoter 内 449-456 bp - 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 46519532-46525194(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr07G002178 Chr07 NC_080393.1:19951206-19951213promoter 内 442-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 19954765-19956514(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr06G000908 Chr06 NC_080392.1:8556216-8556223promoter 内 434-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 8559783-8565456(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G003176 Chr05 NC_080391.1:40670245-40670252promoter 内 427-434 bp + 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 40673819-40674872(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G001395 Chr04 NC_080390.1:22752693-22752700promoter 内 418-425 bp + 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 22748569-22749117(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr06G001755 Chr06 NC_080392.1:20478336-20478343promoter 内 410-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 20481927-20483160(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G003233 Chr04 NC_080390.1:49156501-49156508promoter 内 400-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 49151594-49152907(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G004013 Chr03 NC_080389.1:59120841-59120848promoter 内 388-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 59110313-59117235(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37155051-37155058promoter 内 377-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 37148586-37151434(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G000177 Chr06 NC_080392.1:1237474-1237481promoter 内 376-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 1241099-1243151(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G001841 Chr04 NC_080390.1:29942004-29942011promoter 内 334-341 bp - 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 29945671-29949750(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G001921 Chr01 NC_080387.1:34332460-34332467promoter 内 325-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 34336136-34337437(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G003146 Chr02 NC_080388.1:52484809-52484816promoter 内 318-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 52480406-52481133(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G002566 Chr03 NC_080389.1:40847420-40847427promoter 内 312-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 40851109-40856192(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G003023 Chr07 NC_080393.1:31269081-31269088promoter 内 310-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 31272772-31277140(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
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SmilChr04G002123 Chr04 NC_080390.1:34241500-34241507promoter 内 267-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 34245234-34247244(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
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SmilChr07G002930 Chr07 NC_080393.1:29661510-29661517promoter 内 133-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 29657578-29657649(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G004262 Chr03 NC_080389.1:61114987-61114994promoter 内 112-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 2 61109432-61111105(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG