转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 47 / 147 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001158 Chr04 NC_080390.1:17138548-17138561promoter 内 2253-2266 bp - 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 17140296-17140640(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAATTAGTCAACCC
SmilChr04G000483 Chr04 NC_080390.1:5228285-5228298promoter 内 1886-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 5220556-5226183(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTGCTAG
SmilChr02G005581 Chr02 NC_080388.1:75645025-75645038promoter 内 1837-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 75637200-75642874(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGATAAGTCAACAG
SmilChr01G003344 Chr01 NC_080387.1:52219839-52219852promoter 内 1297-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 52214949-52217148(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTTGCA
SmilChr02G000779 Chr02 NC_080388.1:12768097-12768110promoter 内 1167-1180 bp - 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 12764242-12765276(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTGATAT
SmilChr04G002572 Chr04 NC_080390.1:41038430-41038443promoter 内 1059-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 41034997-41035501(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGCGGAGTCAACGC
SmilChr01G001918 Chr01 NC_080387.1:34326684-34326697promoter 内 763-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 34317381-34323459(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATTGACTTTTAC
SmilChr01G006042 Chr01 NC_080387.1:75947798-75947811promoter 内 757-770 bp + 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 75951042-75951501(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACCATAAA
SmilChr02G002278 Chr02 NC_080388.1:40265218-40265231promoter 内 752-765 bp - 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 40268467-40269588(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGAAAGTCAAAGC
SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8077550-8077563promoter 内 719-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 8068297-8074281(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTGTTG
SmilChr01G001874 Chr01 NC_080387.1:33769914-33769927promoter 内 634-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 33760644-33766560(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATTGACTTTTAC
SmilChr03G003556 Chr03 NC_080389.1:54214214-54214227promoter 内 616-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 54208083-54210842(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAAGAGTCAACAG
SmilChr01G006041 Chr01 NC_080387.1:75947798-75947811promoter 内 537-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 75941861-75944347(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTATGGTCAACGA
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16578085-16578098promoter 内 244-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 16581842-16589213(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTCCTCA
SmilChr03G004353 Chr03 NC_080389.1:61760999-61761012promoter 内 69-82 bp - 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 61764931-61771322(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATACAAGTCAACCC
SmilChr03G002269 Chr03 NC_080389.1:35821222-35821235promoter 内 3983-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 35819285-35821217(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGCAGGTCAACGG
SmilChr03G003584 Chr03 NC_080389.1:54478055-54478068promoter 内 3909-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54476504-54477976(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTTTGACTTTGAG
SmilChr03G003761 Chr03 NC_080389.1:56747617-56747630promoter 内 3868-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56743824-56747497(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTTTGAT
SmilChr03G004598 Chr03 NC_080389.1:63783365-63783378promoter 内 3816-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63781553-63783193(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAACAAGTCAACAA
SmilChr03G002656 Chr03 NC_080389.1:42237058-42237071promoter 内 3797-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42237262-42237342(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAACCT
SmilChr03G004141 Chr03 NC_080389.1:60245843-60245856promoter 内 3644-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60243987-60245499(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTAACGGTCAACGT
SmilChr01G004577 Chr01 NC_080387.1:63812047-63812060promoter 内 3639-3652 bp - 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63806068-63811698(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTATTAC
SmilChr03G003851 Chr03 NC_080389.1:57633348-57633361promoter 内 3629-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 57633720-57637407(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGGGAGTCAACGC
SmilChr03G000463 Chr03 NC_080389.1:4957622-4957635promoter 内 3587-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4952720-4957221(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTTCGA
SmilChr04G001621 Chr04 NC_080390.1:26968851-26968864promoter 内 3507-3520 bp - 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 26969345-26975215(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTAGGTCAACGA
SmilChr04G001835 Chr04 NC_080390.1:29914438-29914451promoter 内 3435-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 29905163-29913885(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCGTTAG
SmilChr02G000386 Chr02 NC_080388.1:4806745-4806758promoter 内 3418-3431 bp + 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4804307-4806175(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAACAAGTCAACAA
SmilChr03G004285 Chr03 NC_080389.1:61267154-61267167promoter 内 3338-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 61267817-61269613(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAATAGTCAACAA
SmilChr02G004687 Chr02 NC_080388.1:69193952-69193965promoter 内 3278-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69190049-69193242(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTATTA
SmilChr01G000332 Chr01 NC_080387.1:6770396-6770409promoter 内 3168-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6771229-6774681(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TACAAAGTCAAAGA
SmilChr04G001285 Chr04 NC_080390.1:20472731-20472744promoter 内 3126-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 20471139-20471869(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGAAAGTCAAAGA
SmilChr01G003660 Chr01 NC_080387.1:55026347-55026360promoter 内 3070-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55020547-55025429(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTAAGTCAACCC
SmilChr02G002121 Chr02 NC_080388.1:37965425-37965438promoter 内 3059-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 37962620-37964496(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCATTGACTTTTCC
SmilChr02G004741 Chr02 NC_080388.1:69628493-69628506promoter 内 3043-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69629451-69631396(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCATAGTCAACCA
SmilChr01G000089 Chr01 NC_080387.1:1641341-1641354promoter 内 2930-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1638153-1640283(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTATTA
SmilChr03G002962 Chr03 NC_080389.1:46387119-46387132promoter 内 2877-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 46385171-46386008(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTCAGGGTCAACGA
SmilChr01G002691 Chr01 NC_080387.1:45145470-45145483promoter 内 2843-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45146628-45150823(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTTAGTC
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