转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 44 / 131 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000443 Chr01 NC_080387.1:9003235-9003247promoter 内 765-777 bp + 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 8995181-9000011(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTTG
SmilChr03G000344 Chr03 NC_080389.1:3885914-3885926promoter 内 415-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 3889500-3892927(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAGTTGACTTAA
SmilChr02G000661 Chr02 NC_080388.1:10132168-10132180promoter 内 208-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 10115954-10128387(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAATAT
SmilChr01G005879 Chr01 NC_080387.1:74741489-74741501promoter 内 165-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 74736043-74737665(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CCAAGTCAACTAA
SmilChr03G001391 Chr03 NC_080389.1:16501466-16501478promoter 内 3979-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 16499300-16501456(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAAGTCAACTGT
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17380070-17380082promoter 内 3979-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 17377904-17380060(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAAGTCAACTGT
SmilChr01G000094 Chr01 NC_080387.1:1694285-1694297promoter 内 3798-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1684452-1694094(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAGTTGACTTGG
SmilChr02G002306 Chr02 NC_080388.1:40683743-40683755promoter 内 3499-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 40684245-40687671(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAAAGCT
SmilChr02G002481 Chr02 NC_080388.1:43205999-43206011promoter 内 3200-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 43206800-43209621(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTATT
SmilChr01G001319 Chr01 NC_080387.1:26220011-26220023promoter 内 3035-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 26216407-26219057(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAATGGT
SmilChr02G002431 Chr02 NC_080388.1:42323599-42323611promoter 内 2764-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 42316870-42322374(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGTGTTGACTTAG
SmilChr02G001628 Chr02 NC_080388.1:30234112-30234124promoter 内 2449-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 30235664-30237252(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATGA
SmilChr02G003463 Chr02 NC_080388.1:55921012-55921024promoter 内 2415-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 55922598-55931701(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCATTTGACTTTT
SmilChr02G000596 Chr02 NC_080388.1:8603509-8603521promoter 内 2364-2376 bp + 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 8605146-8607318(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATGA
SmilChr02G000065 Chr02 NC_080388.1:856371-856383promoter 内 2307-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 852972-854689(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGAAGTCAACAAT
SmilChr01G003146 Chr01 NC_080387.1:50282656-50282668promoter 内 2155-2167 bp - 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 50280144-50280822(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAACAC
SmilChr02G002280 Chr02 NC_080388.1:40289847-40289859promoter 内 2021-2033 bp + 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 40286620-40287879(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATCATTGACTTTG
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67468212-67468224promoter 内 1770-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 67470443-67473691(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTGTTTGACTTTT
SmilChr02G000125 Chr02 NC_080388.1:1702636-1702648promoter 内 1351-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1705286-1708522(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAATAT
SmilChr01G001642 Chr01 NC_080387.1:30455160-30455172promoter 内 1347-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 30457814-30464973(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCATTTGACTTTT
SmilChr01G000272 Chr01 NC_080387.1:5411304-5411316promoter 内 1098-1110 bp + 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 5414207-5415073(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GATGGTCAACGAC
SmilChr03G001517 Chr03 NC_080389.1:18592987-18592999promoter 内 794-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 18596194-18596810(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAAGTCAACTGC
SmilChr01G003829 Chr01 NC_080387.1:56628490-56628502promoter 内 733-745 bp - 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 56631758-56633259(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGAGTTGACTTCA
SmilChr01G001820 Chr01 NC_080387.1:33139675-33139687promoter 内 324-336 bp + 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 33133079-33136010(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACCATTGACTTTC
SmilChr02G001149 Chr02 NC_080388.1:20914998-20915010promoter 内 130-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 20918869-20924304(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGAAGTCAACCTA
SmilChr02G002493 Chr02 NC_080388.1:43370956-43370968promoter 内 3972-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 43367254-43370939(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAGTTGACTTCA
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10470911-10470923promoter 内 3926-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10469068-10470848(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGTGTTGACTTAG
SmilChr02G000725 Chr02 NC_080388.1:11785405-11785417promoter 内 3851-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11784668-11785267(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCCTTTGACTTAT
SmilChr02G003725 Chr02 NC_080388.1:58874139-58874151promoter 内 3753-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58874387-58885251(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTAC
SmilChr02G002093 Chr02 NC_080388.1:37562143-37562155promoter 内 3723-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37562421-37566383(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTGTTTGACTTTT
SmilChr01G005681 Chr01 NC_080387.1:73078957-73078969promoter 内 3623-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 73074860-73078591(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CTAAGTCAACTAG
SmilChr01G001792 Chr01 NC_080387.1:32782537-32782549promoter 内 3570-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32778863-32782118(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAGGTCAACGAC
SmilChr02G003848 Chr02 NC_080388.1:60218382-60218394promoter 内 3528-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 60218855-60219814(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGAGTTGACTTCA
SmilChr03G000214 Chr03 NC_080389.1:2500591-2500603promoter 内 3424-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2496980-2500026(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAGTTGACTTAA
SmilChr01G000578 Chr01 NC_080387.1:12098645-12098657promoter 内 3414-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 12099232-12911775(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTGTTTGACTTTT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67114652-67114664promoter 内 3392-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 67115261-67119955(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTGTTTGACTTTT
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