转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 5 / 151 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003318 Chr02 NC_080388.1:54455774-54455786promoter 内 2629-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 54453435-54454414(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCTCG
SmilChr04G002937 Chr04 NC_080390.1:45598773-45598785promoter 内 2394-2406 bp - 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 45600380-45602789(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGGGTAGGTAAG
SmilChr04G002955 Chr04 NC_080390.1:45889595-45889607promoter 内 2038-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 45876801-45887644(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCACCTACCCCA
SmilChr02G001954 Chr02 NC_080388.1:35255909-35255921promoter 内 2029-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 35252986-35253949(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGGGTAGGTAAG
SmilChr04G002431 Chr04 NC_080390.1:38947987-38947999promoter 内 1409-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 38950579-38954491(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACCCCT
SmilChr04G003558 Chr04 NC_080390.1:51968993-51969005promoter 内 1193-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 51959817-51966197(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCACCTACCTAC
SmilChr04G002934 Chr04 NC_080390.1:45598773-45598785promoter 内 1072-1084 bp - 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 45589891-45595856(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACCCTT
SmilChr04G000154 Chr04 NC_080390.1:1353554-1353566promoter 内 929-941 bp + 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 1349669-1350494(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGGGTAGGTAAG
SmilChr03G002690 Chr03 NC_080389.1:42792118-42792130promoter 内 605-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 42786737-42788734(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCACCTACCACC
SmilChr04G003993 Chr04 NC_080390.1:55319052-55319064promoter 内 485-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 55322568-55324194(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCACCTACCACG
SmilChr02G005394 Chr02 NC_080388.1:74542530-74542542promoter 内 1792-1804 bp + 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 5 74538795-74540333(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr01G004786 Chr01 NC_080387.1:66084462-66084474promoter 内 3516-3528 bp + 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 66084947-66086132(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr01G001652 Chr01 NC_080387.1:30588176-30588188promoter 内 3182-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 30584215-30587369(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr03G004373 Chr03 NC_080389.1:61934065-61934077promoter 内 2787-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 61935279-61939607(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr01G005996 Chr01 NC_080387.1:75545000-75545012promoter 内 2055-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 75546946-75548973(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G005396 Chr02 NC_080388.1:74547290-74547302promoter 内 1629-1641 bp + 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 74549662-74551166(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr04G000721 Chr04 NC_080390.1:8470581-8470593promoter 内 1185-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 8461382-8467777(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr03G000574 Chr03 NC_080389.1:6237250-6237262promoter 内 313-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 6240938-6243384(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAGGTAGGTAGG
SmilChr03G000573 Chr03 NC_080389.1:6237250-6237262promoter 内 68-80 bp - 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 6232208-6233329(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACCTAC
SmilChr03G000406 Chr03 NC_080389.1:4419101-4419113promoter 内 3986-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 4417581-4419098(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr04G003945 Chr04 NC_080390.1:55047115-55047127promoter 内 2457-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 55040290-55045583(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G000088 Chr02 NC_080388.1:1146364-1146376promoter 内 1765-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 1143230-1144140(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr03G001101 Chr03 NC_080389.1:12672975-12672987promoter 内 1729-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 12675247-12676599(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACCTAC
SmilChr01G001038 Chr01 NC_080387.1:21604432-21604444promoter 内 1102-1114 bp - 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 21607331-21608758(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAGGTAGGTAGG
SmilChr03G000241 Chr03 NC_080389.1:2860040-2860052promoter 内 756-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 2855374-2856807(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr01G000894 Chr01 NC_080387.1:18981575-18981587promoter 内 3746-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 18980595-18981332(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGGGTAGGTAAA
SmilChr03G000224 Chr03 NC_080389.1:2625383-2625395promoter 内 3597-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 2625787-2628468(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G005514 Chr02 NC_080388.1:75251305-75251317promoter 内 3555-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 75249826-75250871(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr02G001501 Chr02 NC_080388.1:28048861-28048873promoter 内 3519-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 28046154-28048391(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr04G002245 Chr04 NC_080390.1:36238834-36238846promoter 内 3236-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 36233631-36238081(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACCTTT
SmilChr03G000242 Chr03 NC_080389.1:2864642-2864654promoter 内 3038-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 2865605-2869423(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
SmilChr05G001775 Chr05 NC_080391.1:17466899-17466911promoter 内 2780-2792 bp - 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 17468120-17471720(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTAAA
SmilChr01G005385 Chr01 NC_080387.1:71148170-71148182promoter 内 2735-2747 bp - 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 71149436-71150275(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTAAA
SmilChr02G000739 Chr02 NC_080388.1:11980653-11980665promoter 内 2725-2737 bp - 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 11981929-11982861(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTAAA
SmilChr03G002011 Chr03 NC_080389.1:30049183-30049195promoter 内 2188-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 30046483-30047382(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCTCA
SmilChr03G002907 Chr03 NC_080389.1:45836491-45836503promoter 内 2035-2047 bp + 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 45832969-45834537(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGGTAGGTGAA
SmilChr01G000892 Chr01 NC_080387.1:18981575-18981587promoter 内 772-784 bp + 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 18964249-18978358(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGGGTAGGTAAA
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SmilChr02G001502 Chr02 NC_080388.1:28048861-28048873promoter 内 146-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 28052716-28053787(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
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SmilChr04G002748 Chr04 NC_080390.1:43155190-43155202promoter 内 75-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 43149008-43151276(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
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SmilChr03G002309 Chr03 NC_080389.1:36328867-36328879promoter 内 3824-3836 bp - 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 36329044-36331922(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGC
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SmilChr04G002497 Chr04 NC_080390.1:39890536-39890548promoter 内 3669-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 39887759-39890216(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
SmilChr01G003701 Chr01 NC_080387.1:55402538-55402550promoter 内 3562-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 55396510-55402111(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACC
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