转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 45 / 126 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002330 Chr03 NC_080389.1:36662045-36662059promoter 内 3878-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 36662168-36662685(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CATGTCCACGTGGCA
SmilChr04G002895 Chr04 NC_080390.1:45177707-45177721promoter 内 3831-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 45174462-45177551(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCTCAG
SmilChr03G002833 Chr03 NC_080389.1:44854154-44854168promoter 内 3756-3770 bp + 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 44852793-44853923(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCCTCT
SmilChr06G000451 Chr06 NC_080392.1:3659438-3659452promoter 内 3745-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 3651918-3659196(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGTTCCGACGTGGCG
SmilChr08G002607 Chr08 NC_080394.1:25446812-25446826promoter 内 3217-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 25435501-25446042(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr07G003306 Chr07 NC_080393.1:35056538-35056552promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 35057512-35059042(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCATGTCA
SmilChr06G002947 Chr06 NC_080392.1:42272698-42272712promoter 内 2850-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 42273849-42273921(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTTGATCACGTGGCC
SmilChr03G002787 Chr03 NC_080389.1:44379601-44379615promoter 内 2489-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 44374577-44378103(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr08G003260 Chr08 NC_080394.1:33586701-33586715promoter 内 2203-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 33582202-33584917(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr01G004661 Chr01 NC_080387.1:64717129-64717143promoter 内 2189-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 64718941-64721423(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr05G002697 Chr05 NC_080391.1:30908886-30908900promoter 内 2038-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 30910849-30913364(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCCTTC
SmilChr04G004174 Chr04 NC_080390.1:56362620-56362634promoter 内 1979-1993 bp - 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56358324-56360612(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGTGGTTACGTGGCG
SmilChr04G003703 Chr04 NC_080390.1:53368556-53368570promoter 内 1923-1937 bp + 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 53370634-53372881(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGCGACACGTGTCA
SmilChr05G003666 Chr05 NC_080391.1:49570246-49570260promoter 内 1816-1830 bp - 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 49572431-49592701(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr06G002772 Chr06 NC_080392.1:40321406-40321420promoter 内 1741-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 40307238-40319160(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr02G000049 Chr02 NC_080388.1:651225-651239promoter 内 1462-1476 bp - 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 653764-653844(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGCGTCG
SmilChr02G000174 Chr02 NC_080388.1:2217377-2217391promoter 内 1461-1475 bp + 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 2214771-2214851(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGCGTCG
SmilChr02G002353 Chr02 NC_080388.1:41319508-41319522promoter 内 1439-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 41314921-41316960(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr04G002320 Chr04 NC_080390.1:37496387-37496401promoter 内 795-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 37490730-37493195(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr08G003053 Chr08 NC_080394.1:30694257-30694271promoter 内 449-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 30697809-30699968(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTCGCAA
SmilChr06G001529 Chr06 NC_080392.1:16537154-16537168promoter 内 445-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 16532992-16533612(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAAGGCCACGTGGAA
SmilChr01G000826 Chr01 NC_080387.1:17805252-17805266promoter 内 438-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 17795788-17801703(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37756053-37756067promoter 内 71-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 37759983-37770656(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr07G000185 Chr07 NC_080393.1:1176835-1176849promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1173516-1176794(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCAGACCT
SmilChr04G001995 Chr04 NC_080390.1:32247354-32247368promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 32247435-32248851(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCCACACGTGGCA
SmilChr01G005349 Chr01 NC_080387.1:70744231-70744245promoter 内 3883-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 70744349-70746037(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGAAACACGTGGCA
SmilChr05G002470 Chr05 NC_080391.1:27218268-27218282promoter 内 3838-3852 bp - 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 27218431-27222151(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCAGAATT
SmilChr01G004965 Chr01 NC_080387.1:67745512-67745526promoter 内 3823-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 67742964-67745348(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACAGCTGACGTGGCC
SmilChr04G000906 Chr04 NC_080390.1:11791865-11791879promoter 内 3805-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11789200-11791683(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCATCCGACGTGGCA
SmilChr01G005754 Chr01 NC_080387.1:73639845-73639859promoter 内 3546-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 73631093-73639404(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCTTAATT
SmilChr06G002210 Chr06 NC_080392.1:30856391-30856405promoter 内 3457-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30856935-30857470(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAACGAGACGTGGCC
SmilChr04G000211 Chr04 NC_080390.1:1874171-1874185promoter 内 3427-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1871736-1873611(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGACACGTGTTCCAT
SmilChr06G000340 Chr06 NC_080392.1:2553440-2553454promoter 内 3410-3424 bp - 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2554031-2554510(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTGAATT
SmilChr07G001842 Chr07 NC_080393.1:15880117-15880131promoter 内 3381-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15880737-15880808(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTTCCAC
SmilChr08G004017 Chr08 NC_080394.1:48584018-48584032promoter 内 3313-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 48576747-48583344(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GACACACACGTGGCA
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