转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 49 / 142 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003065 Chr07 NC_080393.1:32156253-32156267promoter 内 736-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 32150444-32153002(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCTGT
SmilChr03G003936 Chr03 NC_080389.1:58426920-58426934promoter 内 693-707 bp + 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 58422533-58423626(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGTG
SmilChr02G000286 Chr02 NC_080388.1:3666946-3666960promoter 内 547-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 3656537-3663506(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCATTT
SmilChr05G003726 Chr05 NC_080391.1:50351770-50351784promoter 内 437-451 bp - 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 50355334-50357596(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTATTGGTAGGTGAG
SmilChr02G002767 Chr02 NC_080388.1:47724730-47724744promoter 内 156-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 47728575-47730018(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCTCTCC
SmilChr04G002733 Chr04 NC_080390.1:42998279-42998293promoter 内 105-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 43002175-43002248(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAAGGGTAGGTGCG
SmilChr06G002381 Chr06 NC_080392.1:34644418-34644432promoter 内 6-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 34638201-34640437(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGTAGTAGGTGGA
SmilChr08G000011 Chr08 NC_080394.1:106744-106758promoter 内 3985-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 104417-106742(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTTGGTAGGTAGG
SmilChr02G001620 Chr02 NC_080388.1:30140208-30140222promoter 内 3921-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30140288-30143101(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACATCCC
SmilChr06G000483 Chr06 NC_080392.1:3951966-3951980promoter 内 3500-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3952467-3954048(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGAGGTAGGTGTA
SmilChr01G006092 Chr01 NC_080387.1:76403607-76403621promoter 内 3451-3465 bp + 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 76400229-76403071(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCGAGGTAGGTGAA
SmilChr05G003941 Chr05 NC_080391.1:53195061-53195075promoter 内 3428-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53191783-53194502(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGTTGGTAGGTAGT
SmilChr01G000578 Chr01 NC_080387.1:12098627-12098641promoter 内 3396-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 12099232-12911775(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATGGGTAGGTGGG
SmilChr02G002154 Chr02 NC_080388.1:38772107-38772121promoter 内 3357-3371 bp - 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 38768578-38771477(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACACT
SmilChr04G000391 Chr04 NC_080390.1:3996888-3996902promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3992879-3996188(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCAACCA
SmilChr04G001472 Chr04 NC_080390.1:24155948-24155962promoter 内 3266-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24156683-24167333(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTTCTT
SmilChr06G000604 Chr06 NC_080392.1:5219611-5219625promoter 内 3235-3249 bp - 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5217827-5218859(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTCTTG
SmilChr01G001661 Chr01 NC_080387.1:30695031-30695045promoter 内 3172-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30688649-30694216(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCTAGGTAGGTAGG
SmilChr05G001985 Chr05 NC_080391.1:20528169-20528183promoter 内 3132-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 20529038-20532136(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGTG
SmilChr03G002994 Chr03 NC_080389.1:46766045-46766059promoter 内 3113-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46760821-46765171(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGTG
SmilChr02G004616 Chr02 NC_080388.1:68678755-68678769promoter 内 3077-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 68672190-68677845(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTTGGTAGGTAGG
SmilChr02G003966 Chr02 NC_080388.1:61800963-61800977promoter 内 3061-3075 bp + 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61798581-61800037(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGTG
SmilChr07G004674 Chr07 NC_080393.1:59688071-59688085promoter 内 3032-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 59689040-59692958(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTATTGGTAGGTGAG
SmilChr04G001808 Chr04 NC_080390.1:29565039-29565053promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29566011-29569111(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGATCGGTAGGTGGC
SmilChr05G002170 Chr05 NC_080391.1:23050007-23050021promoter 内 2979-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 23051029-23054239(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGTGGTAGGTGTT
SmilChr07G001299 Chr07 NC_080393.1:9969183-9969197promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9970327-9974116(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACACT
SmilChr01G000673 Chr01 NC_080387.1:14873508-14873522promoter 内 2751-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 14871104-14872272(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTACTTC
SmilChr03G004599 Chr03 NC_080389.1:63790020-63790034promoter 内 2706-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 63786949-63788739(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAATGA
SmilChr04G000678 Chr04 NC_080390.1:7759591-7759605promoter 内 2695-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 7754387-7758299(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCACAGA
SmilChr04G002839 Chr04 NC_080390.1:44531236-44531250promoter 内 2641-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44527303-44529890(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGAA
SmilChr05G000114 Chr05 NC_080391.1:801829-801843promoter 内 2568-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 803262-807079(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGATTGTTAGGTGGA
SmilChr07G003924 Chr07 NC_080393.1:49553446-49553460promoter 内 2548-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49551045-49552007(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGTTGGTAGGTAGT
SmilChr02G002769 Chr02 NC_080388.1:47753630-47753644promoter 内 2506-2520 bp - 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 47750368-47752149(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTCGCC
SmilChr02G005508 Chr02 NC_080388.1:75198052-75198066promoter 内 2186-2200 bp + 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75199867-75203331(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCAACAC
SmilChr04G004023 Chr04 NC_080390.1:55480136-55480150promoter 内 2161-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55475331-55478310(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGCGGTAGGTGTC
SmilChr08G002240 Chr08 NC_080394.1:20548228-20548242promoter 内 2159-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 20550070-20551079(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCCCAGC
SmilChr05G000590 Chr05 NC_080391.1:4453238-4453252promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 4455126-4457191(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACACT
SmilChr02G000203 Chr02 NC_080388.1:2620478-2620492promoter 内 1988-2002 bp - 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2622491-2625144(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGTG
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SmilChr08G003531 Chr08 NC_080394.1:37910888-37910902promoter 内 1871-1885 bp - 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37903082-37908772(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCTGT
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SmilChr08G002576 Chr08 NC_080394.1:25099368-25099382promoter 内 1075-1089 bp - 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25090823-25096456(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCAACCA
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SmilChr08G000010 Chr08 NC_080394.1:106744-106758promoter 内 983-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 100852-103740(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTTGGTAGGTAGG