转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 44 / 121 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001169 Chr05 NC_080391.1:9797276-9797290promoter 内 2712-2726 bp - 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 9798565-9802629(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAATTTC
SmilChr03G004726 Chr03 NC_080389.1:64452837-64452851promoter 内 2390-2404 bp - 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 64448037-64451240(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTTTGGATCTGAG
SmilChr04G004007 Chr04 NC_080390.1:55405746-55405760promoter 内 1608-1622 bp - 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 55408139-55409734(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCGGATTC
SmilChr05G001167 Chr05 NC_080391.1:9797276-9797290promoter 内 1379-1393 bp - 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 9793050-9794668(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATTAGATCTAAA
SmilChr01G004565 Chr01 NC_080387.1:63725630-63725644promoter 内 1206-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 63722107-63722849(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGCCACC
SmilChr03G004728 Chr03 NC_080389.1:64452837-64452851promoter 内 1009-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 64455829-64458642(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAAAAAA
SmilChr01G005749 Chr01 NC_080387.1:73564802-73564816promoter 内 517-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 73568286-73572523(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTCCTAGATCTGGA
SmilChr02G003719 Chr02 NC_080388.1:58804455-58804469promoter 内 427-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 58808029-58810717(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCACC
SmilChr04G002940 Chr04 NC_080390.1:45643520-45643534promoter 内 170-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 45633190-45639703(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGTCCG
SmilChr04G000130 Chr04 NC_080390.1:1115128-1115142promoter 内 3431-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 1111619-1114572(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCTG
SmilChr01G005419 Chr01 NC_080387.1:71396315-71396329promoter 内 3371-3385 bp - 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 71396945-71399306(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCTG
SmilChr05G000140 Chr05 NC_080391.1:1129563-1129577promoter 内 3368-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 1124627-1128944(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAAGAT
SmilChr01G001469 Chr01 NC_080387.1:28477688-28477702promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 28471739-28477061(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTGTAGATCTGAG
SmilChr04G000780 Chr04 NC_080390.1:9554196-9554210promoter 内 3295-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 9554902-9556651(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATTTT
SmilChr01G001504 Chr01 NC_080387.1:28880410-28880424promoter 内 3195-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 28876833-28879618(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGCATCT
SmilChr01G001578 Chr01 NC_080387.1:29808044-29808058promoter 内 2902-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 29805559-29806959(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGACACC
SmilChr01G000845 Chr01 NC_080387.1:18296177-18296191promoter 内 2876-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 18297302-18299187(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGCGCC
SmilChr01G004400 Chr01 NC_080387.1:62130072-62130086promoter 内 2825-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 62127717-62128910(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAAGAGATCTGAG
SmilChr03G004339 Chr03 NC_080389.1:61712694-61712708promoter 内 2791-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 61707763-61711498(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCCAGATCTGCC
SmilChr03G002661 Chr03 NC_080389.1:42270729-42270743promoter 内 2755-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 42265706-42269497(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGGCATT
SmilChr02G003372 Chr02 NC_080388.1:54850385-54850399promoter 内 2550-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 54851836-54853897(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTCCT
SmilChr04G002122 Chr04 NC_080390.1:34243021-34243035promoter 内 2397-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 34244625-34244697(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGTTCCC
SmilChr04G004130 Chr04 NC_080390.1:56127374-56127388promoter 内 2110-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 56129265-56131941(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGGCATT
SmilChr01G000143 Chr01 NC_080387.1:2428221-2428235promoter 内 2068-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 2425303-2426302(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGGGTTT
SmilChr01G001505 Chr01 NC_080387.1:28880410-28880424promoter 内 2002-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 28882409-28888793(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATGCAGATCTGTC
SmilChr04G002123 Chr04 NC_080390.1:34243021-34243035promoter 内 1788-1802 bp - 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 34245234-34247244(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGTTCCC
SmilChr03G004475 Chr03 NC_080389.1:62867523-62867537promoter 内 1431-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 62860215-62864967(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTGTAGATCTGAT
SmilChr03G002204 Chr03 NC_080389.1:34685977-34685991promoter 内 872-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 34689106-34692549(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATATAGATCTGCA
SmilChr04G003499 Chr04 NC_080390.1:51407403-51407417promoter 内 770-784 bp + 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 51410634-51412683(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGGCAGATCTGGT
SmilChr04G000304 Chr04 NC_080390.1:2812274-2812288promoter 内 745-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 2804899-2809032(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTATCAGATCTGAC
SmilChr01G004112 Chr01 NC_080387.1:59639347-59639361promoter 内 598-612 bp + 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 59633189-59635958(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGCGCC
SmilChr02G000058 Chr02 NC_080388.1:747029-747043promoter 内 488-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 750542-752749(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATGCCAGATCTGCA
SmilChr01G004401 Chr01 NC_080387.1:62130072-62130086promoter 内 449-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 62133624-62135549(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCTTTCT
SmilChr03G002798 Chr03 NC_080389.1:44477641-44477655promoter 内 343-357 bp + 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 44481299-44481996(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATGCCAGATCTGCA
SmilChr04G002574 Chr04 NC_080390.1:41052801-41052815promoter 内 290-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 41048598-41049104(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTCAGATCTGTT
SmilChr05G000944 Chr05 NC_080391.1:7631926-7631940promoter 内 179-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 7635748-7640339(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATGCCAGATCTGCA
SmilChr01G001546 Chr01 NC_080387.1:29451273-29451287promoter 内 41-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 29455233-29455428(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGTCAGATCTGCA
SmilChr02G004707 Chr02 NC_080388.1:69355928-69355942promoter 内 3972-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69353201-69355913(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTAGAGTA
SmilChr01G001244 Chr01 NC_080387.1:24938196-24938210promoter 内 3939-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 24935348-24938148(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGCTGC
SmilChr03G004354 Chr03 NC_080389.1:61771060-61771074promoter 内 3935-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 61769014-61771008(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTACAACA
SmilChr02G002584 Chr02 NC_080388.1:44910741-44910755promoter 内 3829-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 44910913-44911431(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTGGGATCTGAA
SmilChr03G002891 Chr03 NC_080389.1:45597521-45597535promoter 内 3821-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45593903-45597355(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAAAGCT
SmilChr05G001106 Chr05 NC_080391.1:9179543-9179557promoter 内 3648-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9179896-9182932(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr03G003455 Chr03 NC_080389.1:52925291-52925305promoter 内 3632-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52920295-52924936(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCCCGATCTGAA
SmilChr01G001044 Chr01 NC_080387.1:21687377-21687391promoter 内 3555-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21684371-21686945(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGACCT
SmilChr04G003534 Chr04 NC_080390.1:51699076-51699090promoter 内 3435-3449 bp - 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51699642-51714902(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGACCT
SmilChr02G000457 Chr02 NC_080388.1:6100669-6100683promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6101279-6102811(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTGTAGATCTGAG
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SmilChr03G000791 Chr03 NC_080389.1:9014529-9014543promoter 内 3119-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9008587-9013661(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAAATG
SmilChr01G000053 Chr01 NC_080387.1:847729-847743promoter 内 3105-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 848625-850513(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCGAGATCTGGG