转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 46 / 128 下载 TSV

上一页 46 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000316 Chr02 NC_080388.1:3981432-3981446promoter 内 2520-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3982913-3984679(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGCG
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3679629-3679643promoter 内 2043-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3676633-3677685(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGCG
SmilChr05G003938 Chr05 NC_080391.1:53154156-53154170promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 53151900-53151971(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGGCGA
SmilChr03G001540 Chr03 NC_080389.1:19310660-19310674promoter 内 1578-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 19307128-19308251(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCACCACCGCCT
SmilChr03G000378 Chr03 NC_080389.1:4227200-4227214promoter 内 1421-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 4229780-4233095(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGACGA
SmilChr06G002744 Chr06 NC_080392.1:39848401-39848415promoter 内 1283-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 39842685-39845697(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCT
SmilChr04G000674 Chr04 NC_080390.1:7648517-7648531promoter 内 735-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 7651783-7655599(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCACCACCGCCT
SmilChr02G000317 Chr02 NC_080388.1:3981432-3981446promoter 内 463-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3984970-3986986(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGCG
SmilChr05G001726 Chr05 NC_080391.1:16606066-16606080promoter 内 93-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 16609974-16612520(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGAGA
SmilChr06G001687 Chr06 NC_080392.1:19201612-19201626promoter 内 3973-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 19201640-19204234(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCACCACCGCCT
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52391760-52391774promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCAACCACCGCCA
SmilChr05G000691 Chr05 NC_080391.1:5231355-5231369promoter 内 3911-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5231445-5234476(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGAGGCGG
SmilChr06G000605 Chr06 NC_080392.1:5237371-5237385promoter 内 3525-3539 bp + 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5232307-5236909(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr08G000980 Chr08 NC_080394.1:7353149-7353163promoter 内 3434-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7349676-7352596(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGACGAGG
SmilChr04G003127 Chr04 NC_080390.1:47880885-47880899promoter 内 3142-3156 bp + 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47881744-47883044(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACAACCACCGCCT
SmilChr05G003843 Chr05 NC_080391.1:51866758-51866772promoter 内 3135-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51864212-51865906(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGCCGT
SmilChr07G003987 Chr07 NC_080393.1:50912331-50912345promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 50913277-50920626(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTCACCACCGCCT
SmilChr01G005438 Chr01 NC_080387.1:71514977-71514991promoter 内 2937-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 71509433-71513927(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGAGGCGG
SmilChr01G003202 Chr01 NC_080387.1:50798400-50798414promoter 内 2893-2907 bp + 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 50795387-50797306(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGTCGGCGG
SmilChr03G000045 Chr03 NC_080389.1:498571-498585promoter 内 2548-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 493017-497132(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGGGA
SmilChr03G004304 Chr03 NC_080389.1:61399511-61399525promoter 内 2467-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 61401045-61403557(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr04G003975 Chr04 NC_080390.1:55224600-55224614promoter 内 2410-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55221383-55223023(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGACGC
SmilChr02G003448 Chr02 NC_080388.1:55727182-55727196promoter 内 2273-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55722680-55725468(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCAGCCACCGCCG
SmilChr06G001930 Chr06 NC_080392.1:23504824-23504838promoter 内 2250-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 23506575-23507334(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACTGCCACCGCCA
SmilChr04G001509 Chr04 NC_080390.1:24854542-24854556promoter 内 2242-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24848321-24852797(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTTGTGG
SmilChr02G004265 Chr02 NC_080388.1:64860973-64860987promoter 内 2235-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64847257-64859221(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCTCGCCACCGCCG
SmilChr04G001707 Chr04 NC_080390.1:28200448-28200462promoter 内 2197-2211 bp - 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28202252-28203307(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGAAGG
SmilChr04G003397 Chr04 NC_080390.1:50508303-50508317promoter 内 2149-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 50510155-50510932(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCTCCACCGCTA
SmilChr02G000329 Chr02 NC_080388.1:4205021-4205035promoter 内 1636-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4201138-4202670(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCACCACCGCCA
SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4213009-4213023promoter 内 1636-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4209441-4210658(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCACCACCGCCA
SmilChr07G002237 Chr07 NC_080393.1:20562115-20562129promoter 内 1620-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 20558742-20559748(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGCCGT
SmilChr05G001336 Chr05 NC_080391.1:11759255-11759269promoter 内 1505-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 11761751-11762999(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCACTGG
SmilChr01G001846 Chr01 NC_080387.1:33412529-33412543promoter 内 1415-1429 bp + 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 33415115-33415759(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAACACCACCGCCA
SmilChr02G000348 Chr02 NC_080388.1:4515120-4515134promoter 内 1293-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4517828-4518880(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGCG
SmilChr08G001006 Chr08 NC_080394.1:7566244-7566258promoter 内 1263-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7568982-7571349(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCGCCACCGCCC
SmilChr01G005683 Chr01 NC_080387.1:73099761-73099775promoter 内 1219-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 73096556-73096993(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCTGCCACCGCCG
SmilChr02G003449 Chr02 NC_080388.1:55727182-55727196promoter 内 1161-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55730022-55732077(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGCAG
SmilChr02G003209 Chr02 NC_080388.1:53257588-53257602promoter 内 1021-1035 bp + 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53260568-53261383(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCTGCCACCGCCG
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SmilChr01G000124 Chr01 NC_080387.1:2069926-2069940promoter 内 763-777 bp + 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2062576-2066702(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCGGTAG
SmilChr02G000308 Chr02 NC_080388.1:3883146-3883160promoter 内 632-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 3886515-3887161(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGCG
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SmilChr06G000607 Chr06 NC_080392.1:5237371-5237385promoter 内 496-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5240876-5246201(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCT
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SmilChr02G000331 Chr02 NC_080388.1:4213009-4213023promoter 内 295-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4207634-4209317(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCACCACCGCCA
SmilChr01G003203 Chr01 NC_080387.1:50798400-50798414promoter 内 159-173 bp + 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 50802242-50806113(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGACACCGCCT
SmilChr01G005583 Chr01 NC_080387.1:72532245-72532259promoter 内 128-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 72527807-72528386(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCAGCCACCGCCA
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SmilChr03G001764 Chr03 NC_080389.1:24072520-24072534promoter 内 2-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24065719-24068535(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCACTCCACCGCCT