转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 42 / 137 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9508622-9508636promoter 内 205-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 9512418-9513257(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGGGACACGTGGCG
SmilChr02G003987 Chr02 NC_080388.1:62121959-62121973promoter 内 179-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 62125781-62129586(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCTCTGACGTGGCT
SmilChr06G002769 Chr06 NC_080392.1:40287326-40287340promoter 内 163-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40281685-40283502(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGACCC
SmilChr07G001948 Chr07 NC_080393.1:16886487-16886501promoter 内 134-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 16890354-16890983(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGCTGACGTGGAT
SmilChr08G003316 Chr08 NC_080394.1:34401290-34401304promoter 内 118-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 34391154-34397421(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTTCTAC
SmilChr05G003700 Chr05 NC_080391.1:50104974-50104988promoter 内 2644-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 6 50106331-50107753(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr02G002022 Chr02 NC_080388.1:36447402-36447416promoter 内 1187-1201 bp - 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 6 36450216-36450997(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr02G003089 Chr02 NC_080388.1:51771954-51771968promoter 内 3427-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 51769788-51771394(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr08G002426 Chr08 NC_080394.1:23035729-23035743promoter 内 3227-3241 bp + 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 23031041-23034969(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr02G003090 Chr02 NC_080388.1:51771954-51771968promoter 内 3114-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 51770533-51771081(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr02G003980 Chr02 NC_080388.1:62058963-62058977promoter 内 2879-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 62060085-62064416(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACACAC
SmilChr01G004873 Chr01 NC_080387.1:66835708-66835722promoter 内 2454-2468 bp - 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 66837255-66837328(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr06G000465 Chr06 NC_080392.1:3801271-3801285promoter 内 2408-2422 bp - 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 3802864-3804811(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr01G004874 Chr01 NC_080387.1:66835708-66835722promoter 内 2136-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 66837573-66839486(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr07G004434 Chr07 NC_080393.1:57033233-57033247promoter 内 1724-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 57026529-57030970(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66835708-66835722promoter 内 1269-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 66831346-66832990(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACACAC
SmilChr07G003192 Chr07 NC_080393.1:34060160-34060174promoter 内 337-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 34063824-34065612(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACACAC
SmilChr01G003466 Chr01 NC_080387.1:53228186-53228200promoter 内 3794-3808 bp - 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 53228393-53230198(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr01G003107 Chr01 NC_080387.1:49884037-49884051promoter 内 2661-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 49882048-49882711(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr05G002319 Chr05 NC_080391.1:25002227-25002241promoter 内 1929-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 24998463-25000169(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGGATAG
SmilChr07G001837 Chr07 NC_080393.1:15847492-15847506promoter 内 1928-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 15849565-15853140(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACACAC
SmilChr01G002504 Chr01 NC_080387.1:42904650-42904664promoter 内 1642-1656 bp + 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 42907009-42908794(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACACAC
SmilChr06G001224 Chr06 NC_080392.1:12656155-12656169promoter 内 1395-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 12645990-12653563(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACACAC
SmilChr08G002062 Chr08 NC_080394.1:18485900-18485914promoter 内 1056-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 18488845-18492567(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr07G002622 Chr07 NC_080393.1:25288562-25288576promoter 内 984-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 25282843-25285559(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr06G000914 Chr06 NC_080392.1:8664231-8664245promoter 内 3396-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 8664836-8667006(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGGGCCACGTGGCT
SmilChr08G004243 Chr08 NC_080394.1:51888766-51888780promoter 内 3262-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 51884219-51888041(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr04G000472 Chr04 NC_080390.1:5036235-5036249promoter 内 1991-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 5030402-5034239(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGGTGACGTGGAC
SmilChr06G002461 Chr06 NC_080392.1:35425647-35425661promoter 内 1408-1422 bp + 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 35428240-35431177(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCTGCCGC
SmilChr08G004422 Chr08 NC_080394.1:53930255-53930269promoter 内 1093-1107 bp - 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 53923675-53927361(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGACTTG
SmilChr07G000359 Chr07 NC_080393.1:2468744-2468758promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 2461921-2464962(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr05G003740 Chr05 NC_080391.1:50491238-50491252promoter 内 155-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 50495084-50498493(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr05G003701 Chr05 NC_080391.1:50104974-50104988promoter 内 7-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 50108968-50111515(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCT
SmilChr03G002815 Chr03 NC_080389.1:44619181-44619195promoter 内 3736-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 44612997-44618930(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CACGTCGACGTGGCA
SmilChr05G004390 Chr05 NC_080391.1:57351659-57351673promoter 内 3574-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 57345304-57351246(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTGTAGACGTGGCA
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