转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 45 / 134 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64382542-64382554promoter 内 2045-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 64377780-64380598(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAACA
SmilChr01G003370 Chr01 NC_080387.1:52425969-52425981promoter 内 1969-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 52428001-52432420(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATAAAGTCAAAA
SmilChr01G003170 Chr01 NC_080387.1:50506562-50506574promoter 内 1321-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 50497360-50503894(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAATAGTCAAAG
SmilChr02G004846 Chr02 NC_080388.1:70601666-70601678promoter 内 1182-1194 bp + 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 70604485-70608280(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTTAC
SmilChr03G000346 Chr03 NC_080389.1:3898644-3898656promoter 内 1049-1061 bp + 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 3901596-3902226(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTGTT
SmilChr02G000817 Chr02 NC_080388.1:13656165-13656177promoter 内 619-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 13659547-13666006(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AACAAAGTCAAAT
SmilChr02G004195 Chr02 NC_080388.1:64285250-64285262promoter 内 402-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 64288849-64296311(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGTTGACTTCTGC
SmilChr03G001405 Chr03 NC_080389.1:16641799-16641811promoter 内 282-294 bp - 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 16634872-16638092(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTGTT
SmilChr01G004809 Chr01 NC_080387.1:66295225-66295237promoter 内 3886-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 66295340-66297444(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATAAAGTCAACA
SmilChr01G006146 Chr01 NC_080387.1:76948704-76948716promoter 内 3813-3825 bp + 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 76947294-76948528(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAAAGTCAATA
SmilChr03G001080 Chr03 NC_080389.1:12502381-12502393promoter 内 3796-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 12498885-12502188(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAAAGTCAATA
SmilChr03G001081 Chr03 NC_080389.1:12508411-12508423promoter 内 3796-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 12504915-12508218(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAAAGTCAATA
SmilChr01G004840 Chr01 NC_080387.1:66534490-66534502promoter 内 3756-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 66534735-66537276(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTATTGT
SmilChr01G001547 Chr01 NC_080387.1:29457171-29457183promoter 内 3755-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 29455509-29456937(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCGAAAGTCAAAC
SmilChr01G005839 Chr01 NC_080387.1:74394374-74394386promoter 内 3730-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 74392759-74394115(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTAAAGTCAAAG
SmilChr03G000112 Chr03 NC_080389.1:1254925-1254937promoter 内 3704-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1241646-1254640(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAATT
SmilChr02G000728 Chr02 NC_080388.1:11828957-11828969promoter 内 3626-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 11829332-11830760(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATTGACTTTTTT
SmilChr02G003148 Chr02 NC_080388.1:52507120-52507132promoter 内 3512-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 52505293-52506643(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGTTGACTTTGAG
SmilChr02G005573 Chr02 NC_080388.1:75608370-75608382promoter 内 3498-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 75605921-75607879(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGAAAGTCAAGA
SmilChr02G005481 Chr02 NC_080388.1:75025776-75025788promoter 内 3269-3281 bp - 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 75023016-75025056(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTGTT
SmilChr01G005083 Chr01 NC_080387.1:68708861-68708873promoter 内 3155-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 68709707-68710950(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAAAGTCAATA
SmilChr02G005485 Chr02 NC_080388.1:75046569-75046581promoter 内 3115-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 75044541-75045695(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTGTTT
SmilChr02G004878 Chr02 NC_080388.1:70869239-70869251promoter 内 2876-2888 bp + 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 70870364-70874927(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTTGACTTTGAC
SmilChr03G000229 Chr03 NC_080389.1:2724148-2724160promoter 内 2873-2885 bp - 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 2725276-2727534(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AACAAAGTCAAAT
SmilChr01G001160 Chr01 NC_080387.1:23563699-23563711promoter 内 2693-2705 bp + 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 23565007-23582155(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTGTTT
SmilChr01G001597 Chr01 NC_080387.1:30103288-30103300promoter 内 2677-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 30104612-30107131(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTGTT
SmilChr02G004120 Chr02 NC_080388.1:63477582-63477594promoter 内 2449-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 63479134-63483294(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTTGTT
SmilChr02G003847 Chr02 NC_080388.1:60220179-60220191promoter 内 2242-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 60217041-60218432(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTATTT
SmilChr01G000659 Chr01 NC_080387.1:14694354-14694366promoter 内 1952-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 14696403-14698547(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTGTT
SmilChr02G005486 Chr02 NC_080388.1:75046569-75046581promoter 内 1834-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 75048736-75053767(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAACAAGTCAAAG
SmilChr01G000132 Chr01 NC_080387.1:2220535-2220547promoter 内 1600-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 2216359-2218146(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTATTT
SmilChr02G003859 Chr02 NC_080388.1:60396534-60396546promoter 内 1520-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 60390848-60394065(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAATAAGTCAAAG
SmilChr01G001393 Chr01 NC_080387.1:27426388-27426400promoter 内 1116-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 27429273-27430251(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTTAGA
SmilChr01G003271 Chr01 NC_080387.1:51420303-51420315promoter 内 1081-1093 bp - 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 51423223-51427377(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAATAAGTCAAAG
SmilChr03G000228 Chr03 NC_080389.1:2724148-2724160promoter 内 1069-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 2719788-2721228(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTGTT
SmilChr02G004707 Chr02 NC_080388.1:69358911-69358923promoter 内 991-1003 bp - 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 69353201-69355913(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTATTGT
SmilChr02G004709 Chr02 NC_080388.1:69359214-69359226promoter 内 974-986 bp - 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 69362241-69363486(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACAATAGTCAAAG
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