转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 43 / 138 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000356 Chr06 NC_080392.1:2722117-2722131promoter 内 2186-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 2723932-2729269(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATAAATC
SmilChr06G002812 Chr06 NC_080392.1:40823128-40823142promoter 内 2069-2083 bp + 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 40819244-40821210(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATTGTCT
SmilChr02G004492 Chr02 NC_080388.1:67407603-67407617promoter 内 1422-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 67410182-67412258(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGATCACAACCGTTG
SmilChr02G001551 Chr02 NC_080388.1:28794890-28794904promoter 内 3972-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 28792844-28794875(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCAATTCCA
SmilChr01G005495 Chr01 NC_080387.1:71858838-71858852promoter 内 3953-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71858886-71862240(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATCTATAACCGTTG
SmilChr01G003318 Chr01 NC_080387.1:51906527-51906541promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51905777-51906484(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTTTAAT
SmilChr01G004381 Chr01 NC_080387.1:61999985-61999999promoter 内 3925-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62000061-62002883(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTAATGACCGTTT
SmilChr03G002594 Chr03 NC_080389.1:41243245-41243259promoter 内 3903-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41242315-41243161(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTTTAAT
SmilChr08G002661 Chr08 NC_080394.1:26086442-26086456promoter 内 3880-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 26084130-26086335(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAAATGGGACCGTTT
SmilChr02G004973 Chr02 NC_080388.1:71622637-71622651promoter 内 3867-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71622771-71626876(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTAAAAGTACCGTTG
SmilChr02G001760 Chr02 NC_080388.1:32356262-32356276promoter 内 3801-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 32354977-32356076(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAAACATC
SmilChr07G000816 Chr07 NC_080393.1:5756168-5756182promoter 内 3620-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5751069-5755801(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAATCAGAACCGTTG
SmilChr05G003395 Chr05 NC_080391.1:44983177-44983191promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44981094-44982794(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGGTGATGACCGTTG
SmilChr08G002404 Chr08 NC_080394.1:22831479-22831493promoter 内 3511-3525 bp - 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 22831969-22836883(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAGATCG
SmilChr07G002007 Chr07 NC_080393.1:17810122-17810136promoter 内 3452-3466 bp - 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 17808860-17809587(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACTAAAAGACCGTTG
SmilChr04G000854 Chr04 NC_080390.1:10807010-10807024promoter 内 3347-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10801464-10806370(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTAAAGTGACCGTTT
SmilChr08G002227 Chr08 NC_080394.1:20333529-20333543promoter 内 3274-3288 bp + 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 20334256-20336754(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AACACACGACCGTTG
SmilChr07G001207 Chr07 NC_080393.1:9224339-9224353promoter 内 3236-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9212514-9223588(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGAGATGA
SmilChr02G005100 Chr02 NC_080388.1:72547524-72547538promoter 内 3053-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 72548472-72550760(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CATTTTGGACCGTTA
SmilChr02G001222 Chr02 NC_080388.1:22438450-22438464promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 22435815-22437494(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATTTTCC
SmilChr01G002739 Chr01 NC_080387.1:45705879-45705893promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 45707023-45710536(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CACAATTTACCGTTG
SmilChr08G001527 Chr08 NC_080394.1:12436480-12436494promoter 内 2833-2847 bp - 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12437648-12441215(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCAACATAA
SmilChr02G002784 Chr02 NC_080388.1:47919624-47919638promoter 内 2825-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47920800-47924013(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTTTTTTA
SmilChr03G002856 Chr03 NC_080389.1:45142374-45142388promoter 内 2805-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 45135911-45141192(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCGTGTC
SmilChr01G004380 Chr01 NC_080387.1:61999985-61999999promoter 内 2732-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 61996639-61998730(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATTAATT
SmilChr08G004394 Chr08 NC_080394.1:53685499-53685513promoter 内 2606-2620 bp + 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53680657-53684118(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTTCTTTA
SmilChr01G004039 Chr01 NC_080387.1:58814978-58814992promoter 内 2478-2492 bp + 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 58813397-58813469(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTTTAAT
SmilChr02G001648 Chr02 NC_080388.1:30576443-30576457promoter 内 2475-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 30577969-30585793(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTAAAGAACCGTTG
SmilChr02G005008 Chr02 NC_080388.1:71888514-71888528promoter 内 2467-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71890048-71893121(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTTATAAC
SmilChr04G000763 Chr04 NC_080390.1:9306013-9306027promoter 内 2435-2449 bp + 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9303211-9304461(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAAGACCA
SmilChr06G001927 Chr06 NC_080392.1:23421474-23421488promoter 内 2397-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 23414479-23419884(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTTTAAT
SmilChr01G003525 Chr01 NC_080387.1:53876401-53876415promoter 内 2395-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53878007-53885531(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATCATT
SmilChr03G000066 Chr03 NC_080389.1:736681-736695promoter 内 2344-2358 bp + 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 734422-735038(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCATCACCG
SmilChr01G003467 Chr01 NC_080387.1:53230922-53230936promoter 内 2187-2201 bp - 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53232736-53233425(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATCATT
SmilChr01G000695 Chr01 NC_080387.1:15588345-15588359promoter 内 2032-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 15590314-15592030(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGGAAGCAACCGTTG
SmilChr01G005228 Chr01 NC_080387.1:69816238-69816252promoter 内 1968-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 69818271-69819493(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTGATAT
SmilChr08G003157 Chr08 NC_080394.1:32124312-32124326promoter 内 1966-1980 bp + 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 32126347-32129025(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATGATTAACCGTTG
SmilChr08G004670 Chr08 NC_080394.1:56201212-56201226promoter 内 1942-1956 bp + 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56195573-56199167(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCATAAGCT
SmilChr08G003594 Chr08 NC_080394.1:38838355-38838369promoter 内 1905-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38834893-38836273(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAACTGGAACCGTTG
SmilChr04G003384 Chr04 NC_080390.1:50388113-50388127promoter 内 1742-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50380709-50385868(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGGAAATA
SmilChr07G004540 Chr07 NC_080393.1:58057752-58057766promoter 内 1698-1712 bp - 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 58054939-58055463(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAAAATAAACCGTTG
SmilChr08G004397 Chr08 NC_080394.1:53685499-53685513promoter 内 1558-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53687942-53693671(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAAAGAAGACCGTTG
SmilChr01G002692 Chr01 NC_080387.1:45165898-45165912promoter 内 1449-1463 bp - 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 45162758-45163360(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCTTGTTACCGTTG
SmilChr01G003468 Chr01 NC_080387.1:53230922-53230936promoter 内 1428-1442 bp - 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53233495-53234247(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATCATT
SmilChr04G000265 Chr04 NC_080390.1:2414317-2414331promoter 内 1389-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2416929-2417676(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCTTATAACCGTTG
SmilChr07G000430 Chr07 NC_080393.1:3004268-3004282promoter 内 1351-1365 bp - 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2997062-3001632(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CATTGCTTACCGTTG
SmilChr07G003730 Chr07 NC_080393.1:45305100-45305114promoter 内 1296-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 45307805-45310101(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTATGACCT
SmilChr02G003091 Chr02 NC_080388.1:51779190-51779204promoter 内 1147-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51773436-51776350(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGAATAAC
SmilChr05G000326 Chr05 NC_080391.1:2442488-2442502promoter 内 1137-1151 bp - 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2436713-2439638(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CATTTTGGACCGTTA
SmilChr05G003559 Chr05 NC_080391.1:47523264-47523278promoter 内 1092-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47507998-47520369(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCATAACC