转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 41 / 134 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000895 Chr03 NC_080389.1:10241165-10241177promoter 内 1027-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10244139-10245931(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCTTCA
SmilChr01G005893 Chr01 NC_080387.1:74869656-74869668promoter 内 997-1009 bp + 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 74865435-74866664(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCAGTAT
SmilChr01G003572 Chr01 NC_080387.1:54285950-54285962promoter 内 887-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54289064-54290069(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTGGGATAAGG
SmilChr03G001940 Chr03 NC_080389.1:27595618-27595630promoter 内 833-845 bp - 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27598786-27601570(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTGTTCC
SmilChr02G003562 Chr02 NC_080388.1:56797047-56797059promoter 内 659-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56800389-56800970(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATTGC
SmilChr01G003016 Chr01 NC_080387.1:49184888-49184900promoter 内 594-606 bp + 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 49188295-49190988(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTAGGATAAGT
SmilChr03G001364 Chr03 NC_080389.1:16001649-16001661promoter 内 556-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 15995515-15998216(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTAAGGATAAGC
SmilChr03G000038 Chr03 NC_080389.1:455431-455443promoter 内 415-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 459017-461513(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTTTGGATAAGC
SmilChr02G000613 Chr02 NC_080388.1:8949453-8949465promoter 内 293-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 8944679-8945757(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTTATCCATTTA
SmilChr01G002071 Chr01 NC_080387.1:36578058-36578070promoter 内 90-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36581969-36584586(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAGGAGGATAAGA
SmilChr03G002066 Chr03 NC_080389.1:31525370-31525382promoter 内 89-101 bp - 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 31529282-31530244(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCTCGCT
SmilChr01G004841 Chr01 NC_080387.1:66546134-66546146promoter 内 72-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 66534842-66542217(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAAAGAGATAAGG
SmilChr01G002595 Chr01 NC_080387.1:44129815-44129827promoter 内 34-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 44133782-44137281(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAACCGGATAAGA
SmilChr01G001312 Chr01 NC_080387.1:26096548-26096560promoter 内 13-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 26100536-26102539(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACAGTGGATAAGA
SmilChr03G001944 Chr03 NC_080389.1:27695550-27695562promoter 内 1727-1739 bp + 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 27697824-27700724(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTAACGGATAAGA
SmilChr02G002176 Chr02 NC_080388.1:38984670-38984682promoter 内 3504-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 38980129-38984185(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTGATTT
SmilChr01G000438 Chr01 NC_080387.1:8802632-8802644promoter 内 3016-3028 bp - 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 8799929-8801659(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATAGTGGATAAGT
SmilChr03G002135 Chr03 NC_080389.1:33234760-33234772promoter 内 2570-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 33231916-33233341(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTAACGGATAAGA
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63627632-63627644promoter 内 2549-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 63623874-63626192(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCTTTCC
SmilChr01G003131 Chr01 NC_080387.1:50142813-50142825promoter 内 2483-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 50137159-50141307(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTTTCA
SmilChr01G000439 Chr01 NC_080387.1:8802632-8802644promoter 内 2244-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 8800797-8800887(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATAGTGGATAAGT
SmilChr03G000821 Chr03 NC_080389.1:9413064-9413076promoter 内 2038-2050 bp + 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 9405709-9411113(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTTTCA
SmilChr03G001075 Chr03 NC_080389.1:12457621-12457633promoter 内 1776-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 12459846-12461298(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTGCAGATAAGG
SmilChr03G001942 Chr03 NC_080389.1:27668907-27668919promoter 内 1482-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 27664212-27666400(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTATCA
SmilChr01G000507 Chr01 NC_080387.1:10232940-10232952promoter 内 780-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 10236161-10239270(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCGTTAA
SmilChr03G000432 Chr03 NC_080389.1:4679066-4679078promoter 内 650-662 bp + 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 4682417-4684700(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTAACGGATAAGA
SmilChr02G003903 Chr02 NC_080388.1:61114387-61114399promoter 内 3946-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 61114442-61115851(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAAAAGGATAAGT
SmilChr03G001957 Chr03 NC_080389.1:27979526-27979538promoter 内 3713-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 27977687-27979250(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTTTCA
SmilChr03G000148 Chr03 NC_080389.1:1621641-1621653promoter 内 3705-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 1621937-1625847(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGGTGGATAAGA
SmilChr02G004891 Chr02 NC_080388.1:70958900-70958912promoter 内 3702-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 70957290-70958613(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCGTTAA
SmilChr02G003888 Chr02 NC_080388.1:60975579-60975591promoter 内 3616-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 60960018-60975206(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCGTAGT
SmilChr01G002361 Chr01 NC_080387.1:40775745-40775757promoter 内 3452-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 40773331-40775208(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTTAGC
SmilChr01G005143 Chr01 NC_080387.1:69223017-69223029promoter 内 3316-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 69223702-69225549(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCAAAGGATAAGG
SmilChr02G003994 Chr02 NC_080388.1:62278358-62278370promoter 内 3313-3325 bp - 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 62259906-62277682(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATATGGATAAGT
SmilChr01G006037 Chr01 NC_080387.1:75873958-75873970promoter 内 2874-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 75875085-75878965(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCTCTCT
SmilChr01G001761 Chr01 NC_080387.1:32340566-32340578promoter 内 2622-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 32341945-32346332(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCGTTAA
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