转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 45 / 133 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001932 Chr04 NC_080390.1:31416263-31416271promoter 内 873-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 31419391-31438355(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G002465 Chr02 NC_080388.1:43006299-43006307promoter 内 871-879 bp + 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 43009429-43013088(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr01G003069 Chr01 NC_080387.1:49535576-49535584promoter 内 830-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 49531191-49532413(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr01G004308 Chr01 NC_080387.1:61271260-61271268promoter 内 829-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 61261478-61268096(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr01G002825 Chr01 NC_080387.1:46859193-46859201promoter 内 800-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 46850530-46856000(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G002401 Chr02 NC_080388.1:41891189-41891197promoter 内 784-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 41894406-41895602(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr04G002904 Chr04 NC_080390.1:45303327-45303335promoter 内 766-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 45306562-45311443(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr01G000896 Chr01 NC_080387.1:19004025-19004033promoter 内 762-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 19007264-19008454(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr01G003672 Chr01 NC_080387.1:55163717-55163725promoter 内 759-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 55155753-55160483(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr04G000932 Chr04 NC_080390.1:12163902-12163910promoter 内 711-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 12158815-12160620(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr03G000668 Chr03 NC_080389.1:7476226-7476234promoter 内 704-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 7479523-7482210(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr03G000624 Chr03 NC_080389.1:6926416-6926424promoter 内 700-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6929717-6930621(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G000099 Chr02 NC_080388.1:1276510-1276518promoter 内 693-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1279818-1284135(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr01G004185 Chr01 NC_080387.1:60281144-60281152promoter 内 684-692 bp + 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 60284461-60287505(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G000121 Chr02 NC_080388.1:1638786-1638794promoter 内 657-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1631201-1635450(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr03G000485 Chr03 NC_080389.1:5172041-5172049promoter 内 657-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 5175385-5177046(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr03G001992 Chr03 NC_080389.1:29340750-29340758promoter 内 645-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 29331425-29337402(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G004731 Chr02 NC_080388.1:69548402-69548410promoter 内 626-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 69551777-69558821(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64959852-64959860promoter 内 582-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64954210-64956441(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr01G004183 Chr01 NC_080387.1:60278257-60278265promoter 内 577-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 60274033-60274841(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr01G002591 Chr01 NC_080387.1:44023284-44023292promoter 内 573-581 bp + 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 44026712-44031417(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr03G003485 Chr03 NC_080389.1:53434518-53434526promoter 内 564-572 bp - 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 53425898-53431089(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr03G000484 Chr03 NC_080389.1:5170651-5170659promoter 内 554-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 5163205-5167212(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G004841 Chr02 NC_080388.1:70545264-70545272promoter 内 548-556 bp - 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 70536269-70541819(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr03G000619 Chr03 NC_080389.1:6821868-6821876promoter 内 539-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6817355-6818414(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr04G000725 Chr04 NC_080390.1:8515131-8515139promoter 内 524-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 8518608-8520353(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr01G004222 Chr01 NC_080387.1:60587028-60587036promoter 内 518-526 bp - 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 60582237-60583553(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr01G003316 Chr01 NC_080387.1:51888067-51888075promoter 内 481-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 51880672-51884555(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr01G002030 Chr01 NC_080387.1:35873438-35873446promoter 内 476-484 bp - 3517 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 35869139-35869921(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr04G000683 Chr04 NC_080390.1:7967099-7967107promoter 内 472-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 7959403-7963578(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39216338-39216346promoter 内 470-478 bp + 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 39211130-39212815(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G005324 Chr02 NC_080388.1:74112390-74112398promoter 内 434-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 74115957-74117456(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr01G000409 Chr01 NC_080387.1:8331625-8331633promoter 内 403-411 bp - 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 8335223-8340175(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr04G002142 Chr04 NC_080390.1:34446751-34446759promoter 内 390-398 bp + 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 34442117-34443148(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr03G003765 Chr03 NC_080389.1:56786616-56786624promoter 内 385-393 bp - 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 56790232-56794537(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr03G000682 Chr03 NC_080389.1:7630358-7630366promoter 内 376-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 7625512-7626741(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr04G000594 Chr04 NC_080390.1:6656063-6656071promoter 内 359-367 bp - 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6651202-6652429(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
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SmilChr04G000294 Chr04 NC_080390.1:2750625-2750633promoter 内 342-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2738606-2746974(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
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