转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 47 / 138 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002261 Chr03 NC_080389.1:35622551-35622564promoter 内 570-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 35615352-35619133(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAATTTT
SmilChr02G004385 Chr02 NC_080388.1:66197251-66197264promoter 内 480-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 66190295-66193743(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGGGACCTAACTAG
SmilChr01G001987 Chr01 NC_080387.1:35302962-35302975promoter 内 360-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 35294455-35299334(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAATTAGGTAAGA
SmilChr02G002781 Chr02 NC_080388.1:47899805-47899818promoter 内 318-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47903488-47904271(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTGTTAGGTGAAA
SmilChr01G003302 Chr01 NC_080387.1:51706828-51706841promoter 内 311-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 51701491-51703151(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATATTAGGTATAA
SmilChr01G004651 Chr01 NC_080387.1:64635421-64635434promoter 内 270-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 64629285-64631703(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGACCTAACTCA
SmilChr02G000928 Chr02 NC_080388.1:16141415-16141428promoter 内 250-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16145166-16147101(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAATATT
SmilChr02G001750 Chr02 NC_080388.1:32132971-32132984promoter 内 240-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 32127430-32129223(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTCGACCTAACCGA
SmilChr03G001087 Chr03 NC_080389.1:12580451-12580464promoter 内 227-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12574078-12576690(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAATACCTAACAAA
SmilChr02G004738 Chr02 NC_080388.1:69594332-69594345promoter 内 144-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 69587773-69590488(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCCCACCTAACCAC
SmilChr01G003604 Chr01 NC_080387.1:54587417-54587430promoter 内 103-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54580869-54583532(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGGTTAGGTGTGT
SmilChr02G005057 Chr02 NC_080388.1:72273844-72273857promoter 内 33-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 72277812-72279187(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGCACAT
SmilChr01G005381 Chr01 NC_080387.1:71041365-71041378promoter 内 2545-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 71042821-71045287(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTCACCTAACATC
SmilChr01G005610 Chr01 NC_080387.1:72646274-72646287promoter 内 1581-1594 bp - 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 72648694-72652315(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAGCACCTAACATT
SmilChr03G001138 Chr03 NC_080389.1:13099426-13099439promoter 内 3890-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 13099537-13103091(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAGGTTAGGTTCTA
SmilChr02G002212 Chr02 NC_080388.1:39368222-39368235promoter 内 1949-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 39370274-39370975(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATGTTAGGTTTAC
SmilChr02G002674 Chr02 NC_080388.1:46333159-46333172promoter 内 1659-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 46335501-46337831(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTGTTAGGTCTGT
SmilChr01G006046 Chr01 NC_080387.1:75961427-75961440promoter 内 666-679 bp - 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 75964762-75967661(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCTAACCTAACCAA
SmilChr02G004474 Chr02 NC_080388.1:67131996-67132009promoter 内 87-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 67135910-67138804(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGTTTGGTATAA
SmilChr01G005885 Chr01 NC_080387.1:74767144-74767157promoter 内 3905-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 74763545-74767061(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATATTAGGTAGAA
SmilChr01G004230 Chr01 NC_080387.1:60685045-60685058promoter 内 3843-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 60683153-60684900(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCCAACCTAACCGC
SmilChr02G000257 Chr02 NC_080388.1:3295647-3295660promoter 内 3774-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 3295874-3297706(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGGTAGGTATCT
SmilChr01G001801 Chr01 NC_080387.1:32922052-32922065promoter 内 3454-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 32922599-32927332(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGTTTGGTATAA
SmilChr01G004594 Chr01 NC_080387.1:63928269-63928282promoter 内 3108-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 63929162-63930851(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTGACCTAACACC
SmilChr01G004593 Chr01 NC_080387.1:63928269-63928282promoter 内 1813-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 63923355-63926094(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGTGTTAGGTCAAA
SmilChr02G003833 Chr02 NC_080388.1:59978391-59978404promoter 内 1425-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 59974151-59975828(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGTTTGGTATAA
SmilChr03G001479 Chr03 NC_080389.1:17790063-17790076promoter 内 1313-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 17784353-17787388(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCTAACCTAACCCA
SmilChr02G002678 Chr02 NC_080388.1:46346718-46346731promoter 内 1130-1143 bp + 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 46349589-46352170(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTGTTAGGTCTGT
SmilChr02G004342 Chr02 NC_080388.1:65674838-65674851promoter 内 3958-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 65674881-65678148(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTCTAC
SmilChr01G003621 Chr01 NC_080387.1:54768233-54768246promoter 内 3881-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 54765630-54768126(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTCAACCTAACAAT
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50813517-50813530promoter 内 3880-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 50811557-50813409(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGCAAAA
SmilChr03G001300 Chr03 NC_080389.1:15225451-15225464promoter 内 3352-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 15222696-15224815(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTTACCTAATTTG
SmilChr03G001301 Chr03 NC_080389.1:15225451-15225464promoter 内 3262-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 15226190-15228415(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAATTAGGTAAAG
SmilChr02G003475 Chr02 NC_080388.1:56052413-56052426promoter 内 3233-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 56053181-56053732(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGATTAGGTAGAA
SmilChr02G002597 Chr02 NC_080388.1:45115636-45115649promoter 内 3179-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 45112709-45114827(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGTGCTA
SmilChr02G005338 Chr02 NC_080388.1:74227000-74227013promoter 内 2906-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 74228095-74239539(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGTTTGGTATAA
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