靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00014538-RA_Salv |
SmilChr07G003441 |
NAC | XP_057773618.1 |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 5 / 130 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G002251 |
Chr01 | NC_080387.1:39130897-39130905promoter 内 2780-2788 bp |
+ | 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 39132118-39133736(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G002377 |
Chr02 | NC_080388.1:41659652-41659660promoter 内 2756-2764 bp |
- | 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 41660897-41662976(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G002373 |
Chr02 | NC_080388.1:41558610-41558618promoter 内 2751-2759 bp |
+ | 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 41549344-41557368(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G003997 |
Chr01 | NC_080387.1:58372197-58372205promoter 内 2746-2754 bp |
- | 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 58373452-58375694(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G005163 |
Chr01 | NC_080387.1:69407766-69407774promoter 内 2736-2744 bp |
- | 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 69409031-69438236(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G002995 |
Chr02 | NC_080388.1:50639847-50639855promoter 内 2702-2710 bp |
+ | 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 50641146-50644974(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G000381 |
Chr02 | NC_080388.1:4775148-4775156promoter 内 2699-2707 bp |
+ | 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 4772304-4773854(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G004568 |
Chr02 | NC_080388.1:68195180-68195188promoter 内 2695-2703 bp |
- | 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 68196486-68200550(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G002878 |
Chr02 | NC_080388.1:49044424-49044432promoter 内 2684-2692 bp |
- | 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 49045741-49047734(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G005180 |
Chr01 | NC_080387.1:69522211-69522219promoter 内 2675-2683 bp |
- | 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 69523537-69526664(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G002982 |
Chr02 | NC_080388.1:50380356-50380364promoter 内 2675-2683 bp |
+ | 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 50377939-50379038(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G002582 |
Chr01 | NC_080387.1:43957316-43957324promoter 内 2670-2678 bp |
- | 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 43953659-43955993(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr03G000021 |
Chr03 | NC_080389.1:317735-317743promoter 内 2635-2643 bp |
+ | 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 301984-316377(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G000640 |
Chr01 | NC_080387.1:14385305-14385313promoter 内 2632-2640 bp |
- | 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 14381604-14383944(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G003792 |
Chr02 | NC_080388.1:59573043-59573051promoter 内 2615-2623 bp |
+ | 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 59574429-59576739(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G002844 |
Chr01 | NC_080387.1:47014917-47014925promoter 内 2606-2614 bp |
+ | 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 47012250-47013530(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G005112 |
Chr01 | NC_080387.1:68901561-68901569promoter 内 2582-2590 bp |
- | 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 68899026-68900150(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G002667 |
Chr01 | NC_080387.1:44896405-44896413promoter 内 2558-2566 bp |
- | 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 44886469-44894970(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G002226 |
Chr01 | NC_080387.1:38733108-38733116promoter 内 2530-2538 bp |
+ | 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 38725825-38731645(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G004371 |
Chr01 | NC_080387.1:61924822-61924830promoter 内 2502-2510 bp |
- | 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 61922627-61923331(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G004604 |
Chr01 | NC_080387.1:64025001-64025009promoter 内 2492-2500 bp |
- | 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 64020290-64023500(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G003982 |
Chr02 | NC_080388.1:62067164-62067172promoter 内 2406-2414 bp |
- | 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 62068759-62071888(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G000531 |
Chr02 | NC_080388.1:7307939-7307947promoter 内 2390-2398 bp |
+ | 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 7309550-7325735(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G002843 |
Chr02 | NC_080388.1:48572981-48572989promoter 内 2379-2387 bp |
+ | 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 48574603-48577977(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G002621 |
Chr01 | NC_080387.1:44482120-44482128promoter 内 2375-2383 bp |
+ | 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 44483746-44489744(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G004834 |
Chr01 | NC_080387.1:66473820-66473828promoter 内 2370-2378 bp |
+ | 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 66466249-66472197(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G001792 |
Chr01 | NC_080387.1:32783758-32783766promoter 内 2353-2361 bp |
+ | 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 32778863-32782118(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G003689 |
Chr01 | NC_080387.1:55271458-55271466promoter 内 2330-2338 bp |
- | 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 55267026-55269795(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G003995 |
Chr01 | NC_080387.1:58372197-58372205promoter 内 2324-2332 bp |
- | 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 58367056-58370528(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G005698 |
Chr01 | NC_080387.1:73242717-73242725promoter 内 2294-2302 bp |
+ | 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 73244424-73246790(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G000263 |
Chr01 | NC_080387.1:5062484-5062492promoter 内 2284-2292 bp |
- | 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 5059402-5060775(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G002585 |
Chr02 | NC_080388.1:44955966-44955974promoter 内 2275-2283 bp |
- | 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 44954177-44954248(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G003779 |
Chr02 | NC_080388.1:59477570-59477578promoter 内 2274-2282 bp |
- | 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 59474405-59475851(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G000553 |
Chr02 | NC_080388.1:7743265-7743273promoter 内 2220-2228 bp |
- | 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 7745046-7753213(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G001363 |
Chr01 | NC_080387.1:26988835-26988843promoter 内 2190-2198 bp |
- | 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 26990646-26992428(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
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Chr01 | NC_080387.1:70292766-70292774promoter 内 2167-2175 bp |
- | 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 70289908-70290940(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
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Chr03 | NC_080389.1:4420926-4420934promoter 内 2165-2173 bp |
- | 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 4417581-4419098(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
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- | 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 73515055-73516164(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G004808 |
Chr01 | NC_080387.1:66301866-66301874promoter 内 2151-2159 bp |
- | 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 66295259-66300024(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
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TTAAGTAAT |
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- | 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 27420157-27422719(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
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+ | 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 12150300-12153417(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G005496 |
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+ | 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 75121995-75125320(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G001404 |
Chr01 | NC_080387.1:27662138-27662146promoter 内 2092-2100 bp |
- | 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 27652810-27660237(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr03G000456 |
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- | 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 4860679-4863481(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
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+ | 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 67268535-67271788(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G000412 |
Chr02 | NC_080388.1:5243940-5243948promoter 内 2075-2083 bp |
- | 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 5239474-5242022(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
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+ | 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 7738473-7743080(+) |
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MP00108 |
TTAAGTAAT |
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- | 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 55721558-55722746(+) |
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SmilChr02G001180 |
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+ | 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 21671662-21672699(-) |
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ATTACTTAA |