转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 44 / 123 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002431 Chr02 NC_080388.1:42323597-42323611promoter 内 2764-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 42316870-42322374(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGTGTTGACTTAGAT
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6301552-6301566promoter 内 2674-2688 bp - 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 6297501-6300239(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTGTTGACTTTATT
SmilChr01G001818 Chr01 NC_080387.1:33101746-33101760promoter 内 2581-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 33100189-33100340(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAGTAGTCAACGGG
SmilChr01G000689 Chr01 NC_080387.1:15419000-15419014promoter 内 2545-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 15420456-15425703(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTTTTGACTTGTTG
SmilChr01G001106 Chr01 NC_080387.1:22651625-22651639promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 22647103-22650059(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAGCGGTCAACGGC
SmilChr01G003679 Chr01 NC_080387.1:55206380-55206394promoter 内 2391-2405 bp - 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 55200909-55204784(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTGTTGACTCTGCC
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467295-49467309promoter 内 2228-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 49460707-49465536(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCATTGACTTTACA
SmilChr01G004646 Chr01 NC_080387.1:64520952-64520966promoter 内 2224-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 64517654-64519189(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCAAAAGTCAAAAGA
SmilChr01G005900 Chr01 NC_080387.1:74905478-74905492promoter 内 2027-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 74901583-74903518(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCATAGTCAACATT
SmilChr02G002911 Chr02 NC_080388.1:49409511-49409525promoter 内 1995-2009 bp - 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 49411517-49415442(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTCCAAGTCAACCAT
SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56107271-56107285promoter 内 1897-1911 bp + 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 56105110-56105181(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCATAGTCAACCCA
SmilChr02G004727 Chr02 NC_080388.1:69517721-69517735promoter 内 1895-1909 bp - 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 69512346-69515629(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCATTGACTTGTAC
SmilChr01G000338 Chr01 NC_080387.1:6928702-6928716promoter 内 1704-1718 bp - 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 6930999-6934624(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAAGGGTCAACGAG
SmilChr02G001170 Chr02 NC_080388.1:21513379-21513393promoter 内 1584-1598 bp + 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 21515796-21518855(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGAGTTGACTTGGTG
SmilChr02G002981 Chr02 NC_080388.1:50375474-50375488promoter 内 1525-1539 bp - 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 50370905-50373012(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGGTTGACTGTTGT
SmilChr01G002611 Chr01 NC_080387.1:44357413-44357427promoter 内 1409-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 44341189-44354835(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAAAAAGTCAAACTT
SmilChr02G001778 Chr02 NC_080388.1:32558354-32558368promoter 内 1345-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 32561010-32566063(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACGAAGTCAAAACC
SmilChr01G002017 Chr01 NC_080387.1:35748886-35748900promoter 内 1325-1339 bp - 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 35745559-35746224(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATTTTGACTTTTCA
SmilChr02G003562 Chr02 NC_080388.1:56797665-56797679promoter 内 1277-1291 bp - 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 56800389-56800970(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTAACAGTCAACGAG
SmilChr01G005273 Chr01 NC_080387.1:70157738-70157752promoter 内 988-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 70160751-70163867(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTCGAGGTCAACGGG
SmilChr01G000146 Chr01 NC_080387.1:2491919-2491933promoter 内 985-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 2494935-2498868(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCAAAGTCAAGAAC
SmilChr02G002879 Chr02 NC_080388.1:49050197-49050211promoter 内 946-960 bp + 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 49053252-49058102(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGGTTGACTGTTGT
SmilChr01G000138 Chr01 NC_080387.1:2328404-2328418promoter 内 937-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 2331468-2335218(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCAAAGTCAAGAAC
SmilChr02G004753 Chr02 NC_080388.1:69724306-69724320promoter 内 869-883 bp - 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 69727438-69727509(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCAAAGTCAACTTT
SmilChr01G004871 Chr01 NC_080387.1:66834209-66834223promoter 内 804-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 66828607-66831026(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCGTTGACTCGGTT
SmilChr02G004754 Chr02 NC_080388.1:69724306-69724320promoter 内 679-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 69727628-69728425(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCAAAGTCAACTTT
SmilChr02G004575 Chr02 NC_080388.1:68247562-68247576promoter 内 526-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 68251037-68253803(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGTTTTGACTTAGCC
SmilChr02G001510 Chr02 NC_080388.1:28110059-28110073promoter 内 403-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 28113657-28117648(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATGCAGGTCAACGAG
SmilChr01G005681 Chr01 NC_080387.1:73082189-73082203promoter 内 389-403 bp + 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 73074860-73078591(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCCCAAGTCAAGGAA
SmilChr01G004329 Chr01 NC_080387.1:61440868-61440882promoter 内 201-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 61433689-61437082(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCTAAGTCAAAACC
SmilChr02G004794 Chr02 NC_080388.1:70149379-70149393promoter 内 151-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 70142479-70145543(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CATGTTGACTTGTAT
SmilChr01G003382 Chr01 NC_080387.1:52508307-52508321promoter 内 67-81 bp + 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 52512241-52516320(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGTTTTGACTTAGCC
SmilChr01G000747 Chr01 NC_080387.1:16551260-16551274promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16551282-16555327(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACTATTGACTTTTTT
SmilChr02G004563 Chr02 NC_080388.1:68144886-68144900promoter 内 3967-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 68144920-68148537(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCAAAAGTCAAAAGA
SmilChr01G002259 Chr01 NC_080387.1:39383246-39383260promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39380525-39383187(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCAAAAGTCAAGCTT
SmilChr02G004338 Chr02 NC_080388.1:65630239-65630253promoter 内 3888-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 65619917-65630140(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGAGTTGACTTTTAA
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SmilChr01G004641 Chr01 NC_080387.1:64447520-64447534promoter 内 3160-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64448361-64453072(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CATGTTGACTTGTAT