转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 43 / 126 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005264 Chr02 NC_080388.1:73740959-73740979promoter 内 1596-1616 bp + 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 73734651-73738574(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGATTAAAGGAGGAG
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35040662-35040682promoter 内 1555-1575 bp + 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 35032507-35038236(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAACGAAGTGACAA
SmilChr02G003536 Chr02 NC_080388.1:56505336-56505356promoter 内 1331-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 56508006-56515167(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGACAAGACAGAGAG
SmilChr01G005963 Chr01 NC_080387.1:75354609-75354629promoter 内 1176-1196 bp - 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 75357434-75360410(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGAAACGAACAAAT
SmilChr03G000573 Chr03 NC_080389.1:6236135-6236155promoter 内 1175-1195 bp + 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 6232208-6233329(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGAAGGAGAAAAAAAAA
SmilChr02G003152 Chr02 NC_080388.1:52549972-52549992promoter 内 812-832 bp - 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 52553161-52553772(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGGAGGATGGAGAGT
SmilChr01G002935 Chr01 NC_080387.1:48112319-48112339promoter 内 808-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 48106910-48109146(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATTACTCTTTATTCACTTTTT
SmilChr02G000934 Chr02 NC_080388.1:16264264-16264284promoter 内 782-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 16267483-16270555(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAAACAAAAAAACTG
SmilChr01G003234 Chr01 NC_080387.1:51103032-51103052promoter 内 610-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 51098630-51099661(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATCCATTTCCCTTTACTTTTC
SmilChr01G001960 Chr01 NC_080387.1:34863214-34863234promoter 内 224-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 34853780-34859457(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAACGAAGTGACAA
SmilChr01G004355 Chr01 NC_080387.1:61725531-61725551promoter 内 53-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 61729479-61746900(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAGATAGAAATAAA
SmilChr01G000567 Chr01 NC_080387.1:11742460-11742480promoter 内 3977-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11739553-11742456(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTAAAAAAAGTCGCG
SmilChr01G002760 Chr01 NC_080387.1:46001488-46001508promoter 内 3742-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 46001747-46006775(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTCTTTTTTTCTTTCT
SmilChr01G004215 Chr01 NC_080387.1:60549982-60550002promoter 内 3626-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 60550357-60556955(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAGTTTTCTTTTTACTTTTG
SmilChr02G004786 Chr02 NC_080388.1:70021609-70021629promoter 内 3593-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 70022017-70025989(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTCTTTCTTCTTTTA
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10471236-10471256promoter 内 3593-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 10469068-10470848(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAACAAAGGTAGCAA
SmilChr01G004658 Chr01 NC_080387.1:64668068-64668088promoter 内 3576-3596 bp - 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 64666724-64667663(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTATCTATTTTTACTTTTC
SmilChr01G005687 Chr01 NC_080387.1:73164200-73164220promoter 内 3568-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 73164633-73167822(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGATGACAAAAAAAAAA
SmilChr02G003972 Chr02 NC_080388.1:61899012-61899032promoter 内 3551-3571 bp + 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61899462-61904948(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTGGTGTTCTTTTTACTTTTT
SmilChr03G000349 Chr03 NC_080389.1:3921478-3921498promoter 内 3293-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 3919408-3920790(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAAACACAAAA
SmilChr02G004464 Chr02 NC_080388.1:67057719-67057739promoter 内 3245-3265 bp + 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67058475-67063551(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTATATCTTTTTTTACTTTTC
SmilChr01G004295 Chr01 NC_080387.1:61147339-61147359promoter 内 3231-3251 bp + 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61142915-61146589(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAAGAGAGAGAAAGT
SmilChr01G000259 Chr01 NC_080387.1:4968218-4968238promoter 内 3212-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4969007-4969875(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGAAGAGAAAAAAAAAA
SmilChr02G000376 Chr02 NC_080388.1:4751630-4751650promoter 内 3133-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4752498-4755998(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAGCTAAAAGGAA
SmilChr02G000873 Chr02 NC_080388.1:15057534-15057554promoter 内 3096-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15058439-15063644(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATGCTTATTGTTTTACTTTTT
SmilChr02G000231 Chr02 NC_080388.1:2989180-2989200promoter 内 3095-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 2987045-2988294(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAAAGTAGAAATAAAAAAAA
SmilChr02G000074 Chr02 NC_080388.1:949722-949742promoter 内 3031-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 945915-948772(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ACTTTCTCTCTCTTACTTTAT
SmilChr01G004319 Chr01 NC_080387.1:61366388-61366408promoter 内 2963-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61367426-61371693(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAATAAAAATAAAGG
SmilChr02G001181 Chr02 NC_080388.1:21702005-21702025promoter 内 2853-2873 bp - 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21703153-21705194(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGCATGAAAAGGTG
SmilChr01G002884 Chr01 NC_080387.1:47460944-47460964promoter 内 2635-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 47456887-47459598(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTCTTTTTCTTTCT
SmilChr02G003731 Chr02 NC_080388.1:58949936-58949956promoter 内 2200-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 58942849-58948155(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTTTCGTATTTTACTTTTC
SmilChr02G000171 Chr02 NC_080388.1:2192102-2192122promoter 内 2196-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 2189883-2190317(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTGTGTTTATTTTTACTTTTT
SmilChr02G004054 Chr02 NC_080388.1:62860821-62860841promoter 内 2151-2171 bp - 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62862671-62864748(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AGAAAGAAGAAAAAAAAAAAA
SmilChr01G001118 Chr01 NC_080387.1:22814145-22814165promoter 内 2080-2100 bp + 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 22811251-22812244(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GGAAAGTAAGAAAGAGGGGAG
SmilChr01G002547 Chr01 NC_080387.1:43561460-43561480promoter 内 1793-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 43563668-43565932(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAATAAAGGGTAAA
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