转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 5 / 164 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002227 Chr06 NC_080392.1:31419708-31419722promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 31420670-31421188(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCATTCC
SmilChr05G003130 Chr05 NC_080391.1:39936305-39936319promoter 内 3031-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39937275-39938309(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCATTCC
SmilChr01G001619 Chr01 NC_080387.1:30295332-30295346promoter 内 3028-3042 bp - 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 30296305-30300618(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCACCCC
SmilChr05G002773 Chr05 NC_080391.1:32270591-32270605promoter 内 2768-2782 bp - 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 32271824-32274423(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCAACCAACTC
SmilChr05G002080 Chr05 NC_080391.1:21739174-21739188promoter 内 2207-2221 bp - 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 21740968-21743967(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACTTT
SmilChr01G003251 Chr01 NC_080387.1:51227737-51227751promoter 内 3736-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 51223504-51227486(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G003159 Chr07 NC_080393.1:33512449-33512463promoter 内 2162-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 33514288-33516761(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAGGTAGGTGAG
SmilChr07G004313 Chr07 NC_080393.1:55695709-55695723promoter 内 1667-1681 bp + 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 55688877-55693389(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCAAACA
SmilChr08G000738 Chr08 NC_080394.1:5469121-5469135promoter 内 3774-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5469348-5471604(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G001324 Chr06 NC_080392.1:13742758-13742772promoter 内 3666-3680 bp - 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13743093-13743216(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTCCGC
SmilChr04G002928 Chr04 NC_080390.1:45545055-45545069promoter 内 3523-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45545533-45546438(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTAGGTGTG
SmilChr06G001325 Chr06 NC_080392.1:13742758-13742772promoter 内 3275-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13743484-13743606(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTCCGC
SmilChr04G001614 Chr04 NC_080390.1:26887753-26887767promoter 内 3134-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26862887-26886900(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTAGGTAGGTGGA
SmilChr06G001326 Chr06 NC_080392.1:13742758-13742772promoter 内 2605-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13744154-13744276(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTCCGC
SmilChr02G001391 Chr02 NC_080388.1:26408240-26408254promoter 内 1367-1381 bp - 2620 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26402064-26405620(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAGGTAGGTGAG
SmilChr06G001322 Chr06 NC_080392.1:13742758-13742772promoter 内 1281-1295 bp - 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13735491-13740052(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGGAGGTAGGTGGA
SmilChr01G003389 Chr01 NC_080387.1:52585795-52585809promoter 内 1211-1225 bp - 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 52579152-52583019(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTTGGTAGGTGGA
SmilChr07G002398 Chr07 NC_080393.1:22334868-22334882promoter 内 556-570 bp + 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 22330688-22331437(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACAG
SmilChr08G000739 Chr08 NC_080394.1:5469121-5469135promoter 内 506-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5472616-5476520(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G006137 Chr01 NC_080387.1:76892234-76892248promoter 内 395-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 76884284-76888642(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCAAAAG
SmilChr03G004373 Chr03 NC_080389.1:61934065-61934079promoter 内 2787-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 61935279-61939607(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCAT
SmilChr04G000721 Chr04 NC_080390.1:8470581-8470595promoter 内 1183-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 8461382-8467777(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGTGGTAGGTGGC
SmilChr04G001720 Chr04 NC_080390.1:28455465-28455479promoter 内 3968-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 28455498-28458394(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCTCAA
SmilChr04G001719 Chr04 NC_080390.1:28446049-28446063promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 28446084-28449000(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCTCAA
SmilChr03G003437 Chr03 NC_080389.1:52731674-52731688promoter 内 3661-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 52729843-52731348(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G000696 Chr08 NC_080394.1:5173992-5174006promoter 内 3594-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 5168690-5173599(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000402 Chr05 NC_080391.1:3038334-3038348promoter 内 3555-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 3034937-3037902(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr06G001030 Chr06 NC_080392.1:10239761-10239775promoter 内 3117-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 10237860-10238891(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004224 Chr01 NC_080387.1:60605747-60605761promoter 内 2909-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 60602872-60604669(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr06G000112 Chr06 NC_080392.1:789553-789567promoter 内 2792-2806 bp - 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 784343-788358(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G005288 Chr02 NC_080388.1:73893531-73893545promoter 内 2709-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 73894823-73898453(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G000834 Chr08 NC_080394.1:6176215-6176229promoter 内 2686-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 6172508-6174914(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G004657 Chr07 NC_080393.1:59496654-59496668promoter 内 2550-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 59493645-59495217(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G000072 Chr05 NC_080391.1:365051-365065promoter 内 2450-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 362702-363514(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G003611 Chr04 NC_080390.1:52597792-52597806promoter 内 2375-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 52599418-52601315(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G002188 Chr05 NC_080391.1:23378487-23378501promoter 内 1733-1747 bp - 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 23375027-23376233(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G002189 Chr05 NC_080391.1:23378487-23378501promoter 内 1461-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 23381027-23383550(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr03G003438 Chr03 NC_080389.1:52731674-52731688promoter 内 884-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 52734791-52736443(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr03G000241 Chr03 NC_080389.1:2860038-2860052promoter 内 756-770 bp + 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 2855374-2856807(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACCAT
SmilChr03G004205 Chr03 NC_080389.1:60663638-60663652promoter 内 19-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 60653795-60659670(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G000623 Chr08 NC_080394.1:4654031-4654045promoter 内 3921-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 4654111-4657233(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G005417 Chr01 NC_080387.1:71382326-71382340promoter 内 3827-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 71382500-71388769(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G001141 Chr05 NC_080391.1:9534962-9534976promoter 内 3754-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 9532331-9534729(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G000333 Chr08 NC_080394.1:2330444-2330458promoter 内 3688-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 2328319-2330145(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G000433 Chr07 NC_080393.1:3030758-3030772promoter 内 3626-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 3028622-3030397(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G004739 Chr01 NC_080387.1:65583074-65583088promoter 内 3551-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 65583524-65588628(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G003401 Chr05 NC_080391.1:45062165-45062179promoter 内 3548-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 45060505-45061726(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G001463 Chr04 NC_080390.1:24049338-24049352promoter 内 3412-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 24049927-24051291(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G003516 Chr02 NC_080388.1:56352209-56352223promoter 内 3356-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 56352854-56354315(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G005195 Chr01 NC_080387.1:69635353-69635367promoter 内 3337-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 69636017-69645047(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA