转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 5 / 130 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002251 Chr01 NC_080387.1:39130897-39130905promoter 内 2780-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 39132118-39133736(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G002377 Chr02 NC_080388.1:41659652-41659660promoter 内 2756-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 41660897-41662976(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G002373 Chr02 NC_080388.1:41558610-41558618promoter 内 2751-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 41549344-41557368(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G003997 Chr01 NC_080387.1:58372197-58372205promoter 内 2746-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 58373452-58375694(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G005163 Chr01 NC_080387.1:69407766-69407774promoter 内 2736-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 69409031-69438236(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G002995 Chr02 NC_080388.1:50639847-50639855promoter 内 2702-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 50641146-50644974(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G000381 Chr02 NC_080388.1:4775148-4775156promoter 内 2699-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 4772304-4773854(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G004568 Chr02 NC_080388.1:68195180-68195188promoter 内 2695-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 68196486-68200550(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G002878 Chr02 NC_080388.1:49044424-49044432promoter 内 2684-2692 bp - 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 49045741-49047734(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G005180 Chr01 NC_080387.1:69522211-69522219promoter 内 2675-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 69523537-69526664(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G002982 Chr02 NC_080388.1:50380356-50380364promoter 内 2675-2683 bp + 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 50377939-50379038(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G002582 Chr01 NC_080387.1:43957316-43957324promoter 内 2670-2678 bp - 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 43953659-43955993(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr03G000021 Chr03 NC_080389.1:317735-317743promoter 内 2635-2643 bp + 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 301984-316377(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G000640 Chr01 NC_080387.1:14385305-14385313promoter 内 2632-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 14381604-14383944(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G003792 Chr02 NC_080388.1:59573043-59573051promoter 内 2615-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 59574429-59576739(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G002844 Chr01 NC_080387.1:47014917-47014925promoter 内 2606-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 47012250-47013530(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G005112 Chr01 NC_080387.1:68901561-68901569promoter 内 2582-2590 bp - 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 68899026-68900150(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G002667 Chr01 NC_080387.1:44896405-44896413promoter 内 2558-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44886469-44894970(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G002226 Chr01 NC_080387.1:38733108-38733116promoter 内 2530-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 38725825-38731645(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G004371 Chr01 NC_080387.1:61924822-61924830promoter 内 2502-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 61922627-61923331(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G004604 Chr01 NC_080387.1:64025001-64025009promoter 内 2492-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 64020290-64023500(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G003982 Chr02 NC_080388.1:62067164-62067172promoter 内 2406-2414 bp - 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 62068759-62071888(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G000531 Chr02 NC_080388.1:7307939-7307947promoter 内 2390-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 7309550-7325735(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G002843 Chr02 NC_080388.1:48572981-48572989promoter 内 2379-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 48574603-48577977(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G002621 Chr01 NC_080387.1:44482120-44482128promoter 内 2375-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44483746-44489744(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G004834 Chr01 NC_080387.1:66473820-66473828promoter 内 2370-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 66466249-66472197(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G001792 Chr01 NC_080387.1:32783758-32783766promoter 内 2353-2361 bp + 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 32778863-32782118(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G003689 Chr01 NC_080387.1:55271458-55271466promoter 内 2330-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 55267026-55269795(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G003995 Chr01 NC_080387.1:58372197-58372205promoter 内 2324-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 58367056-58370528(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G005698 Chr01 NC_080387.1:73242717-73242725promoter 内 2294-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 73244424-73246790(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G000263 Chr01 NC_080387.1:5062484-5062492promoter 内 2284-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 5059402-5060775(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G002585 Chr02 NC_080388.1:44955966-44955974promoter 内 2275-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44954177-44954248(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G003779 Chr02 NC_080388.1:59477570-59477578promoter 内 2274-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 59474405-59475851(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G000553 Chr02 NC_080388.1:7743265-7743273promoter 内 2220-2228 bp - 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 7745046-7753213(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G001363 Chr01 NC_080387.1:26988835-26988843promoter 内 2190-2198 bp - 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 26990646-26992428(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G005299 Chr01 NC_080387.1:70292766-70292774promoter 内 2167-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 70289908-70290940(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
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