转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 45 / 137 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005873 Chr01 NC_080387.1:74680293-74680303promoter 内 2044-2054 bp - 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 74682250-74684486(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGAT
SmilChr01G002763 Chr01 NC_080387.1:46030826-46030836promoter 内 1940-1950 bp + 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 46032887-46037175(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTC
SmilChr01G003019 Chr01 NC_080387.1:49212412-49212422promoter 内 1841-1851 bp - 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 49208276-49210262(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGTC
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29601457-29601467promoter 内 1762-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 29603696-29605036(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGTC
SmilChr02G001910 Chr02 NC_080388.1:34396985-34396995promoter 内 1749-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 34388363-34394743(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTC
SmilChr01G003742 Chr01 NC_080387.1:55731272-55731282promoter 内 1722-1732 bp - 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 55722434-55729003(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTC
SmilChr01G002691 Chr01 NC_080387.1:45144187-45144197promoter 内 1560-1570 bp - 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45146628-45150823(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGCT
SmilChr01G005872 Chr01 NC_080387.1:74680293-74680303promoter 内 1519-1529 bp - 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 74661592-74677821(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTC
SmilChr02G003733 Chr02 NC_080388.1:58971578-58971588promoter 内 1490-1500 bp - 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 58964002-58969077(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTG
SmilChr02G000904 Chr02 NC_080388.1:15602028-15602038promoter 内 1466-1476 bp + 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 15591795-15599503(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAAGTTGGG
SmilChr01G002036 Chr01 NC_080387.1:35995890-35995900promoter 内 1454-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 35998437-36001209(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGCT
SmilChr01G004247 Chr01 NC_080387.1:60774970-60774980promoter 内 1281-1291 bp - 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60777690-60778462(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGAT
SmilChr01G003073 Chr01 NC_080387.1:49571435-49571445promoter 内 1273-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 49574163-49579321(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTC
SmilChr01G005440 Chr01 NC_080387.1:71524234-71524244promoter 内 1202-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 71519011-71521445(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGGA
SmilChr01G000808 Chr01 NC_080387.1:17472120-17472130promoter 内 1128-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 17468334-17469257(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTC
SmilChr02G001927 Chr02 NC_080388.1:34680220-34680230promoter 内 1054-1064 bp - 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 34683167-34686374(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGCT
SmilChr01G005161 Chr01 NC_080387.1:69388160-69388170promoter 内 1051-1061 bp + 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 69381428-69385220(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAAGTTGTT
SmilChr03G001651 Chr03 NC_080389.1:21453978-21453988promoter 内 1039-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 21449896-21451026(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGAT
SmilChr01G004335 Chr01 NC_080387.1:62280581-62280591promoter 内 1020-1030 bp + 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 61471244-62277610(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAC
SmilChr01G003771 Chr01 NC_080387.1:56082411-56082421promoter 内 980-990 bp + 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56076342-56079400(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGCT
SmilChr03G000615 Chr03 NC_080389.1:6812235-6812245promoter 内 932-942 bp + 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6808133-6809176(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGTC
SmilChr03G000649 Chr03 NC_080389.1:7234092-7234102promoter 内 860-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 7229902-7230961(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAAGTTGTT
SmilChr02G003260 Chr02 NC_080388.1:53892528-53892538promoter 内 838-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53895691-53899274(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGTC
SmilChr01G001311 Chr01 NC_080387.1:26062707-26062717promoter 内 832-842 bp + 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 26065876-26072227(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTC
SmilChr01G001238 Chr01 NC_080387.1:24789230-24789240promoter 内 788-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 24792443-24794315(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAC
SmilChr02G004813 Chr02 NC_080388.1:70284468-70284478promoter 内 754-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 70287715-70289288(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGGA
SmilChr02G002933 Chr02 NC_080388.1:49835410-49835420promoter 内 674-684 bp + 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 49827147-49832093(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGAT
SmilChr01G002649 Chr01 NC_080387.1:44816284-44816294promoter 内 636-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 44812550-44812929(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAACTTGTC
SmilChr01G001111 Chr01 NC_080387.1:22731882-22731892promoter 内 613-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 22726595-22728504(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGTC
SmilChr03G000657 Chr03 NC_080389.1:7340816-7340826promoter 内 512-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 7336345-7337337(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAACTTGTC
SmilChr03G000105 Chr03 NC_080389.1:1168566-1168576promoter 内 509-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1172058-1175844(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGAT
SmilChr01G003764 Chr01 NC_080387.1:56023924-56023934promoter 内 500-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56027425-56028951(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTG
SmilChr02G004825 Chr02 NC_080388.1:70346622-70346632promoter 内 464-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 70350159-70369004(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGAT
SmilChr01G001545 Chr01 NC_080387.1:29445192-29445202promoter 内 459-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 29448734-29450543(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAC
SmilChr02G004824 Chr02 NC_080388.1:70346622-70346632promoter 内 379-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 70342030-70343010(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGTC
SmilChr03G001755 Chr03 NC_080389.1:23848307-23848317promoter 内 371-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 23851937-23852533(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGGA
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SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71214401-71214411promoter 内 903-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 71211241-71211313(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGCA